تشکیل اتحادیه­‌های صنفی یکی از راهبردهای افزایش مشارکت مردمی در اداره امور کشور بوده است. این موضوع در حوزه فرهنگی نیز مطمح نظر فعالان قرآنی قرار گرفته است و مبتنی بر مصوبه الحاقیه ضوابط و مقررات تأسیس مراکز، مؤسسات، کانون­ها و انجمن­ های فرهنگی و نظارت بر فعالیت آنها (مصوب جلسه 520 مورخ 1382/4/10 شورای عالی انقلاب فرهنگی) اتحادیه‌های تشکل‌­ها و مؤسسات مردمی قرآنی در ساحت مشارکت‌های مردمی حوزه فرهنگ قرآنی استقرار یافتند. در پی بروز مشکلات ناشی از تعدد اتحادیه‌­ها و برخی رقابت­‌های تنش ­زا، موضوع ادغام اتحادیه ­ها به مطالبه جدّی بخش مردمی تبدیل و در دستور شورای توسعه فرهنگ قرآنی قرار گرفت. این شورا مقارن با تمهید تحقق اهداف بلند نظام‌سازی و فرهنگ‌سازی قرآنی مصرح در منشور توسعه فرهنگ قرآنی، ساماندهی و رفع موازی­ کاری در امور قرآنی را نیز وجهه اهتمام قرار داد.
بر این مبنا یکی از اصلی­ ترین مصوبات و تصمیمات شورا در پاسخ به مطالبات بخش­‌های مختلف جامعه قرآنی تصویب اصل ادغام دو اتحادیه و کلیات اساسنامه اتحادیه مدغم مؤسسات مردمی و تشکل های قرآن و عترت کشور و فرایند ادغام دو اتحادیه مردم نهاد قرآنی در جلسه 24 و 25 شورا در سال 1393 و واگذاری تعیین تکلیف موارد اختلافی به هیئت رسیدگی به امور مؤسسات فرهنگی قرآن و عترت بوده است. مصوبه ابلاغی مذکور، برای همه بخش­های مرتبط قطعی و لازم­ الاجرا می­باشد. افزون بر آن صحن و ظرفیت شورا طی شش سال (در جلسات سوم مورخ 1389/2/14، بیست و یکم مورخ 1392/12/10، بیست و ششم مورخ 1394/10/5، سی‌­ام مورخ 1395/2/25، چهل و یکم مورخ 1397/6/3، چهل و دوم مورخ 1397/9/6، چهل و چهارم مورخ 1397/11/30و نیز چهل و پنجم مورخ 1398/2/31) مصروف مشاجرات و مجادلات لم لانسلِّم طرفین بود. با توجه به تقابل منافع و مضارّ ذی­نفعان در امر ادغام و غلبه مناظر فردی و گروهی بر هویت جمعی، فرایند ادغام اتحادیه ­ها در سطح استانی توسط هیئت مذکور به صورتی فرسایشی قریب به چهار سال به طول انجامید. با تغییر موضِع وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی نسبت به هیأت مذکور، مانع جدیدی بر سر ادغام ایجاد شد که نهایتاً پس از موافقت رئیس سازمان تبلیغات اسلامی توافقنامه­‌ای به تصویب جلسه 43 مورخ 1397/10/15 شورای توسعه فرهنگ قرآنی رسید. همچنین مقرر شد دو دستگاه پیشنهاد مشترک خود در خصوص ادغام دو اتحادیه را ارائه نمایند. اما نظر به عدم ارائه پیشنهاد مشترک و نیز عدم باورمندی برخی از مدیران اتحادیه­ های موجود به تأثیر ادغام در هم ­افزایی و رشد فعالیت ­ها، موضوع ادغام دو اتحادیه در سطح کشوری بر زمین تشاجر و سوء تفاهمات باقی ماند.
در این مسیر پر نشیب، دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی جهت بازگرداندن فرایند ادغام به طریق مصوب قانونی مساعی بسیاری مصروف کرد و جلسات فراوان به منظور گفتگوی طرفین به­ ویژه اقناع طرف مستنکف برگزار نمود. لکن علی­رغم این تلاش ­ها همچنان مسئله برجای مانده و منجر به ظهور و بروز مطالبات فزاینده­ تعداد کثیری از فعالان مردمی امور قرآنی در ماه­های اخیر گردیده است.
بنابراین برای تبیین و تنویر افکار فعالان قرآنی تصمیمات و ملاحظات زیر مبتنی بر مصوبه 1382/4/10 شورای عالی انقلاب فرهنگی مورد تأکید است:

1. اتحادیه ­های مردم ­نهاد قرآنی استانی که به ثبت رسیده ­اند و بر اساس مصوبات شورا و هیأت رسیدگی به مؤسسات فرهنگی قرآن و عترت به عنوان اتحادیه مدغم استانی تغییر نام و اساسنامه داده‌اند، تنها اتحادیه­ مردم‌نهاد قرآنی استان­ می­ باشند و کلیه مؤسسات فرهنگی قرآن و عترت که دارای مجوز از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و سازمان تبلیغات اسلامی هستند می‌توانند به عضویت اتحادیه استانها درآیند.
2. اتحادیه مدغم کشوری که کلیات اساسنامه آن بر اساس مصوبه جلسه 24 و 25 شورای توسعه فرهنگ قرآنی تصویب شده است؛ جایگزین اتحادیه‌های قرآنی موجود می ­شود.
3. مسئولیت قانونی اجرایی شدن مصوبه ادغام و تعیین فرآیندهای حقوقی و نظارت بر تحقق آن بر عهده هیأت رسیدگی به امور مراکز فرهنگی موضوع مصوبة جلسه 385 مورخ 1375/8/8 و ماده واحده الحاقیه مصوب جلسه 520 مورخ 1382/4/10 شورای عالی انقلاب فرهنگی است. این هیأت می­ تواند طیِّ سه ماه آینده  نسبت به برگزاری انتخابات پیش از موعد هیأت مدیره و بازرسان اتحادیه ­های استانی مدغم اقدام نماید.
4. اتحادیه مؤسسات و تشکل­‌های قرآن و عترت کشور و اتحادیه­های استانی تحت پوشش آن تنها تشکیلات مرکزی فراگیر مؤسسات فرهنگی قرآن و عترت در سطح کشوری و استانی هستند. از این پس مسئولیت نظارت بر فعالیت اتحادیه ­های کشوری و استانی و تأیید هر گونه تغییرات اساسنامه و سایر امور حقوقی و معرفی به مرجع ثبتی منحصرا بر عهده هیأت فوق خواهد بود.

انتظار می­ رود همه دستگاه ­ها و نهادها به ویژه وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و سازمان تبلیغات اسلامی، با اتباع از معارف ناب قرآنی و تأسی به سیره ائمه معصومین ^{علیهم السلام} در حفظ وحدت کلمه، از تصمیمات و مصوبات وحدت­ آفرین حمایت کنند و در طریق پرتوفیق انسجام و یکپارچگی در امور مردمی قرآنی با همراهی و همدلی و اخلاص، زمینه کسب عنایات الهی و توجهات ائمه طاهرین ^{علیهم السلام} را فراهم آورند. بمنّه و کرمه