آیت الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه در نامه‌ای به شخصیت‌های مهم اسلامی و ادیانی به موضوع طوفان الأقصی پرداخت که در بخش‌هایی از این نامه آمده است:

بسم الله الرحمن الرحیم
هُوَ الَّذِی أَخْرَجَ الَّذِینَ کَفَرُوا مِنْ أَهْلِ الْکِتَابِ مِنْ دِیَارِهِمْ لِأَوَّلِ الْحَشْرِ مَا ظَنَنْتُمْ أَنْ یَخْرُجُوا ۖ وَظَنُّوا أَنَّهُمْ مَانِعَتُهُمْ حُصُونُهُمْ مِنَ اللَّهِ فَأَتَاهُمُ اللَّهُ مِنْ حَیْثُ لَمْ یَحْتَسِبُوا ۖ وَقَذَفَ فِی قُلُوبِهِمُ الرُّعْبَ ۚ یُخْرِبُونَ بُیُوتَهُمْ بِأَیْدِیهِمْ وَأَیْدِی الْمُؤْمِنِینَ فَاعْتَبِرُوا یَا أُولِی الْأَبْصَارِ

با طوفان الاقصی در روز شنبه ۷ اکتبر جهان شاهد جنبش شیرمردان مقاومت فلسطین علیه دشمنی شد که سالهای متوالی ضمن غصب سرزمین فلسطین و پایمال ساختن حقوق آن ملت مظلوم، کشتارهای گسترده‌ای را علیه زنان و کودکان و سالمندان و جوانان بیگناه به راه انداخته و با هدایت و حمایت تمدن منحط غربی و دولت ظالم آمریکا ، با نسل کشی آشکار و نقض گسترده قوانین بشری از هیچ جرم و جنایتی دریغ نکرده و نماد شاخص تروریسم دولتی بین المللی شدند.
عملیات ویژه نیروهای مقاومت در روز ۷ اکتبر ، شکست مفتضحانه رژیم خبیث و قاتل صهیونیستی و دیوار بود و نشان داد که بر خلاف تصور رژیم صهیونیستی و تئوری پردازان نظامی و امنیتی آن، مقاومت یک جریان ریشه‌دار است که با هویت ملت فلسطین گره خورده و توان برنامه‌ریزی و اجرای موفقیت‌آمیز عملیات‌های هجومی علیه اشغالگران را دارد.
درد جانسوز و غم جانکاه حمله تروریستی و وحشیانه به بیمارستان المعمدانی در غزه قهرمان و دلاور وجدان بشریت را لرزاند و رذالت و توحش و درماندگی گرگ‌های صهیونیست را دربرابر دفاع مقدس و مشروع فلسطین را به نمایش گذاشت، این کارزار عظیم حق و باطل و اسلام و استکبار به فضل الهی نقطه عطفی در قیام و جهاد امت اسلام و پیشرفت محور مقاومت و شتاب به سوی قله‌های فتح و پیروزی بر غاصبان و مستکبران خواهد بود.
حوزه‌های علمیه ضمن تجلیل از پیروزی تاریخی گروه‌های فلسطینی و محکوم کردن جنایت جنگی رژیم غاصب اسرائیل و روند عادی‌سازی برخی کشورهای اسلامی، از همه دولت‌ها، ملت‌ها ، علمای راستین دنیای اسلام و نخبگان و دانشجویان و هنرمندان و اصحاب رسانه‌های اسلامی و عربی می‌خواهد تا با همه توان در کنار مردم مظلوم فلسطین و مسلمانان غزه بمانند و مقدمات تحقق کامل وعده‌های الهی و شکست نهایی و برچیده شدن غده سرطانی اسرائیل از جهان اسلام، خاورمیانه و کل جهان را فراهم کنند.
حوزه علمیه قم و حوزه های علمیه سراسر کشور با تأسی به رهبری معظم انقلاب اسلامی مد ظله العالی و مراجع عظام دامت برکاتهم، ضمن ابراز همدردی با ملت شریف فلسطین و محور مقاومت و خانواده های شهدای غزه و مقاومت فلسطین و لبنان، آمادگی خود را برای هرگونه اقدام در برابر این ستم و جنایت کم نظیر اعلام و امت اسلامی و دولت ها و ملت‌های مسلمان و آزاده جهان و علما و دانشگاهیان و نخبگان کشورهای اسلامی و همه ادیان و مذاهب و جهان را به اتخاذ موضعی انسانی و انقلابی و یک پارچه برای حمایت از فلسطین و مردم شجاع و مظلوم غزه و پایان دادن به غصب سرزمین اسلامی فلسطین فرا می خواند و به مجامع بین‌المللی هشدار می دهد تا به قتل عام کودکان و زنان و بیماران و بی‌گناهان پایان دهند و به غاصبان سرزمین های اسلامی و پشتیبانان آنان اخطار می دهد که چنانچه از ستم و جنایت خود دست نشویند در طوفان قهر الهی و آتشفشان خشم امت اسلام و محور مقاومت نابود خواهند شد و بدانند روزگر سازش و تسلیم به پایان رسیده و عصر بیداری و جهاد و شهادت و پیروزی فرارسیده است.