بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران از بدو شروع نهضت و در کوران سال‌های مبارزه همواره بر استقلال و قطع وابستگی به غرب و شرق و به رسمیت شناختن آقایی ملت ایران، تاکید داشت. ایشان انقلاب اسلامیِ بدون انقلاب فکری و اعتقادی در دانشگاه‌ها را بی‌فایده می‌دانستند به همین دلیل با حمایت از تعطیلی دانشگاه‌ها آن را «انقلاب دوم» نامیدند.
امام (ره) در پیام نوروزی‌شان در سال 1359 بیان داشتند: «... وظیفه ماست که در مقابل ابرقدرت‌ها بایستیم و قدرت ایستادن هم داریم؛ به شرط اینکه روشنفکران دست از غرب و شرق و غرب‌زدگی و شرق‌زدگی بردارند و صراط مستقیم اسلام و ملیت را دنبال کنند... ما باید در صدور انقلاب‌مان به جهان کوشش کنیم و تفکر اینکه ما انقلاب‌مان را صادر نمی‌کنیم کنار بگذاریم؛ زیرا اسلام بین کشورهای مسلمان فرقی قائل نمی‏‌باشد و پشتیبان تمام مستضعفین جهان است.»
ایشان با بیان اینکه «مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان می‌باشد، اعلام شده است و تاکنون اقدام مؤثری انجام نشده است»، هشدار دادند: «ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند. ادامه این فاجعه که مع‌الاسف خواست بعضی گروه‌های وابسته به اجانب است، ضربه‌ای مهلک به انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی وارد خواهد کرد و تسامح در این امر حیاتی، خیانتی عظیم بر اسلام و کشور اسلامی است.»
در نظر امام خمینی(ره) وضعیت فرهنگ کشور در دانشگاه‌ها و مدارس کشور تا قبل از انقلاب فرهنگی، اینگونه بود: «مدارس ما، اساتیدی که در دانشگاههای ما هستند بسیاری از آنها در خدمت غربند. جوانهای ما را شستشوی مغزی می‌دهند. جوانهای ما را تربیت فاسد می کنند. ما نمی‌خواهیم بگوییم ما علوم جدیده را نمی‌خواهیم. ما نمی‌خواهیم بگوییم که علوم دو قسم است، که بعضی مناقشه می‌کنند، عمداً یا از روی جهالت. ما می‌خواهیم بگوییم دانشگاههای ما اخلاق اسلامی ندارد. دانشگاه ما تربیت اسلامی ندارد. اگر دانشگاههای ما تربیت اسلامی و اخلاق اسلامی داشت، میدان زد و خورد عقایدی که مضر به حال این مملکت است، نمی‌شد. اگر اخلاق اسلامی در این دانشگاهها بود این زد و خوردهایی که برای ما بسیار سنگین است، تحقق پیدا نمی‌کرد. اینها برای این است که اسلام را نمی‌دانند و تربیت اسلامی ندارند.»
رهبر فقید انقلاب اسلامی هدف از اعلام انقلاب فرهنگی در دانشگاه‌ها را اینطور تبیین کردند: «در این پنجاه سال (دوران پهلوی) قوای ما را به هدر بردند یا به خدمت خارجی‌ها وادار کردند. معلمین مدارس ما، معلمین اسلامی به حسب نوع نیست، و تربیت در کنار تعلیم نبوده است. و لهذا آن چیزی که از دانشگاههای ما بیرون آمده است، یک انسان متعهد، یک شخصی که برای مملکت خودش دلسوز باشد، و تمام نظرش به این نباشد که منافع خودش را به دست بیاورد، ما نداریم. ما که می‌گوییم باید بنیادا اینها تغییر بکند، می‌خواهیم بگوییم که دانشگاههای ما باید در احتیاجاتی که ملت دارند، در خدمت ملت باشند، نه در خدمت اجانب.»
بنیانگذار انقلاب اسلامی توهمِ تدریس فیزیک و هندسه اسلامی در دانشگاه‌های جمهوری اسلامی ایران را ساخته و پرداخته اذهان بیمار دانستند و افزودند: «بعضی گمان کردند که کسانی که اصلاح دانشگاهها را می‌خواهند و می‌خواهند دانشگاهها اسلامی باشد این است که گمان کردند که ـ این اشخاص توهم کردند که ـ علوم دو قسم است، هر علمی دو قسم است. علم هندسه یکی اسلامی است، یکی غیراسلامی. علم فیزیک یکی اسلامی است، یکی غیراسلامی. از این جهت اعتراض کردند به اینکه علم، اسلامی و غیراسلامی ندارد و بعضی توهم کردند که اینها که قائلند به اینکه باید دانشگاهها اسلامی بشود یعنی فقط علمِ فقه و تفسیر و اصول در آنجا باشد. یعنی همان شأنی را که مدارس قدیمه دارند باید در دانشگاهها هم همان تدریس بشود. اینها اشتباهاتی است که بعضی می کنند، یا خودشان را به اشتباه می‌اندازند.»
یک ماه و نیم پس از بیان این سخنان، حکم تشکیل کمیته انقلاب فرهنگی در مورخ 23 خرداد 1359 از سوی امام خمینی (ره) صادر و محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل احمد، جلال الدین فارسی و علی شریعتمداری  مسؤول دعوت از صاحب‌نظران متعهد از بین اساتید مسلمان، کارکنان و دانشجویان متعهدِ با ایمان و دیگر قشرهای تحصیلکرده، متعهد و مؤمن به جمهوری اسلامی شدند تا برنامه‌ریزی لازم برای رشته‌های مختلف، ترسیم خط مشی فرهنگی آینده دانشگاه‌ها بر اساس فرهنگ اسلامی، انتخاب و آماده‌سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی را به سرانجام برسانند.
رهبر فقید انقلاب اسلامی در این حکم متذکر شدند: «بدیهی است بر اساس مطالب فوق، دبیرستان‌ها و دیگر مراکز آموزشی که در رژیم سابق با آموزش و پرورشی انحرافی و استعماری اداره می‌شد، تحت رسیدگی دقیق قرار گیرد تا فرزندان عزیزم از آسیب و انحراف مصون گردند.»
امام خمینی در ارزیابی از کارنامه کمیته انقلاب فرهنگی، بیان کردند: «بحمد الله ستاد انقلاب فرهنگی در مدت کوتاهی که از عمرش گذشته خدمتهای ارزنده و گامهای مفید و مؤثری در این امر حیاتی برداشته؛ و مورد تقدیر و تشکر است. ولی خروج از فرهنگ بدآموز غربی و نفوذ و جایگزین شدن فرهنگ آموزنده اسلامی - ملی و انقلاب فرهنگی در تمام زمینه ها در سطح کشور آن چنان محتاج تلاش و کوشش است که برای تحقق آن سالیان دراز باید زحمت کشید و با نفوذ عمیقِ ریشه دار غرب مبارزه کرد. و ما می دانیم که اگر با دقت ریشه یابی کنیم، آنچه بر ملت ما گذشته و اکنون می گذرد حتی جنگ تحمیلی، سرچشمه از دانشگاه غربزده و متخصصان غیر متعهد و وابسته گرفته است.»
ایشان تاکید کردند: «قشر متدین انقلابی اعم از اساتید متعهد و معلمان وطنخواه اسلامی و دانشجویان انقلابی موظفند با هوشیاری بدون غفلت از این مسئله مهم، به دانشگاهها و مدارس و آنان که هنوز خواب رژیم سابق را می بینند و رویه های فرهنگ شرق را در سر می پرورانند. اجازه ندهند که خارج از دروس موظف خود به صحبتهای انحرافی بپردازند. و در صورتی که نصیحت بر آنان اثر نداشت به شورای عالی انقلاب فرهنگی، که شکل گرفته است و انجام وظیفه میکند، اطلاع دهند و باید بدانند با مسامحه در این امر بتدریج در دانشگاهها و دبیرستانها خط انحرافی، نفوذ خواهد کرد و در پیشگاه خداوند متعال مسئول هستند. اینک با تشکر از زحمات ستاد انقلاب فرهنگی برای هر چه بارورتر شدن انقلاب در سطح کشور تقویت این نهاد را لازم دیدم.»
بدین‌تریب ترکیب کمیته انقلاب فرهنگی در دو مرحله اصلاح و تکمیل شد و به سطح «شورای عالی» ارتقاء یافت. بار اول شهریور 1362 و بار دوم آذر 1363. در مجموعِ این دو تغییر علاوه بر اعضای مذکور، روسای قوای سه‌گانه شامل آیت الله سیدعلی خامنه‌ای، آیت الله موسوی اردبیلی و حجت‌الاسلام علی‌اکبر هاشمی ‎‏رفسنجانی، میرحسین موسوی نخست وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی، فرهنگ و ارشاد اسلامی و آموزش و پرورش،  علی شریعتمداری، احمد احمدی، عبدالکریم سروش و مصطفی معین، مهدوی‌کنی، سیدرضا داوری، نصرالله پورجوادی و محمدرضا هاشمی و دو  دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی به ترکیب این شورا اضافه شدند.
بنیانگذار انقلاب اسلامی در اولین دیدارشان پس از ارتقاء کمیته به شورای انقلاب فرهنگی، بیان کردند: «البته مسئله چون خیلی مهم است و سرنوشت انقلاب و اسلام بستۀ به اوست بقایش، از این جهت، باید همیشه این حساسیت را داشت. ... مسئلۀ دانشگاه یک مسئله فوق‌العاده است که این افرادی که از دانشگاه در می‌آیند یا مخرب یک کشوری هستند یا سازندۀ آن کشور هستند، و در کشور ما، یا رو به اسلام می‌برند کشور ما را، یا منحرفش می‌کنند. این از چیزهایی است که از دانشگاه می‌آید این کار، چنانچه از حوزه‌های علمیه می‌آید این کار، از این جهت، خیلی مهم است این امر.»
رهبر فقید انقلاب اسلامی متذکر شدند: «... در انقلاب فرهنگی، آنی که برای شما فایده دارد ـ یک وقت برای مملکت فایده دارد، یک وقت برای دانشجوها فایده دارد، یک وقت برای شما آقایان ـ آنی که برای شما فایده دارد این است که انگیزه تان این باشد که این دانشگاه را ببرید طرف اسلام، الهی اش کنید. هر درسی می خواهند بخوانند مانع ندارد، درس هایی که ‏[‏‏مفید‏‏] است، اسلام با همۀ [‏‏درسها‏‏]‏‏، الا بعضی از درس ها استثنا کرده، با همه موافق است. اما آنی که برای ماها فایده دارد این است که ما بخواهیم همین اسلامی بودن را الهیش کنیم، بخواهیم الهی باشد این کار ما، برای خدا کار بکنیم، این برای خودتان فایده دارد، موفق بشوید فایده دارد، موفق هم نشوید فایده دارد. و اگر این انگیزه شد مسلماً دنبال این هستید که کار خوب باشد.»
امام (ره) تاکید کردند: «‏‏دانشگاه را باید شما روبه خدا ببرید، رو به معنویت ببرید و همۀ درسها هم خوانده بشود، همۀ درسها هم برای خدا خوانده بشود. اگر این را توانستید که شما برای این کار بروید و این کار را بکنید، در کارتان موفقید، چه برسید به مقصدتان، چه نرسید به مقصدتان. ... دانشگاه جوری است که نظرهای فاسد دنبالش است به اینکه یک کار خلافی بشود در آن ... .»
ترکیب شورای عالی انقلاب فرهنگی در دوره  حضرت آیت الله خامنه ای طی سال‌های 1375، 1390 و 1393 سه بار اصلاح شد و آخرین ترکیب آن متشکل از 21 عضو حقیقی، 23 عضو حقوقی و یک عضو افتخاری است.
در حکمی که مقام معظم رهبری برای اعضای شورای انقلاب فرهنگی در سال 1375 صادر کردند، آمده بود: «شورای عالی انقلاب فرهنگی که با تدبیر حکیمانه امام راحل عظیم‌الشأن به جای ستاد انقلاب فرهنگی پدید آمد، نقش فعال و مؤثری را در عرصه‌های امور فرهنگی کشور به‌خصوص دانشگاه‌ها ایفا کرد و برکات زیادی از خود به‌جای گذارد. اکنون با پیشرفت کشور در کار سازندگی و گسترش دامنه نیاز به دانش و تخصص و لزوم فراگیری علوم و فنون و پرورش محققان و نوآوران و استادان و متخصصان کارآمد، اهمیت این بخش از مسائل فرهنگی تأکید مضاعف یافته است.»
ایشان در این حکم تاکید کردند: «توسعه دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها و دیگر مراکز آموزش و آموزش عالی که پاسخ طبیعی به آن نیاز است و افزایش چشمگیر کمیت دانشجویی، به‌نوبه خود تکالیف تازه‌یی را بر عهده مسئولان امور فرهنگی کشور می‌گذارد که برتر از همه آنها اولا کیفیت بخشیدن به مایه‌های علم و تحقیق در این مراکز و ثانیاً پرداختن به تربیت معنوی دانشجویان و هدایت فکر و عمل آنان است. همه این حقایق مهم و هشدار دهنده، مسؤولان فرهنگی کشور را به تدبیری برتر و اهتمامی بیشتر و تلاشی گسترده‌تر فرا می‌خواند و به ویژه شورای عالی انقلاب فرهنگی را که در جهاد ملی با بی‌سوادی و عقب‌ماندگی علمی و تبعیت فرهنگی، در حکم ستاد مرکزی و اصلی است، به تحرک و نوآوری و همت‌گماری برمی‌انگیزد.»

احکام اعضای حقیقی و حقوقی شورای عالی انقلاب فرهنگی در دوره رهبری مقام معظم رهبری در سالهای 1375، 1381، 1386، 1390 و 1393 صادر شده است.