آیت  الله اعرافی در  دیدار مدیر مدرسه علمیه معصومیه قم، ضمن گرامیداشت ایام ۱۵خرداد و رحلت امام راحل، گفت:  این روزها یکی از ایام الهی است که در تاریخ ۱۴۰۰ ساله، مانند آن پیدا کردن بسیار سخت و دشوار است. در حقیقت ۱۵خرداد گردش عظیم تاریخی بود که به نتیجه رسید.
عضوشورای عالی حوزه های علمیه اظهار داشت: ۱۵ خرداد، هسته اولیه آثار بعد از انقلاب است. این روز ریشه درخت تنومند انقلاب است که تا به اینجا رسید.
وی عنوان کرد: نکته مهم این که این روز، گردش تاریخی حوزه است. گرچه ذات و شالوده حوزه سیاسی و اجتماعی است، اما ۱۵ خرداد حوزه را متحول کرد و عواملی که مانع حضور حوزه در ۱۵ خرداد و آن عرصه ها می شد را کنار زد و نور امام راحل در حوزه تجلی کرد و در این عرصه حوزه و روحانیت شهدایی را هم تقدیم نمود.
پیام حوزه بعد از ۱۴۰۰ سال
مدیر حوزه های علمیه  با اشاره به کارکردهای حوزه و پاسخ گویی به نیازهای جامعه بیان داشت: حوزه در واقع باید قلب تپنده ای باشد که فکر و معرفت جامعه و جهان را اداره و مدیریت و معیشت همه برساحت های زندگی دیگر بشر را نور افشانی کند و برای ۷ میلیارد بشر و نسل های آینده آماده پاسخ گویی و تأمین نیازهای فکری و معرفتی باشد. انقلاب، امام راحل و امام خامنه ای این است که عنوان شده است. پیام حوزه هم باید همین باشد.
آیت الله اعرافی گفت: نباید در این عرصه ضعف ها را غالب دید و یا خود را کم ببینیم، پیام حوزه و انقلاب این است که حوزوی باید و می تواند بالاتر از ظرفیت خود حرکت کند. با وجود بیداری عظیمی که حوزه ایجاد کرد و مولد آن بوده در عین تولید انقلاب، از انقلاب اثر پذیرفته است.
رسالت حوزه
مدیر حوزه های علمیه افزود: وقتی نامه ای برای شخصیت های دنیا می نویسم که حوزه در عرصه جهاد سلامت این فعالیت ها را انجام داده است، در عمل می بینیم که این فعالیت ها برای آنها چیز عجیب و غریبی است، در حالی که نباید این گونه باشد، چرا که ذات حوزه این است در همه فعالیت های اجتماعی، سیاسی، فرهنگی و علمی حضور داشته باشد.
عضو شورای عالی حوزه اظهار داشت: مثلا وقتی جوانان جهادی در عرصه های اجتماعی حضور پیدا می کنند، بعضی ها حرف هایی در تأیید و یاد رد آن می زنند در حالی که ذات حوزه، حضور در عرصه های مختلف است.
وی ادامه داد:  سنت حوزه این است که حوزه و حوزوی، نسبت به هیچ حادثه و اتفاقی در جامعه، نظام و انقلاب حتی نسبت به کارهای بی اهمیت که کسی به سراغش نمی رود، نباید بی تفاوت باشد. عالمان بزرگ با حکمت و عقل و تدبیر  به سراغ همه نوع خدمات در جامعه می رفتند و نسبت به اتفاقات جامعه بی تفاوت نبودند، همه کارها را انجام می دادند، حوزه ضمن این که کار ویژه و خاص برای خودش دارد، در جاها و حوادثی که کسی در آن حضور ندارد، باید حضور داشته باشد.
مدیر حوزه های علمیه گفت: حوزه علمیه در برخی قلمروهای علمی، اجتماعی و سیاسی عقب نشسته است. اگر نظام از حوزه مطالبه کند، لازم است حوزه پاسخ گو باشد که چرا به موضوعات جدید وارد نشده و تئوری تولید نکرده است.
امید رهبر انقلاب به حوزه
امام جمعه قم بیان داشت: رهبری معظم انقلاب امید تازه ای به حوزه دارند، چرا که حوزه در این سالها کارکردهایی تولید کرده و سند چشم اندازی را تدوین کرده است. باید این امید را قدردان بود و برای آینده بهتر تلاش کرد.
آیت الله اعرافی گفت: خود ما و نسل فاضل و انقلابی و فرهیخته حوزه باید نسبت به ظرفیت خود، باور و امید داشته باشد و کارهای بزرگی انجام دهد.
ضرورت حضور حوزویان در همه صحنه ها
مدیر حوزه های علمیه در ادامه بر ضرورت حضور عالمانه و شجاعانه حوزه و حوزویان در همه صحنه ها تأکید کرد و گفت: البته نیازمند به ظرفیت سازی، تمهید و مقدمات لازم همراه با تربیت جامع و متوازن در مقیاس افراد و در سطح کلان حوزه هستیم تا بتوان کلیت حوزه وکلیت نیازها را پاسخ داد و در طرح آمایش و کار ویژه همین قضیه در دستور قرار گرفته است و در این رابطه برای اثر بخشی قطعا باید نهادهای دیگر هم پای کار بیایند و به حوزه کمک کنند.
ضرورت آزادی طلبه و استاد در حوزه
عضو جامعه مدرسین اظهار داشت: موضوع دیگر که باید بدان اشاره کرد ضرورت آزادی، مشارکت طلبه و آزادی و مشارکت استاد است. باید تا جایی پیش برویم که طلبه بعد از چند سال راه و روش و منهج خود را خودش انتخاب کند، البته منظور از این آزادی، آزادی هوشمند است.
ضرورت توجه به کادرسازی و نظریه پردازی در حوزه
وی عنوان کرد: موضوع دیگر جمع کردن دو مقوله دوگانه کادر سازی و تربیت نظریه پرداز در حوزه است. حوزه باید در عرصه کادرسازی تلاش کند و در عین حال افراد را به قله های بلند برساند و نباید این دو مقوله فدای دیگری شود. این مسئله هنوز به طور دقیق در مسائل آموزشی حوزه درست نشده البته با در نظرگرفتن همه مسائل قابل حل است.
طرح طلبه دانشجو و ضرورت توجه آن در مدرسه علمیه معصومیه
امام جمعه قم بیان داشت: بحث دیگر در مورد توجه به مهارت های کاربردی، نگاه به مسائل بین المللی و بحث دیگر پدیده طلبه دانشجو است که در مسائلی مانند نظریه پردازی و کادر سازی و محقق پروری می تواند بسیار کارگشا باشد.
آیت الله اعرافی گفت: مدرسه معصومیه در بحث پدیده طلبه دانشجو باید محور قرار گیرد ودانشجو طلبه را راهبری کند و حتی می تواند در بحث وحدت حوزه و دانشگاه هم اثرگذار باشد و حتی در تراز بالاتر قرار گیرد یعنی تبدیل به برند فکری شود.
مدیر حوزه های علمیه افزود: مسئله دیگر که نباید به آن بی توجه بود، موضوع هدایت علمی طلاب، شناسایی نخبگان، توجه به گروه های علمی اساتید، راه اندازی شبکه هایی از مدارس پیش رو برای انجام تحول در حوزه و... است.