آیت‌الله محمدی عراقی، عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی و هیأت امنای موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی(قدس سره) در دومین روز همایش بین‌المللی بزرگداشت علامه مصباح یزدی عنوان کرد: بنده معتقدم آیت‌الله مصباح یزدی(قدس سره) به هدف استفاده‌های معنوی و روحانی در کلاس درس آیت‌الله بهجت شرکت می‌کردند چرا که پیش از آن قطعا به درجه اجتهاد رسیده بودند.
وی اضافه کرد: آیت‌الله مصباح یزدی(قدس سره) با برخی از اعاظم عصر مباحثاتی فکری و فقهی داشتند. این مباحثات مدت ها ادامه داشت و در ادامه به مباحث قرآنی و مباحثی درباره حکومت سوق یافت که اثر الامامه و الولایه فی القرآن الکریم از نتایج این دوران است. درخشش علامه مصباح در علوم فلسفی و عقلیه و معارف‌ قرآنی است. نبوغ و دقت نظر و عمق فکری ایشان بود که ایشان را در دقیق ترین مباحث فلسفی و حکمت اسلامی استاد کرد تا آن‎که صاحب مسلک و منهج خاص در این علوم شد.
آیت‌الله محمدی عراقی عنوان کرد: استاد عزیز ما از موسسان موسسه در راه حق و مدرسه شهید حقانی هستند که به همراهی اساتید بزرگی مانند شهید بهشتی و شهید قدوسی تاسیس شد و برای طلاب نخبه برنامه های ویژه ای داشت. علامه مصباح یزدی(قدس سره) پیش از آن که فلسفه های غربی و شرقی در حوزه ها شناخته شده باشد، این مباحث، مانند آثار دکارت و آثار مارکسیستی را از نصوص اصلی مطالعه می کرد. همچنین از علوم جدید، فیزیک، ریاضی و حتی زبان های خارجه را شصت سال پیش آموخته بود. علامه مصباح یزدی(قدس سره) آنچنان با مباحث فلسفه غربی آشنا بودند که بعضی اساتید بزرگ می‌گفتند استاد مصباح نظریات غربی ها را از خود آنها بهتر می‌تواند توضیح و تبیین کند.
عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی در پایان گفت: مضاف بر مباحث علمی دقیق، علامه مصباح یزدی(قدس سره) تمام تلاششان را در تدوین متون تعلیمی حوزوی جدید گذاشتند که با نیازهای روز جامعه مطابق باشد. ایشان با این که استادی کامل در علوم حوزوی بودند در علوم انسانی نیز استادی ویژه بودند و در همین راستا پژوهشکده حوزه و دانشگاه را تأسیس کردند و سپس موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(قدس سره) را برای تدوین علوم انسانی اسلامی تأسیس کردند.