آیت الله اعرافی در دیدار جمعی از ائمه جمعه، مدیران و مدرسان اهل سنت استان گلستان و گیلان که در دفتر مدیر حوزه های علمیه در قم برگزار شد، ضمن تشریح اهمیت و برکات حفظ وحدت و اخوت اسلامی با اشاره به آیه شریفه«إِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ إِخْوَةٌ فَأَصْلِحُوا بَیْنَ أَخَوَیْکُمْ وَاتَّقُوا اللَّهَ لَعَلَّکُمْ تُرْحَمُونَ »، گفت: این آیه شریفه که از غرر آیات قرآن کریم است حاوی مطالب و آموزه های فراوانی برای امت اسلام است.
وی افزود: اخوت بر دو گونه است، اول اخوت، طبیعی است که بر اساس ولادت و رضاع یا بر اساس مشترکات جغرافیایی، نژادی، زبانی و چیزهایی از این قبیل است که در قرآن کریم نیز به آن اشاره شده است و نوع دیگر و مهم تر آن اخوت بر اساس فکر، معرفت، فرهنگ، اندیشه و ایمان است که این نوع اخوت در آیه شریفه«إِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ إِخْوَةٌ» مراد است که این نوع اخوت بسیار با فضیلتر و مهم تر است از نوع طبیعی تر آن است.
امام جمعه قم خاطر نشان ساخت: اخوت های طبیعی و غیر انتخابی گرچه مبنای عواطفی نیز شود و آثاری نیز داشته باشد، اما هرگز ارزشی همانند اخوت های فکری و اعتقادی ندارد، قرآن کریم نیز گرچه اخوت های طبیعی و نژادی و قبیله ای را محترم شمرده اما هرگز مدال افتخار به آن نداده است و ملاک و امتیاز انسان ها را در تقوا دانسته اما وقتی صحبت از اخوت براساس اعتقاد و ایمان می شود به زیبایی می فرماید«إِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ إِخْوَةٌ»؛ چرا که اخوت بر اساس ایمان و اعتقاد پایدار و ارزشمندتراست.
مدیر حوزه های علمیه اصل مشترک بین همه مسلمانان عالم را اخوت اسلامی دانست و تاکید کرد: هرکسی ما را از این اخوت اسلامی دور کند از اصل قرآنی پیروی نکرده است.
عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی در قسمت دیگری از سخنان خود با اشاره به نزدیک بودن یکصدمین سال تاسیس حوزه علمیه قم به برخی ویژگی ها و اقدامات مهم حوزه در یکصد سال اخیر اشاره کرد و گفت: یکصدسال اخیر حوزه علمیه قم را می شود در چند بخش به آن پرداخت؛ بخش اول حدود ۱۵ سالی است که مرحوم آشیخ عبدالکریم حائری یزدی در زمان رضاخان پهلوی مشغول پایه ریزی این حوزه مبارکه بود.
وی افزود: مرحله بعد در حدودسه تا چهار سال سه مرجع بزرگ این حوزه مبارکه را مدیریت و زعامت می کردند؛ مرحوم آیات عظام صدر، حجت و خوانساری و مرحله بعدی نیز مهاجرت آیت الله العظمی بروجردی به حوزه علمیه قم است.
امام جمعه قم مرحله بعدی از حیات مبارکه حوزه علمیه قم را نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی(ره) دانست و گفت: مرحله مهمتر در حیات حوزه علمیه قم دوران باشکوه انقلاب اسلامی می باشد در همه این مراحل علما و بزرگان زیادی از حوزه مبارکه قم برخاستند و آثار و برکات زیادی برای دنیای اسلام به ارمغان آوردند و منشاء پدیده های بزرگ در عالم اسلام بودند.
آیت الله اعرافی در بخش دیگری از بیانات خود ضمن برشمردن برخی از تحولات بزرگ در حوزه علمیه قم بعد از پیروزی انقلاب اسلامی گفت: اولین ویژگی حوزه علمیه قم پس از انقلاب توجه به ابعاد بین المللی می باشد، چرا که قبل از انقلاب تعداد معدودی از کشورهای در قم تحصیل می کردند، اما امروزه بالای صد ملیت در ایران مشغول به تحصیل و فراگیری علوم اسلامی هستند.
وی افزود: گشوده شدن درب های قم به روی سایر مذاهب اسلامی از دیگر ویژگی های حوزه بعد از انقلاب است و ما در جامعه المصطفی از همه مذاهب اسلامی پذیرش داریم و آنان نیز طبق مذاهب خودشان به تحصیل می پردازند.
امام جمعه قم با بیان اینکه در کتابخانه های حوزه های ایران از کتب اهل سنت نیز وجود دارد گفت: بسیاری از کتابخانه های قم لبریز از کتب مختلف اهل سنت است و هیچ کتابخانه ای نیست مگر آنکه از کتب مذاهب اسلامی در آن وجود دارد.
آیت الله اعرافی توجه به علوم انسانی و اجتماعی را از ویژگی های دیگر حوزه علمیه بعد از انقلاب اسلامی دانست و گفت: بعد از انقلاب اسلامی گفت و گوهای علمی زیادی میان حوزه علمیه قم با مکاتب غرب و نحله های گوناگون فکری غرب صورت گرفته است، چرا که ما معتقدیم علوم انسانی و اجتماعی درحقیقت نرم افزاری است برای اداره جهان امروزی  و یک عالم دینی نمی تواند در برابر علوم انسانی اجتماعی بی تفاوت باشد.
مدیر حوزه های علمیه خاطر نشان ساخت: گفت و گو با مکاتب فکری و اندیشمندان علوم انسانی و اجتماعی غرب یک ضرورت است و باید جاهایی که گفتمان آنان در برابر اندیشه اسلامی قرار دارد اصلاح شود و این کار با شعار و دعوا نمی شود بلکه کار علمی می خواهد که در حوزه علمیه قم این کار به صورت جدی دنبال می شود.
آیت الله اعرافی در قسمت پایانی سخنان خود ضمن اشاره به برخی ویژگی های منحصر به فرد قم در بسیاری از عرصه ها گفت: قم شرایط ویژه و مهمی دارد به عنوان نمونه باید گفت که حدود یکصدهزار نفر از همه جای ایران و ۱۳۰ کشور جهان در قم در حال تحصیل هستند و بیش از ده هزار محقق و مدرس در رشته های مختلف علوم انسانی به تولید علم و فکر مشغول هستند.
وی افزود: وجود بیش از ۳۰۰ مرکز و موسسه دینی و فرهنگی در قم و صدور مجوز برای انجمن های علمی و چاپ بیش ازیکصد مجله در رشته های مختلف علمی از دیگر ویژگی های این شهر مقدس است.