آیت الله اعرافی  به مناسبت گرامیداشت هفته پژوهش ضمن بازدید از  پژوهشگاه حوزه و دانشگاه، در نشستی با اعضای این پژوهشگاه در سخنانی اظهار داشت: در باب گناه مجموعه زیادی از آیات و روایات و تعالیم داریم که اگر آن منظومه گناهان را مورد دقت قرار دهیم در رسیدن به بندگی بیشتر اثر گذار خواهد بود.
وی ادامه داد: بخشی دیگر در ارتباط با آثار و پیامدهای گناهان است و باید بدانیم گناه پیامدهای فردی و اجتماعی در زندگی باقی می گذارد. این آثار باید مورد توجه باشد. آثار گناه گاهی دنیوی و اخروی است. آثار گناه در دنیا در فرد و خانواده بروز و ظهور پیدا می کند و باعث سلب توفیقات می شود و نهایتا به عذاب می رسد.
 مدیر حوزه های علمیه افزود: اگر کسی به پیامدهای گناه توجه کند، قطعا مواظب اعمال و رفتار خود خواهد بود، چرا که معصیت موجب بسیاری از پیامدهای مخرب می شود و در ادامه زنجیره ناملایمات را به همراه خواهد داشت.  
امام جمعه قم در ادامه اظهار داشت: قم در آستانه باز تأسیس و احیاء قرار دارد و در همین رابطه در آستانه یکصدمین سال راه اندازی حوزه علمیه قم قرار داریم و باید این 100 سال حوزه و قم را بازشناسی کرد. اگر چه  از زمان اشعریون به قم تحول پیدا کرد و پایگاه معارف الهی شد و هیچ وقت از این معارف قطع نشده است و خانواده آنها برای نشر معارف اثرگذار بودند.
آیت الله اعرافی افزود: اما این یکصد سال اخیر، دوره خاصی از حضور علمای مانند مرحوم آیات عظام حائری، بروجردی و گلپایگانی و امام راحل است که منشأ خیرات و برکات زیادی شدند.
عضو شورای عالی حوزه های علمیه گفت: در قم در موضوعات مختلف دانشی مانند اصول، فلسفه،  کلام و ...  تحولات بزرگی رقم خورده است و حتی نسبت به دستاوردهای قم افراط و تفریط می شود؛ گاهی بعضی ها نسجیده می گویند هیچی و بعضی ها می گویند همه چیز داریم. هیچ کدام درست نیست، هم کمبود و ضعف داریم و مشخص است.
آیت الله اعرافی افزود: در همه حوزه های دانشی و قلمرو اجتماعی، سیاسی و... قم جایگاه مهمی دارد. اما یکی از مهمترین این تحولات در قم، حوزه توسعه مرزهای دانشی علوم اسلامی بوده است. این توسعه گاهی در درون همان فقه سنتی رقم می خورد. گاهی توسعه مرزهای دانش علوم اسلامی با هویت جدید شکل می گیرد که فراتر از دانش های سنتی است گرچه ریشه دارد و باید ریشه داشته باشد و یکی از این حوزه ها، علوم انسانی  و اجتماعی است و این مجموعه  از مجموعه های پیش گام در توسعه مرزهای علوم اسلامی به سمت قلمروهای علوم انسانی و اجتماعی می باشد.
وی اضافه کرد: در بحث تحول در علوم انسانی و اسلامی و اجتماعی نباید به کمیت و کیفیت نگاه کرد، بلکه لازم است مجموعه افرادی که در پژوهشگاه حوزه و دانشگاه مشغول فعالیت تحقیق و پژوهش هستند، زمینه ساز تحول در حوزه مرزهای دانشی و علوم انسانی و اجتماعی در کشور و جهان اسلامی شوند. بنابراین همه فعالین در این پژوهشگاه باید بدانند و احساس مسئولیت کنند که پرچم دار محور بزرگ تحول قم و کلام حوزه و معارف الهی می باشند، این چیز کم نیست. باید بیش از گذشته تقویت شود.
امام جمعه قم ادامه داد: در عین حال که حوزه تحول در عرصه علوم اسلامی را از وظائف خود می داند، این پژوهشگاه باید پرچم دار در عرصه مرزهای دانشی و تحول در عرصه علوم اسلامی باشد. این مسئولیت باید در همه افرادی که در این پژوهشگاه مشغول فعالیت هستند، باشد.
مدیر حوزه های علمیه افزود: چند برنامه از آرزوهای بنده در مسئولیت پژوهشگاه حوزه و دانشگاه بود که در آن زمان به دلایلی محقق نشد، از جمله این برنامه ها، انجام تحقیقات عملی و کاربردی همراه با فضای اندیشه اسلامی؛ تجلی دستاوردهای پژوهشگاه در مراکز علمی بین المللی و اتصال و تقویت عمیق حوزه و دانشگاه بود.
عضو شورای عالی حوزه افزود: از دیگر آرزوها که آن زمان محقق نشده  این بود می توان با هویت حوزوی در بعضی از رشته ها که حوزه نمی تواند ورود داشته باشد، ولی با رویکرد فلسفی و حوزوی با همکاری دانشگاه در آن رشته ها ورود جدی کرد.