آیت الله اعرافی مدیر حوزه های علمیه در آغاز جلسه شورای معاونین مرکز مدیریت حوزه های علمیه به تحلیل و تبیین مواضع اسلام و علما و مراجع دینی در خصوص هتک حرمت نبی مکرم اسلام(ص) پرداخت و گفت: گروه های مختلف در جهان اسلام این حرکت زشت و ناپسند را محکوم کردند و حوزه، علما و مراجع عظام تقلید هم نسبت به این حرکت که تحت عنوان آزادی بیان انجام شده است، اعلام موضع کردند و این حرکت ناپسند را محکوم کردند.
وی افزود: آنچه باید مورد تاکید قرار گیرد این است که ما به عنوان حوزه و جهان اسلام، آزادی بیان و نقد و گفت و گوی علمی را محکوم نمی کنیم، چرا که همه می دانند حوزه های علمیه شیعی، همیشه مهد گفت و گوی علمی و نقد و بررسی بوده اند؛ اما آنچه  در این قصه مورد محکومیت قرار رفته است اهانت و توهین است.
مدیر حوزه های علمیه خاطرنشان ساخت: هر منطق و عقل سلیم می پذیرد که توهین و اهانت درست نیست به ویژه اگر متوجه شخصیت های بزرگ باشد؛ از چند جهت این کار یک حرکت زشت است؛  در دایره آزادی بیان نیست، بلکه آزادی توهین و اهانت است و هم اینکه اهانت به یک شخصیت بزرگ است و نیز اینکه این کار اهانت به کسی است که نسبت به همه بشریت و انسانیت حق دارد.
امام جمعه قم افزود: این اقدام، اقدامی است که می تواند جنگ و نزاع و درگیری را در عالم تشدید و صلح را تضعیف کند و ما از موضع صلح و تعامل میان ادیان می گوییم که نباید به شخصیت های آسمانی توهین صورت گیرد.
آیت الله اعرافی با ابراز تاسف از دفاع شخصیت های سیاسی و به اصطلاح برجسته جهان غرب از این گونه توهین ها، تاکید کرد: مکرون رئیس جمهور فرانسه، باید بداند که در جهان اسلام منفورترین آدم است که از این توهین دفاع کرده است، البته کارهای تند و زشت داعش مسلکی، مورد تایید بزرگان  و شخصیت ها و مراجع ما نیست.
وی افزود: انتظار می رود که مجامع بین المللی پروتکل هایی را تعریف کنند که مانع از این توهین هایی بشود که باعث جنگ و نزاع شود، شایسته است کار مشترکی با مجامع بین المللی صورت گیرد که این کارهای زشت را جلوگیری کنند.
مدیر حوزه های علمیه با اشاره به سیاست یک بام و دو هوای غربی ها، گفت: شخصیت هایی که از این حرکات زشت دفاع می کنند در هلوکاست و مسائل کشور خودشان با کمال تأسف موضع  می گیرند و کسی جرات نمی کند علیه خودشان یا مقدساتشان چیزی بگوید.
آیت الله اعرافی ابراز داشت: لازم است دستگاه های ادیان دیگر همکاری کنند تا در مقابله با اینگونه کارهای ناشایست به یک اجماع بین المللی برسیم.
وی گفت: ما در هفته وحدت قرار داریم و ضمن تبریک موالید گرامی این ماه، باید همه فِرق بدانیم که پیامبر(ص) رمز وحدت و نماد تمدن اسلامی است و ما در سایه آن چهره نورانی به همکاری و هم افزایی اقدام کنیم.
آیت الله اعرافی خاطر نشان ساخت: ما اهل بیت(ع) را باید فراتر از تشیع به معنای خاص قرار دهیم و این محور باید مورد توجه باشد و اینکه ما در شرایطی قرار داریم که این تفرق ها می تواند لطمه بزرگی به کرامت انسان بزند و قطعا بایستی در مبانی کلامی و فلسفی و فقهی و کلامی تمدن سازی و تعامل با مذاهب، کار بیشتری انجام دهیم، نباید به جنگ و نزاعی در جهان اسلام دامن بزنیم و این آموزه ای است که بزرگان یاد ما داده اند.