رهبر انقلاب فلسفه تشکیل شورای عالی فضای مجازی را ضرورت برنامه‌ریزی و هماهنگی مستمر به منظور صیانت از آسیب‌های ناشی از آن برشمردند تا «نقطه‌ی کانونی متمرکزی برای سیاستگذاری، تصمیم‌گیری و هماهنگی در فضای مجازی کشور بوجود آید.»

اعضای حقوقی این شورا در دوره اول عبارت بودند از: رئیس جمهور(رئیس شورای عالی)، رئیس مجلس شورای اسلامی، رئیس قوه قضائیه، رئیس سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران، دبیر شورای عالی و رئیس مرکز، وزیر ارتباطات و فناوری اطلاعات، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، وزیر اطلاعات، رئیس کمیسیون فرهنگی مجلس شورای اسلامی، رئیس سازمان تبلیغات اسلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، فرمانده نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران.

از جمله وظایف ذکر شده برای این شورا عبارت بود از تشکیل مرکزی به نام مرکز ملّی فضای مجازی کشور تا اشراف کامل و به روز نسبت به فضای مجازی در سطح داخلی و جهانی و تصمیم‌گیری نسبت به نحوه مواجهه فعال و خردمندانه کشور با این موضوع از حیث سخت‌افزاری، نرم‌افزاری و محتوایی در چارچوب مصوّبات شورای عالی و نظارت بر اجرای دقیق تصمیمات در همه سطوح را داشته باشد.
سه سال و نیم بعد در ۱۴ شهریورماه سال ۹۴، رهبر انقلاب احکام اعضای جدید شورا را صادر و دستورات جدیدی برای عملکرد بهتر شورا ذکر کردند.

فرمان ۱۰ بندی رهبر معظم انقلاب برای دوره جدید شورا به این شرح بود:
۱ـ انحلال شوراهای عالی مصوب در گذشته که موازی این شورا هستند، به‌منظور تحکیم جایگاه فراقوه‌ای و موقعیت محوری و کانونی شورای عالی و نیز انتقال وظایف آن شوراها به شورای عالی فضای مجازی.
۲ـ تثبیت و تقویت جایگاه مرکز ملی فضای مجازی به عنوان بازوی شورای عالی فضای مجازی در جهت تحقق تصمیمات آن شورا.
۳- ارتقای جمهوری اسلامی ایران به قدرت سایبری در طراز قدرت‌های تأثیرگذار جهانی و برخورداری از ابتکار عمل و قدرت تعامل با دیگر کشورها در جهت شکل‌دهی به قواعد و قوانین مرتبط با فضای مجازی در عرصه جهانی با رویکرد اخلاق‌مدار و عادلانه.
۴- اهتمام ملی و همه‌جانبه و سرمایه‌گذاری جدی در امر ایجاد و توسعه انواع فناوری‌ها و صنایع کاملاً پیشرفته و رقابتی خصوصاً با استفاده و ایجاد رشته‌های نوین دانشگاهی و تربیت سرمایه‌های انسانی متعهد، ‌متخصص و کارآمد مورد نیاز در بخش‌های سخت‌افزاری و نرم‌افزاری، محتوایی و خدماتی در تمامی ابعاد فضای مجازی به‌ویژه در برنامه ششم توسعه و برنامه‌ریزی سالانه کشور.
۵ـ تسریع در راه‌اندازی شبکه ملی اطلاعات پس از تصویب طرح آن در شورای عالی و نظارت مستمر و مؤثر مرکز ملی بر مراحل راه‌اندازی و بهره‌برداری از آن.
۶ـ اهتمام ویژه به سالم‌سازی و حفظ امنیت همه‌جانبه فضای مجازی کشور و نیز حفظ حریم خصوصی آحاد جامعه و مقابله مؤثر با نفوذ و دست‌اندازی بیگانگان در این عرصه.
۷ـ ترویج هنجارها، ‌ارزش‌ها و سبک زندگی اسلامی ایرانی و ممانعت از رخنه‌ها و آسیب‌های فرهنگی و اجتماعی در این عرصه و مقابله مؤثر با تهاجم همه‌جانبه فرهنگی و نیز ارتقای فرهنگ کاربری و سواد فضای مجازی جامعه.
۸- احراز جایگاه و سهم مناسب برای اقتصاد دانش‌بنیان در فضای مجازی در چارچوب سیاست‌های اقتصاد مقاومتی کشور و برنامه‌ریزی همه‌جانبه برای بهبود شرایط کسب و کار مرتبط با فناوری‌های مجازی و بهره‌گیری از فرصت‌های اشتغال‌زایی و نیز رونق محتوا، خدمات و تجارت در این عرصه.
۹- توسعه محتوا و خدمات کارآمد و رقابتی منطبق بر ارزش‌ها و فرهنگ اسلامی – ایرانی در تمامی قلمروهای مورد نیاز جامعه و جلب مشارکت‌های مردمی و بکارگیری ظرفیت‌های بخش خصوصی در این زمینه.
۱۰- تدوین و تصویب نظام‌های امنیتی، حقوقی، قضایی و انتظامی مورد نیاز در فضای مجازی.

رهبر معظم انقلاب همچنین در تاریخ ۱۶ فروردین ۱۳۹۴، در اولین دیدار اعضای شورای عالی فضای مجازی، این شورا را مرکز اصلی سیاستگذاری آگاهانه، مسئولانه و مقتدرانه در خصوص فضای مجازی خواندند و با اشاره به گسترش روزافزون و پرسرعت پدیده‌ی عظیم و بی‌نظیر فضای مجازی تأکید کردند: باید با استفاده از توانایی‌ها و استعدادهای جوان کشور و با سیاستگذاری صحیح و اقدامات سنجیده و هماهنگ و بدون از دست دادن زمان به سمت خروج از حالت انفعال در عرصه‌ی فضای مجازی و حضور فعال و تأثیرگذار و تولید محتوای اسلامی متقن و جذاب حرکت کنیم.

از دیگر تاکیدات آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار باید به لازمه‌ی حضور فعال و تأثیرگذار در فضای مجازی، «تمرکز در تصمیم‌گیری»، «جدیت در اجرا بدون از دست دادن زمان»، «هماهنگی میان دستگاه‌ها» و «پرهیز از موازی‌کاری و تعارض» اشاره کرد.

اهمیت جایگاه شورای عالی موجب شده تا رهبر انقلاب بارها در سخنرانی‌هایشان به نقش این شورا اشاره کنند، از جمله در ۱۶ شهریور ماه ۹۵ در لزوم شناخت فضای مجازی فرمودند: « ما باید خودمان را مجهّز کنیم؛ خیلی از ماها مجهّز نیستیم، خیلی از ماها نمیدانیم، نه از جنبه‌های نرم‌افزاری، نه از جنبه‌های سخت‌افزاری. بعضی‌ها با این روشهای جدید اصلاً آشنایی ندارند، با رایانه و مانند آن اصلاً آشنا نیستند... کسانی که اهمّیّت این کار بزرگ را بدرستی و آنچنان‌که باید و شاید درک نمیکنند لذا اقدام لازم را انجام نمی‌دهند. ما شورای عالی فضای مجازی درست کردیم برای همین قضیّه؛ برای اینکه مسئولان بیایند دور هم بنشینند، فکر کنند، متمرکز کنند اراده‌ها و تصمیم‌ها و اقدام‌های خودشان را برای مواجهه‌ی با این حادثه‌ی بزرگ. این یک عرصه‌ای است که دارای منافع بی‌شمار و دارای مضرّات بی‌شمار است؛ عرصه‌ی فضای مجازی این‌جوری است؛ می‌توان از آن حدّاکثر منافع را [کسب کرد]؛ همان کاری که آن دشمن میکند، شما [هم] میتوانید بکنید در جهت عکس؛ [یعنی‌] مفاهیم اسلامی و معارف اسلامی را پخش کنید بدون هیچ مانع و رادعی.»

رهبر انقلاب در دیدار با اعضای هیأت دولت در تاریخ ۱۳۹۵/۰۶/۰۳ با تأکید بر ضرورت استفاده‌ی حداکثری از فرصت‌های فضای مجازی و دفع تهدیدهای آن، هدف از تشکیل شورای عالی فضای مجازی را همین مسئله بیان و خاطرنشان کردند: باید در ایجاد شبکه‌ی ملی اطلاعات و راه‌اندازی آن تسریع شود.

شورای عالی فضای مجازی در اولین جلسه خود تعریف و الزامات حاکم بر تحقق شبکه ملی اطلاعات را تصویب کرد. طبق این مصوبه الزامات شبکه ملی اطلاعات عبارت است از شبکه‌ای متشکل از زیرساخت های ارتباطی کاملا داخلی و امکاناتی همچون عرضه انواع خدمات محتوا و خدمات ارتباط سراسری به آحاد مردم.

سند صیانت از کودکان و نوجوانان در فضای مجازی، سند راهبردی جمهوری اسلامی ایران در فضای مجازی، راهکار توسعه صادرات نرم افزار، الزامات سامانه های الکترونیکی آموزش و پرورش و شبکه آموزشی دانش آموز (شاد)، پیشگیری و مقابله با قمار در فضای مجازی دیگر مصوبات این شورا در دوران حیات ۱۲ ساله است.