متن پیام تسلیت حجت الاسلام و المسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح است:

انالله و انا الیه راجعون
درگذشت آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی، از استادان برجسته حوزه علمیه و بنیان‌گذار مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) موجب تأثر و اندوه گردید.
اینجانب این ضایعه را به حوزه‌های علمیه، علمای اعلام، شاگردان، علاقمندان و به‌ویژه بیت مکرم آن مرحوم تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند رحمان برای ایشان رحمت و مغفرت، و برای عموم بازماندگان صبر و سلامتی مسألت دارم.
 

             حسن روحانی
               رئیس جمهوری اسلامی ایران