آیت الله اعرافی امروز در دیدار هیئت سه نفره از علمای اهل سنت از امارت شرعیه هندوستان  که در دفتر مدیر حوزه های علمیه برگزار شد، با اشاره به اهمیت حفظ وحدت و یکپارچگی امت اسلامی گفت: این دیدارها و رفت و آمدها میان مراکز علمی کشورهای اسلامی باعث تقویت اخوت اسلامی و تبادل افکار و اندیشه ها می شود و از طرفی نیز باعث ارتقای علمی جوامع دینی مسلمانان می شود.
وی افزود: روابط جمهوری اسلامی ایران با هندوستان روابط خوب و حسنه است و ما برای این کشور بزرگ و مقتدر آرزوی پیشرفت بیشتر و سعادت داریم.
مدیر حوزه های علمیه با اشاره به پیشینه و سابقه درخشان علما و مسلمانان هند خاطر نشان ساخت: جامعه مسلمانان هند بسیار بزرگ و تاریخی است و جمعیت کثیر مسلمانان در این کشور و سابقه درخشان علمای آن بسیار مهم و قابل توجه است.
امام جمعه قم تفاهم و همگرایی بین مسلمانان هند و ایران را خوب توصیف کرد و گفت:  تفاهم و همگرایی خوبی بین مسلمانان دو کشور وجود دارد و این نقطه مثبت خوبی است که لازم است روز به روز تقویت شود.
آیت الله اعرافی با بیان اینکه همواره سفارش ما به طلاب و روحانیون تعایش و حفظ وحدت و انسجام اسلامی بوده است تاکید کرد: همه ما باید توجه داشته باشیم که همگی یک امت هستیم و همواره توصیه ما به دوستان و فضلا تعایش، حفظ وحدت و اخوت اسلامی بوده است.
وی در ادامه با اشاره به برخی ویژگی های شهر مقدس قم خاطر نشان ساخت: قم شرایط ویژه و مهمی دارد به عنوان نمونه باید گفت که حدود یکصدهزار نفر از همه جای ایران و 130 کشور جهان در قم در حال تحصیل هستند و بیش از ده هزار محقق و مدرس در رشته های مختلف علوم انسانی به تولید علم و فکر مشغول هستند.
وی افزود: وجود بیش از 300 مرکز و موسسه دینی و فرهنگی در قم و صدور مجوز برای انجمن های علمی و چاپ بیش ازیکصد مجله  در رشته های مختلف علمی از دیگر ویژگی های این شهر مقدس است.
آیت الله اعرافی گفت: در حوزه فقه و شریعت روزانه حدود هزار درس در قم ارائه می شود و حدود 30هزار نفر حداقل در آن دروس شرکت می کنند و همچنین در قلمرو فقه و تخصص های جدید رشته های خوب و مطابق با نیاز روز تعریف شده است.
امام جمعه قم افزود: در حوزه قرآن، تفسیر و حدیث نیز رشته های مختلفی وجود دارد و مباحث مستشرقین در این مباحث مورد توجه قرار گرفته است.
آیت الله اعرافی با یادآوری چند اصل مهم گفت: اصل اول و مهم، هم زیستی و گفت و گوی سالم و سازنده با همه ادیان و مذاهب برای احیای تمدن اسلامی می باشد و برای رسیدن به این هدف مبارک نیازمند به همکاری و تعامل خوب بین مراکز علمی جهان اسلام و تشکیل یک بازار علم هستیم و این همگرایی باید بین علمای دین و مراکز علمی و اسلامی برقرار باشد.
مدیر حوزه های علمیه مقاومت در برابر دشمنان دنیای اسلام به ویژه رژیم غاصب صهیونیست را اصل مهم بعدی دانست و تاکید کرد: مقاومت در برابر ظلم به مسلمین مهم و اساسی است و در این میان رژیم صهیونیستی از همه مهم تر است که در مقابلش مقاومت صورت پذیرد.
خاطر نشان می شود: اماره شرعیه یکی از بزرگترین نهادهای ملی مسلمانان هند می باشد که خدمات آن از صدسال به کل کشور هندوستان در زمینه های اجتماعی، فرهنگی علمی و حوزوی دینی مشهور و قابل ذکر است.
این نهاد از دیرباز از اختلافات مذهبی دوری جسته و البته اکثریت مسئولین اماره شرعیه فارغ التحصیلان دارالعلوم دیوبندی بوده اند و در حال حاضر نیز رئیس و ناظم اعلای این نهاد مذهبی آقای انیس الرحمن قامسی مفتی  و فارغ التحصیل از مدرسه دیوبند می باشد.
فعالیت های اماره شرعیه در عرصه های مختلف از قبیل وجود دارالقضاء و تربیت و آموزش علوم قضاء در شهر پتنه، حل و فصل مسائل مناکح و طلاق، حوزات علمیه، مراکز علمی عصری و فعالیت های دیگر در 4 ایالت بزرگ(بیهار، اژیسه، جهارکهند و بنگال) هندوستان مسلمان نشین وجود دارد.