آیت الله اعرافی در دیدار اعضای مرکز بسیج اساتید، مدیران و نخبگان حوزه علمیه قم بر اهمیت مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت تأکید نمود و اظهار داشت: حوزه علمیه تا چند سال پیش هیچ ورودی به تحقیقات راهبردی حوزه و روحانیت نداشت که الحمدلله با پیگیری و حمایت خیرین، پروژه‌های خوبی در راستای مطالعات راهبردپردازانه شکل گرفت.
وی در ادامه به مجموعه‌ای از طراحی‌ها و برنامه‌های راهبردی حوزه‌های علمیه اشاره نمود و با بیان اینکه آسیب‌شناسی در این راستا همزمان با دو رویکرد سطحی و عمیق پیگیری می شود، خاطرنشان کرد: در دورانی که حوزه‌های علمیه با بی‌سابقه‌ترین چالش بودجه‌ای روبروست، طرح های راهبردی قابل تاملی عملیاتی شده است.
آیت الله اعرافی به بحران‌های شدید اقتصادی و سایه شوم کرونا بر جامعه اشاره نمود و خاطرنشان کرد: تدوین طرح‌ها و اسناد بالادستی حوزه‌های علمیه از جایگاه بسیار مهمی برخوردار است؛ در این راستا اسناد ۲۰ و ۴۰ ساله و ۱۰۰ طرح بنیادین با دایره اثرگذاری بالا تدوین شده است.
مدیر حوزه‌های علمیه ضمن اشاره به طرح‌های نوین مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه با تأکید بر اینکه همه این طرح‌ها با منظومه فکری منسجم، تحول حوزه در سطوح مختلف را هدفگذاری نموده است، تصریح کرد: در مقام عمل و نسبت به طرح‌های بنیادین کارهای زیادی انجام و یا پایه‌های عملیاتی آن ترسیم شده است.
وی خاطرنشان کرد: طرح آمایش حوزه از جمله طرح‌هایی است که در آن از میان ۲۰۰ کارویژه روحانیت بر ۵۰ کارویژه اصلی تمرکز و در افق ۲۰ ساله هدفگذاری‌های عملیاتی را برای تک‌ تک این کارویژه‌ها در نظر گرفته شده است.
آیت الله اعرافی با بیان این که طرح آمایش کارکرد روحانیت در عرصه‌های مختلف، به پشتوانه مطالعات خوبی آراسته شده است یادآور شد: طرح درختواره رشته‌ها از دیگر طرح‌های نهایی حوزه‌های علمیه به شمار می رود؛ در این طرح ۴۰۰ رشته و گرایش مقطع طراحی و برای ۱۰۰ عنوان آن، سرفصل نویسی شده است.
وی هدفمندسازی کمک هزینه‌های تحصیلی را از دیگر طرح‌های در حال اجرای حوزه‌های علمیه دانست و ضمن تأکید بر اهمیت طرح‌های بنیادین در هدایت علمی طلاب خاطرنشان کرد: ناظر به ابواب جدید فقهی و لزوم پاسخ به نیازهای روز جوامع بشری، در عین توجه به ظرافت‌ها و پیچیدگی‌های علمی فقه، درصدد بازطراحی و برپایی کرسی‌های جدید درس خارج فقه هستیم.
مدیر حوزه‌های علمیه بازطراحی سند الگوی ایرانی اسلامی پیشرفت را از عملکردهای نوین حوزه علمیه قم برشمرد و تصریح کرد: در تدوین نقشه راه الگوی ایرانی اسلامی پیشرفت، بالغ بر ۲۶۰ استاد برجسته حوزوی، نقش آفرین بودند.
وی به اهمیت تقویت جریان بزرگ گروه های جهادی و بهره‌گیری از ظرفیت‌های عظیم آنان در حل بحران‌های اجتماعی چون، سیل و زلزله اشاره نمود و تصریح کرد: واسپاری اختیارات به حوزه‌های استانی و ارتقاء سطح مدارس دینی استان‌ها از رویکردهای نوین مدیریت حوزه های علمیه است؛ تمرکز زدایی و واسپاری اختیارات، در فعال سازی ظرفیت های بالای مراکز دینی و حوزوی بسیار موثر است.
آیت الله اعرافی در بخش پایانی سخنان خود با تأکید بر اینکه انقلابی بودن حوزه به معنای حرکت به سمت حوزه تمدنی، اثرگذار و پاسخگو نسبت به عرصه‌های مختلف اجتماعی و فرهنگ دینی است، خاطرنشان کرد: نظام جامع اندیشه انقلاب اسلامی و توسعه طرح ولایت از دیگر طرح نوینی است  که در تابستان سال گذشته بالغ بر ۲ هزار نفر از طلاب در این طرح‌ها شرکت نمودند.