حجت الاسلام روح الله شاطری درباره انتقادهای بی‌شمار به ویژه جریان دانشجویی به فعالیت‌های شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها بیان کرد: این شورا چند سالی است که فعالیت‌های مناسبی را انجام داده و در حال اجرای سند اسلامی شدن است. 
وی ادامه داد: شورا حدود ۱۰ سال پیش برای اولین بار، سند اسلامی شدن دانشگاه‌ها را به مرکز مطالعاتی علوم اجتماعی دانشگاه تهران  و بعد از آن به جهاد دانشگاهی ارائه داد تا اجرایی شود. در صورتی که این شاخص ها نهایی شود، براساس آن رصد، کنترل و ارزیابی راهبری فرایندها دقیق تر و مناسب تر خواهد شد.
دبیر شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها در پاسخ به این پرسش که چرا شورای اسلامی شدن که متشکل از ۵ نهاد است تا کنون گزارشی از فعالیت خود ارائه نکرده است، گفت: این شورا تا کنون در حال ریل‌گذاری بوده است؛ چرا که شاخص‌های ارزیابی دانشگاه اسلامی که یکی از کارهای جدی و سخت در حوزه کیفی سازی در آمار و ارزیابی است را تعریف می‌کند. 
وی با اشاره به اینکه استادان قوه عاقله دانشگاه‌ها برای حل مسائل کلان در سطح کشوری هستند، ادامه داد: برگزاری دوره‌های دانش افزایی معرفتی بین استادان یکی از فعالیت‌های مهم این شورا است چرا که باعث می‌شود دانشگاه‌ها وارد مدار حوزه‌های سیاست گذاری و برنامه ریزی‌های کشور شوند. همچنین ظرفیت‌های علمی و فرهنگی استادان شناسایی و مورد استفاده قرار خواهد گرفت.
حجت الاسلام شاطری با بیان اینکه شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها مصوبات و سیاست گذاری‌های مناسبی انجام داده است، گفت: برگزاری دوره‌های تعامل علمی بین حوزه و دانشگاه و شکل گیری حوزه‌های مطالعاتی بین رشته‌ای، طرح موفقی بوده که مدت زمانیست در حال اجرایی شدن است.
دبیر شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها اضافه کرد: سیاست گذاری‌های حوزه فرهنگی، نظام جامع مدیریت، نظام رتبه بندی و شاخص بندی دانشگاه‌ها و آیین نامه‌های ارتقا تماما به کیفی سازی فرآیند علم در دانشگاه کمک می‌کند. تمامی این موارد جزو مصوبات شورای اسلامی شدن است.
وی درباره انتقادات به اجرایی نشدن سند اسلامی در دانشگاه‌ها یا بازنگری این سند عنوان کرد: به هیچ عنوان اینگونه نیست که این سند اصلا در دانشگاه‌ها اجرا نشده باشد. بخش‌هایی  از مصوبات این سند از سال ۷۶ اجرا شده و این شورا در سال ۹۲ بازنگری اولیه را انجام داد.
حجت الاسلام شاطری مطرح کرد: بازنگری در راستای به‌روزرسانی نظام‌های سند دانشگاهی و انطباق دقیق‌تر آن با نظام های چهارگانه دانشگاهی است. همچنین برای جلوگیری از موازی کاری و راکد نماندن  بخشهایی از مصوبات و سیاست ها ضمن اجرای سند، بازنگری انجام می‌شود.
دبیر شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها در پایان درباره بازنگری سند اسلامی شدن دانشگاه‌ها خاطرنشان کرد: سند قبلی ناظر بر ۴ زیر نظام دانشگاه یعنی آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و مدیریتی نبود، این بازنگری با هدف اجرای فرآیند، برنامه‌های اجرایی اولویت دار و نظارت دقیق و رصد بهتر مطلوب است.