آیت الله اعرافی در پیامی شهادت شهید محسن فخری زاده را تسلیت گفت که متن پیام مدیر حوزه های علمیه بدین شرح است:
     
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
 ولا تحسبن الذین قتلوا فی سبیل الله امواتا بل احیا عند ربهم یرزقون
 شهادت دانشمند متعهد و متخصص، مدیر مجاهد و خستگی ناپذیر و چهره نقش آفرین در دانش و فناوری دفاعی و موشکی و هسته ای جمهوری اسلامی ایران جناب آقای دکتر محسن فخری زاده (ره) توسط  تروریست های  بزدل وایادی جنایتکار استکبار موجب تاسف و تاثر  ملت بیدار و دلیر ایران وحوزه های علمیه گردید.
 آن استاد گرانقدر در حیات سراسر افتخار آمیز و پربرکت خویش در عرصه تحقیق و فعالیت علمی و مدیریت پژوهش های دفاعی صادقانه و متعهدانه و مبتکرانه تلاش نمود و پیشرفت های بزرگی برای میهن اسلامی رقم زد و در نهایت به سرنوشت مباهات آمیز شهادت دست یافت و به یاران شهیدش پیوست.
این جنایت ددمنشانه و اقدام تروریستی کوردلانه که در هفته بسیج و سالگرد شهادت دانشمند فرزانه شهید شهریاری (ره) توسط عناصر خودفروخته تروریستی صورت گرفت بار دیگر ترس و وحشت دشمنان جمهوری اسلامی ایران را از پیشرفت های اعجاب برانگیز دفاعی کشور به جهانیان ثابت کرد.
اینجانب بنام حوزه‌های علمیه شهادت و عروج ملکوتی این دانشمند ارشد و مدیر جهادی را  به مقام معظم رهبری و فرماندهی کل نیروهای مسلح مدظله العالی، ملت رشید و شهیدپرور کشور و خانواده ارجمند، دوستان، آشنایان و همکاران ایشان تسلیت و تبریک عرض می کنم و از درگاه خداوند متعال برای آن شهید عزیز رضوان و غفران الهی و برای خانواده ایشان صبوری و شکیبایی و اجر جزیل  مسئلت می نمایم.
مستکبران عالم بدانند ایران بیدار و مقاوم و دانشمندان سرافراز آن در برابر آنان تسلیم نخواهد شد و راه استقلال و آزادی و پیشرفت و مقاومت خودرا ادامه خواهد داد و داغ سازش و تسلیم را بر دل آن خواهد نهاد و این حوادث خللی در اراده ایران وارد نخواهد آورد و بسیج قهرمان و محور مقاومت آرمان های انقلاب اسلامی را محقق خواهد ساخت.
 مؤکدا از مسئولان امنیتی کشور می خواهم که در نهایت دقت و سرعت نسبت به شناسایی و برخورد قاطع با عوامل و محرکان این جنایت فجیع اقدام نمایند.
علیرضا اعرافی
مدیر حوزه های علمیه