آیت‌‎الله سید ابراهیم رئیسی در نخستین جلسه شورای عالی قوه قضائیه در سال 99 با تبریک اعیاد شعبانیه، ماه شعبان را بستری برای افزایش معرفت نسبت به مقام حق و جایگاه امامت و ولایت و فرصتی برای راز و نیاز با خدا دانست و اظهار داشت: این روزها که با ویروس کرونا مواجه هستیم، آنچه در کنار اقدامات خوب پاسداران عرصه سلامت موجب گره‎‌گشایی و عبور از این شرایط می‌‎شود، توکل و توسل و دعاست.
رئیس قوه قضائیه افزود: امروز همانند دوران دفاع مقدس و دفاع از حریم و حرم، شاهد جلوه‎های زیبایی از گذشت، ایثار و فداکاری هستیم که خالق آن پزشکان و پرستاران عزیزی هستند که مجاهدانه در عرصه مقابله با ویروس منحوس کرونا و حفظ سلامت مردم خدمت می‎‌کنند.
وزیر بهداشت و درمان نیز که به عنوان مهمان در جلسه امروز شورای عالی قوه قضائیه شرکت کرده بود، با ارائه گزارشی از ظهور پدیده کرونا و سیر شیوع آن در کشورمان و دیگر کشورها، به تشریح اقدامات صورت‎گرفته برای مقابله با این بیماری پرداخت و از حمایت‎‌های ویژه مقام معظم رهبری از کادر درمان به عنوان ارزشمندترین عامل مهم در تقویت جریان مبارزه با ویروس کرونا یاد کرد.
دکتر نمکی همچنین با تقدیر از حمایت‌‎ها، پیگیری‌‎ها و دلجویی‌‎های رئیس قوه قضائیه و همکارانش از کادر پزشکی و درمانی کشور، تصریح کرد: با دمیده شدن روح وفاق ملّی و روح جهاد در کشور، صحنه زیبایی از همراهی و همگامی مردم و مسئولان به وجود آمده است.
وی با اشاره به اقدامات صورت گرفته برای پایش سلامت عمومی و ارائه خدمات درمانی به بیماران کرونایی اظهار داشت: اگر چه مبارزه با کرونا در شرایط تحریمی دشوار است ولی ما از ابتدا با کمبود داروهای خاص در نظرگرفته شده برای درمان این بیماری مواجه نبوده و نیستیم.
وزیر بهداشت ادامه داد: با تشکیل قرارگاه ویژه در نیروهای مسلح به دستور مقام معظم رهبری کار زیبایی شکل گرفت و سپاه و ارتش با ایجاد کارگاه‎‌ها و نقاهتگاه‎‌های ویژه، کمک شایانی در تأمین اقلام بهداشتی و تخت‎های بیمارستای کردند و توانستیم با کمک آنها نیازهای کادر درمان را برطرف کرده و خدمات رسانی را ارتقاء بخشیم.
وی از غربالگری عمومی به عنوان یکی از اقدامات موثر در قطع زنجیره انتقال ویروس یاد کرد و گفت: بعد از راه‎اندازی ایستگاه‎‌های غربالگری با کمک بسیج پزشکان، تا شب گذشته 61 میلیون و 600 هزار نفر غربالگری شدند که 51 میلیون و 44 هزار نفر از طریق تلفن و 10 میلیون و 50 هزار نفر از طریق سامانه تحت‎نظر قرار گرفتند که 218 هزار و 800 نفر حائز پیگیری تشخیص داده شدند که از میان آنها 93 هزار و 778 نفر در منزل تحت درمان قرار گرفتند و 16 هزار و 49 نفر به بیمارستان‎‌ها معرفی شدند که از این تعداد هم 5 هزار و 391 نفر بستری شده‎اند.
نمکی با بیان این‎که با اجرای طرح منع تردد که با همکاری دستگاه قضایی و نیروهای انتظامی و نظامی و وزارت راه عملیاتی شده، اقدامات کنترلی برای قطع زنجیره انتقال کامل شده و اکنون روند مرگ‎ومیر کاهش یافته و شرایط خدمات رسانی در بیمارستان‎ها نیز بهتر شده است.
وزیر بهداشت در پایان سخنانش با اشاره به اعجاز الهی در کنترل فوری کرونا در کشورمان خاطرنشان کرد: امروز به یک نقطه روشن در کنترل بیماری‎‌های ویروسی رسیده‎ایم و در آینده‎ای نزدیک دستاوردی از سوی جمهوری اسلامی اعلام می‎شود که ایران را در این عرصه در سطح جهانی در رتبه نخست قرار می‎دهد.
در ادامه جلسه، حجت‎الاسلام منتظری دادستان کل کشور و نماینده قوه قضائیه در ستاد ملّی مقابله با کرونا، با تقدیر از عملکرد وزیر بهداشت و همکارانش، بر لزوم کنترل و نظارت هر چه بیشتر بر فضای مجازی و اطلاع‎رسانی مناسب و همچنین نظارت بر فرایند تغسیل و تدفین متوفّیان کرونایی بر اساس موازین شرعی و پروتکل‎ مربوطه تأکید و ابراز امیدواری کرد با اهتمام وزارت بهداشت و زمینه‎سازی برای حضور نیروهای داوطلب در این عرصه، یکی از نگرانی‎های جدی خانواده‎های متوفّیان بر اثر این بیماری برطرف شود.
حجت‎الاسلام مرتضوی‎‎مقدم رئیس دیوان عالی کشور هم در این نشست با تأکید بر آمادگی دستگاه قضائی برای حمایت از حافظان سلامت، اعلام کرد: قوه قضائیه آماده است تا به مشکلات حقوقی کادر بهداشت و درمان به‎صورت خارج از نوبت و با اولویت رسیدگی کند.
دکتر جهانگیر رئیس سازمان زندان‎ها نیز در این جلسه با تقدیر از همکاری وزارت بهداشت در تأمین سلامت زندان‎ها و زندانیان اظهار داشت: ریاست قوه قضائیه در نخستین روزهای اسفند ماه و قبل از اعلام شکل گیری ستاد ملّی مقابله با کرونا بخشنامه‎ای برای اعطای مرخصی به زندانیان واجد شرایط قانونی صادر کردند که بر اساس آن تاکنون قریب 100هزار نفر به مرخصی رفته‎اند.
وی با اشاره به نزدیکی زمان پایان دوران مرخصی زندانیان از وزیر بهداشت خواست که با همکاری دانشگاه‎‌های علوم پزشکی در سراسر کشور، زمینه پایش سلامت آنها بعد از بازگشت و جداسازی و قرنطینه افراد مشکوک به کرونا را فراهم نماید تا نگرانی‎‎های رئیس قوه قضائیه و همچنین زندانیان و خانواده‎های آنها در این خصوص برطرف شود.
رئیس قوه قضائیه در واکنش به گزارش وزیر بهداشت و پیشنهادات ارائه شده از سوی همکارانش در دستگاه قضا، خاطرنشان کرد که یقیناً با همت جوانان به ویژه در حوزه‎های پژوهشی و دانش‎بنیان، شاهد موفقیت‎های چشمگیر جمهوری اسلامی ایران در شناخت، درمان و ریشه‎کنی ویروس کرونا و دیگر ویروس‎ها خواهیم بود.
آیت‎الله رئیسی گفت: انگیزه‎ای که در حوزه علم و دانش کشور وجود دارد، شرایطی را رقم می‎زند که ایران در عرصه پزشکی حرف برتر را برای دنیا خواهد داشت و همه دنیا به‎دنبال استفاده از تجربیات ما خواهند آمد.
رئیس قوه قضائیه با اشاره به همکاری و همراهی مردم در اجرای محدودیت‎هایی چون ماندن در خانه، پرهیز از سفرهای نوروزی و ترددهای غیرضروری در سطح شهر، آن را نتیجه عقلانیت حاکم بر فضای کشورمان دانست و در عین حال نسبت به تأخیر در اجرای طرح قرنطینه و محدودیت تردد بر اساس پیشنهاد وزارت بهداشت، گلایه کرد.
آیت‌‎الله رئیسی گفت: مردم با دیدن اراده جدی مسئولان، همکاری خوبی برای اجرای طرح قرنطینه خانگی داشتند و نکات مورد تأکید پزشکان و متخصصان و وزیر بهداشت و همکاران ایشان باید از قبل از عید مورد توجه قرار می‎گرفت و این فاصله‎گذاری از همان زمان اجرا می‎شد اما دیر شد. متخصصان می‎گویند در این مسأله عنصر زمان تعیین‎کننده است و شاید اگر این کار خیلی زودتر انجام می‎شد، الآن نتایج بهتری برای کنترل کرونا می‎گرفتیم.  
رئیس قوه قضائیه با تأکید بر لزوم مداخلات ارکان حاکمیتی در اجرای رعایت نکات ایمنی و بهداشتی در جامعه، تصریح کرد: هر چه مداخلات بهداشتی بیشتر شود، شاهد کاهش آسیب‎ها و تلفات خواهیم بود و باید این مداخلات را برای حفظ سلامتی مردم افزایش دهیم و مردم هم قطعاً آن را به نفع خودشان می‎دانند.
آیت‌‎‌الله رئیسی همچنین خاطرنشان کرد: زنجیره انتقال بیماری باید از هر طریق ممکن و اقدامات لازم قطع شود و دولت، باید الزامات و بایدها و نبایدهای آن را تعیین و به مردم اعلام کند و من مطمئن هستم که مردم هم همکاری مناسبی خواهند داشت.
رئیس قوه قضائیه تدوین پروتکل‎‌های لازم برای فعالیت ادارات، مساجد، مدارس و بازار در دوران بازگشایی آنها بر اساس نظر متخصصان حوزه بهداشت و درمان را هم مورد اشاره قرار داد و گفت: بی‎تردید هر چه این مسائل و نکات ایمنی شفاف‌‎تر برای مردم تبیین شود، پذیرش و پایبندی آنها بیشتر خواهد بود.
 رئیس قوه قضائیه از همکاری کادر بهداشت و درمان کشور با سازمان زندان‌‎ها برای تأمین سلامت زندان‎ها و ایجاد محیطی امن برای زندانیان تقدیر کرد و با تأکید بر همکاری دادستان‎ها در اجرای مصوبات ستاد مقابله با کرونا از جمله طرح فاصله‎گذاری فیزیکی تصریح کرد: همکاری قوه قضائیه می‎تواند به یک مساعدت همگانی تبدیل شود که بخش‎های مختلف، خود را اجزای یک مجموعه بدانند و سهم خود را در حرکت ملّی برای تضمین سلامت جامعه ایفا کنند.
آیت‌‎الله رئیسی با بیان این‎که امنیت و سلامت دو پایه اساسی در جامعه هستند که باید به آنها توجه ویژه داشت، افزود: سلامت جامعه از حقوق عامه است و همه باید از آن صیانت کنند. امروز مجموعه بهداشت و درمان کشور در خط مقدم این جبهه قرار دارد و همه بخش‎ها از جمله دستگاه قضایی باید آنها را یاری دهند تا در این میدان جهاد موفق ظاهر شوند.
رئیس قوه قضائیه با تجلیل از رویکرد جدید فسادستیزی در وزارت بهداشت، گفت که روحیه فسادستیزی عنصری بازدارنده است و در هر سازمان و دستگاهی که مدیر آن فسادستیز باشد، فساد لانه نخواهد کرد و کم کاری شکل نمی‎گیرد. 
در این جلسه، آقای ذوالقدر معاون راهبردی قوه قضائیه با ارائه گزارشی از عملکرد قوه قضائیه در سال 98، روند اجرایی مرحله اول طرح تحوّل قوه قضائیه در سال گذشته را تبیین کرده و از آمادگی اجرای مرحله دوم این طرح در سال جدید خبر داد.    
وی با اشاره به برگزاری سفرهای استانی در سال 98، این سفرها را از اقدامات بسیار مهم سال گذشته دستگاه قضائی عنوان کرد که آشنایی با مسائل قضائی استان‎ها و نظارت بر عملکرد دادگستری‎های کل استان‎ها را به دنبال داشته و خاطر نشان کرد: در برخی از استان‎ها برای اولین بار بود که رئیس قوه یا هیأت عالی قضائی به آن استان‎ها سفر کردند و این مسأله در حل مشکلات قضائی مردم استان بسیار راهگشا بوده است.
ذوالقدر همچنین به کاهش پرونده‎های معوقه پس از صدور بخشنامه رئیس قوه قضائیه اشاره کرده و اظهار داشت: در طی 3 ماه پس از ابلاغ بخشنامه آیت‎الله رئیسی برای تعیین تکلیف پرونده‎های معوقه، از بیش از 800 هزار پرونده، 400 هزار مورد به نتیجه رسیده و مختومه شده که جز با همت جهادی همکاران قضائی و عنایت ویژه رئیس قوه به این موضوع، امکان‎پذیر نبود.
رئیس قوه قضائیه نیز در بخش دیگری از سخنان خود با اشاره به ابلاغ دفتر دوم طرح تحوّل قوه قضائیه، از اراده جدی این قوه برای اجرای طرح مذکور خبر داده و افزود: در سال 99 سفرهای استانی هم با جدیت بیشتری ادامه خواهد یافت.
آیت‎‌الله رئیسی همچین با اشاره به شرایط خاص کشور با توجه به شیوع ویروس کرونا، کمیته‎ای را مأمور تدوین شیوه‎نامه دادرسی در شرایط شیوع این بیماری و ابلاغ آن تا هفته آینده کرد تا فرایندهای قضائی از طریق شیوه‎هایی چون دورکاری، راه‎اندازی و به‎روزرسانی سامانه‎های برخط و همچنین تشکیل برخی دادگاه‎های خاص با رعایت تدابیر ویژه بهداشتی اجرا شود.   
رئیس قوه قضائیه همچنین به رئیس سازمان زندان‎ها مأموریت داد پروتکل ویژه بهداشتی مربوط به بازگشت زندانیان از مرخصی را با همکاری وزارت بهداشت تدوین و عملیاتی کند.
آیت‌‎الله رئیسی در بخش پایانی سخنانش به اراده جدی قوه قضائیه برای اصلاح نظام وکالت هم اشاره کرده و این اقدام را از الزامات تحوّل در سیستم قضائی کشور دانست و از معاون حقوقی قوه قضائیه خواست تا با بهره‎گیری از نظرات جامعه وکلای کشور نسبت به تدوین طرحی در این خصوص اقدام نماید.