آیت الله اعرافی در پیامی درگذشت آیت الله شیخ محمدعلی تسخیری را تسلیت گفت که متن پیام مدیر حوزه های علمیه بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
خبر ارتحال دانشمند روشن اندیش و پارسا و فداکار و مجاهد مرحوم آیت الله آقای حاج شیخ محمد علی تسخیری قدس الله نفسه الزکیه برای امت اسلام، جبهه مقاومت، ملت شریف ایران، حوزه های علمیه، مراجع عظام، رهبر عظیم الشأن انقلاب اسلامی و همه شاگردان و دوستان آن فقید سعید سنگین و جانگداز بود.
این دانشمند و فقیه وارسته عمر شریف خود را در فراگیری علوم اسلامی و نشر معارف الهی و جهاد در راه خدا و تقریب امت اسلامی و حمایت از محور مقاومت و مبارزه با طواغیت منطقه و مستکبران عالم سپری کرد.
وی سیر خود را از نجف و معاشرت با اعلام آن و بویژه امام راحل قدس سره الشریف و مجاهد شهید آیت الله سید محمد باقر صدر اعلی الله مقامه الشریف آغاز و در قم ادامه داد و به قله های بلند علمی نائل و سپس با پیروزی انقلاب اسلامی در تهران استقرار یافت و خدمت های بی شمار وی درطول چند دهه سرآمد و زبانزد شد.
شخصیت گرانقدر و بین المللی و ارتباطات گسترده وی در وحدت امت اسلام و تقریب مذاهب و مبارزه با استکبار و حضور مجاهدانه و آگاهانه و هوشمندانه در نهادهای بین المللی در ایران و منطقه و جهان و نقش کارساز وی در تأسیس و اداره و هدایت نهادهای گوناگون حوزوی و فرهنگی و بین المللی مانند جامعة المصطفی و سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی و مجمع أهل بیت (ع) و مجمع تقریب اسلامی و نیز مشاورت رهبری معظم انقلاب اسلامی و نمایندگی مجلس خبرگان رهبری  گوشه هایی از زندگی پربار و ثمر بخش آن عزیز سفرکرده بشمار می آید و نیز آثار علمی و فکری ایشان راهگشا و ستودنی است.
آن مرحوم با پوست و گوشت و دل و جان خود با مبارزه و انقلاب گره خورده بود و به امام راحل قدس سره و رهبری معظم انقلاب اسلامی مدظله و آرمان های شهیدان سرافراز وفادار بود و با تحمل همه ناملائمات و صبوری در برابر مصیبت ها و رنج های جسمی فراوان در عمل به وظایف و رسالت های بزرگ پیشگام و الگو بشمار می آمد و بارها در صحنه های جهانی درخشید و افتخار آفرید و احترام بزرگان و دانشمندان و رجال علم و جهاد و سیاست بر می انگیخت.
این مصیبت و ثلمه بزرگ را به امت اسلام و محور مقاومت و مردم ایران و تهران و گیلان و رهبر گرانمایه و مراجع عظام و حوزه های علمیه و شاگردان و دوستان و بویژه بیت مکرم تسخیری و بیوت وابسته و بازماندگان محترم و آقازادگان گرامی آن فقید سعید تسلیت و تعزیت عرض می کنم و علو درجات و حشر با اولیای الهی را برای آن عالم شریف و آرامش و شکیبایی و پاداش نیک الهی را برای همه داغدیدگان و بازماندگان محترم از خداوند مهربان خواستارم.
عاش سعیدا و مات سعیدا
  
علی رضا اعرافی
مدیر حوزه‌های علمیه
ورئیس هیئت امنای جامعة المصطفی (ص)
۲۸ مرداد ماه ۱۳۹۹