آیت الله اعرافی در دیدار اعضای «کانون فرهنگی تبلیغی تمدن نوین و مجری «طرح مطالعاتی آثار آیت الله مصباح یزدی» گفت: بنده از کسانی بودم که با مرحوم آیت الله مصباح یزدی نزدیک و در موضوعاتی همچون تعلیقه نهایه بحث علمی داشته و به نوعی مأنوس علمی بودم. این مربوط به سال ۶۰ است حتی قبل از انقلاب ایشان جلساتی داشتند که من در آن‌ها شرکت می‌کردم اما از سال ۱۳۶۰ در یک تعامل کاری قرار گرفتیم. تمام آرای جدید فلسفی ایشان که مهم و بنیادین است را مرور کردم و با حضرت آیت الله جوادی بحث کرده‌ام.
عضو شورای عالی حوزه‌های علمیه، اظهار داشت: در مباحث مدیریتی در طول ۳۰ سال در مراکز مختلف، طراحی، تشکیلاتی و برنامه‌ریزی انجام می‌دادم، با ایشان ارتباط مستمر داشته و بیشترین راهنمایی در مباحث مدیریتی، فکری، ساختاری و نهادی، با ایشان وفاق داشتم.
آیت الله اعرافی با اشاره به مباحث سیاسی و اندک تفاوت دیدگاه‌ها در این زمینه، گفت: وقتی آیت الله مصباح مرحوم شدند من در سفر استانی کرمان بودم، در همان جا بدون اینکه با دیگران مشورت کنم، اطلاعیه دادم و حوزه علمیه را تعطیل کردم که آقای حجازی از دفتر رهبری تماس گرفت و گفت، اطلاعیه شما درست بود و خیلی خوب کردید که تعطیل اعلام کردید.
وی افزود: ایشان واقعاً عمیق و نوآور بود. نوآوری ایشان در مباحث فلسفی از بزرگانی چون شهید مطهری بیشتر بوده و در هر موضوعی همچون کلام، فلسفه و تفسیر قلم می‌زد، عمیق و نوآورانه این کار را انجام می‌داد و شاید بعد از علامه طباطبایی، ایشان را نام برد که به عمقی این کارها را انجام می‌داد.
آیت الله اعرافی گفت: مرحوم آیت الله مصباح یزدی دارای فکر خیلی منتظم، منظومه وار و نظامند و از جامعیت علمی بالایی برخوردار بود، به دنبال کشف حقیقت و صاحب فکر برنامه‌ریزی و ساختاری هم بود. مؤسسه امام خمینی (ره) گوشه‌ای از کار ایشان بود.
عضو شورای عالی حوزه‌های علمیه، اظهار داشت: اما در حوزه نسبت به اندیشه ایشان بر چند محور تأکید شده که از جمله ارائه و گنجاندن آثار ایشان در نظام درسی بر اساس کتاب‌های درسی بدیل است.
مدیر حوزه‌های علمیه بیان کرد: کار دیگر که قرار است در درختواره رشته‌ها دنبال شود، حداکثر اهتمام به آثار ایشان در تنظیم مواد است.
وی افزود: اقدام دیگر که باید صورت بگیرد، گذراندن دوره‌ای از معارف اسلامی در قالب طرح ولایت، شهید مطهری، نظام اندیشه برای طلاب سطح اول حوزه است. طرح ولایت هم جز همین طرح است و قرار است طلاب سطح اول این دوره را هم بگذرانند.
آیت الله اعرافی گفت: کار دیگری که باید صورت بگیرد، توسعه ترجمه آثار ایشان و عرضه به زبان دیگر است. این کار در جامعه المصطفی و مجمع تقریب صورت گرفته و حوزه در این راستا در تلاش است تا انجام دهد.
عضو فقهای شورای نگهبان، در توصیه به اعضای «طرح مطالعاتی آثار آیت الله مصباح یزدی» بیان داشت: کارهایی که شما در رابطه با ایشان می‌توانید انجام بدهید، چند کار است که از جمله، باید راه آینده و الگوی کاری خود را مشخص و انتخاب کنید و دیگر اینکه حوزه مطالعاتی و رشته اندیشه شناسی آیت الله مصباح یزدی را راه اندازی کنید. در فرانسه که بودم متوجه شدم اندیشمندان علمی آنها روی شخصیت علمی حوزه و مرجعیت شیعه از جمله آیت الله مصباح فعالیت علمی و مطالعه می‌کردند، ولی ما در رابطه با اندیشمندان خود این کار را نکردیم. پس حوزه مطالعاتی و اندیشه‌ای در مورد مرحوم مصباح باید فعال شود.