لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ در آذرماه سال ۹۸ از سوی رئیس جمهور به مجلس شورای اسلامی ارائه شد.
این لایحه به دلیل شیوع ویروس کرونا در کشور و همچنین تعطیلی مجلس، در کمیسیون تلفیق مجلس در ۱۱ اسفند ۹۸ در یک ماده واحده و ۲۱ تبصره به تصویب رسید و با توجه به اذن مقام معظم رهبری برای تایید به شورای نگهبان فرستاده شد.
پیش از این در لایحه تقدیمی دولت عنوان شده بود که پذیرش دانشجو در مراکز آموزشی دستگاه‌های اجرایی ممنوع شده است.
کمیسیون تلفیق بودجه مجلس در بند م تبصره ۹ این موضوع را تاکید کرده است. بر این اساس: در سال ۱۳۹۹ پذیرش و تامین اعتبار برای پذیرش دانشجوی جدید در مراکز و موسسات پژوهشی دولتی وابسته به دستگاه‌های اجرایی به غیر از وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی ممنوع است.
وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی موظف اند ظرفیت پذیرش دانشجوی جدید در مراکز و موسسات پژوهشی وابسته به خود از جمله پژوهشکده و پژوهشگاه را ۲۰ درصد کاهش دهند.
در بند ن این تبصره تاکید شده است: در سال ۱۳۹۹ صدور مجوز برای تاسیس مراکز و موسسات پژوهشی دولتی جدید برای دستگاه‌های اجرایی ممنوع است.
سازمان‌های برنامه و بودجه کشور و اداری و استخدامی کشور با همکاری وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی موظف هستند بر اساس عملکرد موسسات پژوهشی دستگاه‌های اجرایی در خصوص ساماندهی (تمدید، ادغام و یا لغو مجوز) آنها اقدام کنند.
در بند الحاقی یک این بند آمده است: به منظور ارتقای شاخص‌های علمی، پژوهشی فناوری و مهارتی، درآمدهای اختصاصی دانشگاه‌ها، موسسات آموزش عالی وابسته به وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، پارک‌های علم و فناوری و مراکز آموزش فنی و حرفه‌ای وابسته به وزارت تعاون و جهاد دانشگاهی از شمول حکم اعتبارات موضوع قانون استفاده متوازن از امکانات کشور برای ارتقای سطح مناطق کمتر توسعه یافته مستثنی هستند.
اما نکته مورد توجه این است که در همین بخش دولت یک صندوق جدید ایجاد کرده است و با عنوان «صندوق توسعه علمی و پژوهشی» سعی دارد از پایان نامه‌ها حمایت کند.
در بند الحاقی ۲ همین بند آمده است: به منظور افزایش فرصت‌های برابر و توسعه عدالت آموزشی، ارتقای کیفیت آموزش عالی، تسهیل دسترسی به تحصیلات تکمیلی، ایجاد منابع پایدار و افزایش بهره‌وری در استفاده از منابع عمومی، حمایت از پایان نامه‌ها و رساله‌های تحصیلات تکمیلی، طرح‌های پسادکتری در جهت حل نیازهای کشور و مشارکت در طرح‌های تحقیقاتی صندوق توسعه علمی و پژوهشی کشور تشکیل می‌شود.
این صندوق وابسته به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری است و به عنوان یک نهاد عمومی، غیردولتی، دارای استقلال استخدامی، اداری، مالی و معاملاتی است و بر اساس اساسنامه و مصوبات هیات امنا در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه زیر نظر رئیس جمهور اداره می‌شود.
سازمان برنامه و بودجه کشور موظف است با همکاری وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی آیین نامه اجرایی این بند را تهیه کند و منابع مورد نیاز این بند از محل بند ح این تبصره تامین می‌شود.