آیت الله اعرافی در مراسمی که به مناسبت نکوداشت هفته پژوهش و رونمایی از مجموعه روایت داستانی زندگی شهدای روحانی در پژوهشگاه علوم اسلامی امام صادق(ع) قم برگزار شد، با بیان اینکه اگر جنگ در راستای گفتمان و آرمان‌های تعریف شده نباشد یک عملیات شیطانی، فتنه اهریمنی و گناه نابخشودنی است، عنوان کرد: در مرحله بعد ، جنگ باید بر اساس منطق و گفتمان اسلام که در فقه تدوین شده ، باشد و در دفاع از اسلام  انجام شود ، همچنین فرماندهی آن نیز باید مشروع و متصل به معصوم(ع)و ولی فقیه  باشد.
عضو شورای عالی حوزه های علمیه با تاکید بر اینکه اگر یکی از این مولفه‌ها وجود نداشته باشد، آن جنگ حرام است، مطرح کرد: اگر شخصی سعادت حضور در چنین جنگی را داشته باشد به اوج ملکوت خواهد رسید و اگر در این جنگ به شهادت برسد در جمع بزرگان دینی قرار خواهد گرفت.
وی با بیان این که جهاد و جنگی مقدس است که دارای مشخصه های چون آرمانهای الهی، قوانین و مقررات فقهی و دینی و اتصال به فرماندهی مشروع باشد. بیان کرد:اگر کسی با این شرایط در جنگ حضور پیدا می کند به ارزش های بالای الهی و نهایتا به شهادت می رسد و این منطق دین است و باید افتخار کرد که باب شهادت و جهاد در عصر ما مصداق پیدا کرد و الا قرونی می گذرد که این باب بسته است و این محرومیت آن جامعه است ولی در این عصر این باب گشوده شده و این از بالاترین نعمت ها است.
عضو جامعه مدرسین با بیان این که اگر حماسه مقدس و دفاع اهل بیت(ع) وجود نداشت، پذیرش مرگ را به سختی می پذیرفتیم، به رسالت حوزه و روحانیت در عصر فعلی اشاره کرد و افزود: از رسالت های مهم حوزه و روحانیت ویژگی عمل درست و صحیح به تعهدها و رسالت ها درقبال جامعه، نظام و انقلاب است. روحانیت در این راه آمادگی دارد همه چیز را قربانی کند. در عصر ما امام راحلی داشتیم که برای رسیدن به اهداف بلند و اقامه انقلاب همه چیز را فدا کرد. ایشان آمادگی داشت هر چیزی که تزاحم با تعهد داشت، قربانی کند. این همان درس بزرگ برای حوزه، روحانیت و نیروهای فکری و انقلابی است.
وی گفت: طلبه و روحانی متعهد کسی است که منشور روحانیت، آماده پذیرش در قلبش باشد و همه بندهای دست و پاگیر را برای انجام رسالت قطع کند.
امام جمعه قم با بیان این که جهان امروز گفتمان انقلاب را می شنود، البته اگر ما درست عمل کنیم و درست ارائه دهیم، گفت:‌ عالَم،  پذیرا است، اگر روحانیت درست به رسالت عمل کند و به ترویج مبانی بپردازد. این همان رسالت مهم حوزه است. امروز عالم منتظر پذیرش مبانی دینی است. این همان تعهد و وظیفه نخبگانی است و شدنی است. باید انجام شود.
وی افزود: کتاب «شهدا الفضیله» از جمله کتابهایی است که در مورد شهدای روحانی نگارش شده است. این کتاب فصل هایی دارد از جمله آن شهداء زمان پیامبر(ص)، عصر حضور و دوره جنگ دفاع مقدس است. در این کتاب وصایا و محتوای بزرگ که سرمایه عظیمی از شهدای روحانی می باشد، جمع آوری شده است.
امام جمعه قم اظهار داشت: از جمله خصائص شهدای روحانی تفاوت کمی و غیر قابل مقایسه با قرنهای گذشته،طیف مهمی از شهدای روحانی و انواع شهادت ها و بین المللی بودن شهدای روحانی است.
آیت الله اعرافی افزود: روحانیت امروز وظیفه دارد با عمل درست به تعهد، مبانی و سخنان دین و اسلام را به درستی به جهان پذیرای امروز نشر و گسترش دهد. اگر شنوایی باشد، قطعا پذیرا خواهند شد.