در پی فاجعه تروریستی در قندهار افغانستان، آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه در پیامی این فاجعه را به شدت محکوم کرد.
متن کامل پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم 
وَمَن یَقْتُلْ مُؤْمِنًا مُّتَعَمِّدًا فَجَزَآؤُهُۥ جَهَنَّمُ خَٰلِدًا فِیهَا وَغَضِبَ ٱللَّهُ عَلَیْهِ وَلَعَنَهُۥ وَأَعَدَّ لَهُۥ عَذَابًا عَظِیما
فاجعه غمبار و جانسوز شهادت و جراحت جمع کثیری از مردم مظلوم و مسلمان افغانستان در نماز جمعه  شیعیان قندهار، به فاصله کوتاهی از فاجعه دردناک نماز جمعه شیعیان قندوز و در ایام ربیع المولود و در استانه هفته وحدت امت اسلام ، دوباره مایه خشم  مسلمانان، آزادگان و مراجع و علما حوزه‌های علمیه جهان شد ، این مصیبت جانکاه را به مردم شریف و نجیب و شجاع و مظلوم افغانستان و علما و بزرگان و حوزه های علمیه آن کشور و بازماندگان محترم شهدا و مجروحان آن تسلیت گفته و مصرانه و مجدانه از مسؤلان آن کشور و مجامع بین المللی خواهان تحقیق پیرامون جنایت های مکرر و شناسایی و مجازات عاملان و مسببان آن هستیم.
بی تردید مستکبران عالم و اشغالگران و گروههای متحجر و افراطی، در ویرانی ها و آوارگی مسلمانان بلاد اسلام به ویژه سرزمین مظلوم افغانستان، نقش اساسی دارند و حاکمان افغانستان که مکرر وعده تامین امنیت و رفاه و پیشرفت را داده اند باید پاسخگو و پیگیر جنایات پی در پی تروریست های جنایت کار بر ضد مسلمانان به ویژه شیعیان افغانستان باشند.
مجدد تاکید می کنیم تامین امنیت برای مردم و شکل گیری دولتی فراگیر با مشارکت همه مردم، اقوام، مذاهب و جریان های اصیل سیاسی مبتنی بر آراء مردم و بازسازی جامع افغانستان و بر اساس مردم سالاری دینی ، اسلام، عدالت، آزادی و پیشرفت همه جانبه است.
به روان پاک همه شهدای امت اسلام و شهدای این جنایت تروریستی درود می فرستیم و شفا و سلامتی مجروحان و عزت و سربلندی امت اسلامی به ویژه مسلمانان کشور دوست و برادر و بی دفاع کشور افغانستان را از خداوند متعال خواستاریم.
علی رضا اعرافی
مدیر حوزه‌های علمیه ج.ا.ا