آیت الله سیدابراهیم رئیسی در پنجمین کنگره بین‌المللی علوم انسانی اسلامی، علم و دانش را یکی از مؤلفه‌های مهم و اساسی برای اقتدار یک جامعه دانست و تصریح کرد: مهم آن است که دانش، چگونه مدیریت و جهت علم چگونه تنظیم شود. اگر علم در جهت قدرت، ثروت و به‌دور از معنویت، اخلاق و عدالت باشد، طبیعتا نتیجه‌ای جز گسترش کلاهک‌های هسته‌ای، مواد مخدر صنعتی و ظلم و ستم به ملت‌ها نخواهد داشت و به ابزاری برای استعمار، استثمار و از بین بردن انسان و حقوق انسان تبدیل می‌شود.
رئیس قوه قضاییه با بیان اینکه امروز جامعه بشری از دانشی که در دست قدرتمندان بی‌رحم است، رنج می‌برد، ادامه داد: آنچه امروز می‌بینیم، نیازمند تحلیل پیچیده‌ای نیست. علم و فناوری، امروز در مغرب زمین بدون اخلاق و معنویت به بن بست رسیده و همه فکر می‌کنند که چگونه می‌توان ابزاری برای مصون سازی نسل جوان و انسان معاصر در برابر تهدیدهای علمی ساخت. در واقع، دغدغه امروز، انسان‌شناسی، آسیب‌شناسی و جامعه‌شناسی برای دستیابی به راهکارهای مصون‌سازی است.
 آیت الله رئیسی با بیان اینکه بسیار مهم است که مدیریت علم در دست چه کسی باشد، انسان‌های عالم دارای تزکیه نفس را بهترین مدیران علم و دانش در جهان دانست و افزود: در نظام ما که مبتنی بر فقه است، تمام زوایای جامعه باید مبتنی بر دین و آموزه‌های دینی باشد و البته کار حوزه، دانشگاه و پژوهشگاه‌، آزاد اندیشی و داشتن روحیه نقد و نقادی نسبت به علوم است.
رئیس قوه قضاییه با بیان اینکه نقادی علم، شیوه همیشگی بزرگان سلف، اساتید بزرگ و صاحبان مکاتب بوده و از این موضوع نباید هیچگونه وحشتی داشت، بر ضرورت رعایت تفکیک میان تخریب و نقد عالمانه تاکید کرد و گفت: نقد عالمانه و مصلحانه بسیار ارزشمند است اما تخریبی که از موضع سیاسی باشد، پذیرفته‌شده و علمی نیست.
آیت‌الله رئیسی با بیان اینکه نقد عالمانه در جهت ارتقاء، رشد و پیشرفت جامعه بسیار موثر است، اظهار کرد: اینکه مقام معظم رهبری فرمودند قرن، قرن اسلام است، سخن بسیار پرمغزی است و باید نسبت به این سخن، اندیشه‌ورزان تبیین لازم را داشته باشند. روزنه‌های تحقق این کلام مقام معظم رهبری نیز کاملا معلوم است زیرا این اتفاق در حال رخ‌دادن است و زمینه‌های آن کاملا در حال ظهور است؛ منتها باید در این زمینه کار کرد. لذا نیازمندیم در جریان این کار و تلاش، یک نگاه آسیب‌شناسانه نیز داشته باشیم.
رئیس قوه قضاییه در بخش دیگری از سخنان خود با تاکید بر ضرورت بازنگاه در متون آموزشی، سرمایه‌گذاری برای امر پژوهش و حمایت‌های مادی و معنوی از پژوهشگران، تصریح کرد: پیوند اداره جامعه با علوم بسیار اهمیت دارد. امروز مساله‌یابی، اولویت‌بندی و یافتن راهکارهای علمی، سه کار مهمی است که باید در پرتو پیوند دانش با نظام اجرایی تحقق یابد. به عنوان مثال، امروز هزاران موضوع مورد سوال قضات است که باید مبتنی بر اجتهاد تمدن‌ساز به این سوالات پاسخ داده شود. در حوزه‌های بانکداری، بیمه، عقود مستحدثه و سایر مسائل اجتماعی، اقتصادی، فرهنگی، حقوقی و ... نیز ضرورت مساله یابی، اولویت بندی و صورت‌بندی مسائل وجود دارد.
 آیت الله رئیسی ادامه داد: در زمینه عدالت، مبارزه با فساد، پیشگیری از وقوع جرم و ناهنجاری های اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی چه نهادی جز نهاد علم، دانش و پژوهش می‌تواند به حوزه اجرا کمک کند؟ بر همین مبنا می‌بینیم که نقش حوزه و دانشگاه در مبارزه با فساد بسیار برجسته است. در حوزه اجرای عدالت نیز چنین نیازی احساس می‌شود و باید توسط اندیشمندان و خردورزان، به صورت جدی دنبال شود.
رئیس قوه قضاییه با تاکید بر لزوم ارتباط زمینه‌های گوناگون علمی نظیر جامعه‌شناسی، اخلاق، روانشناسی، سیاست و ... با دانش حقوق، به ذکر مثال‌هایی در این زمینه پرداخت و تصریح کرد: شخصیت افرادی که مرتکب جرم می‌شوند با یکدیگر متفاوت است. این مساله‌ای است که در رابطه جامعه‌شناسی و روانشناسی با علم حقوق به دست می‌آید. دانشگاه و حوزه باید در این مباحث کاربردی، اقدامات عملی و دقیق انجام دهند، نسبت به این موضوعات حس داشته باشند و راهکار‌هایی برای مجریان و دست‌اندرکاران ارائه دهند.
آیت الله رئیسی با انتقاد از برخی موضوعات پایان‌نامه‌ها اظهار کرد: در برخی از پایان‌نامه و تحقیقات علمی، نوع مسئله غیربومی است. عناوین پایان‌نامه‌ها باید بومی شود و مسائل بومی، تنگنا‌ها، مشکلات و گرفتاری‌های خودمان در اولویت قرار گیرد. از سوی دیگر، همانطور که در مسئله‌یابی نباید تقلید کرد، در راهکار‌ها نیز نباید تقلید وجود داشته باشد. متاسفانه برخی، مسئله را درست نمی‌شناسند و برخی نیز راهکار مسئله را درست ارائه نمی‌دهند.
رئیس قوه قضاییه در بخش دیگری از سخنان خود بر لزوم حمایت جدی از تضارب آرا، آزاداندیشی و نشاط علمی برای حل مسائل تاکید کرد و گفت: دستگاه‌های حاکمیتی باید از نوآوری‌های علمی حمایت کنند و این حمایت نیز صرفا با سخن نیست بلکه باید واقعی باشد و از نوآوری‌هایی که در این رابطه وجود دارد، حمایت جدی صورت گیرد.
آیت الله رئیسی با بیان اینکه امروز نه مسئله‌ها به درستی ارائه می‌شود و نه حرکت‌های علمی ما مسئله‌محور است، ارتباط بین برنامه‌ریزی و علم را یک ضرورت اجتناب‌ناپذیر دانست و اظهار کرد: اگر بخواهیم تمام واقعیات، راهبرد‌ها و خطوط حرکت را بیابیم، جامع‌ترین نسخه در بیانیه گام دوم است که رهبر معظم انقلاب اسلامی صادر فرمودند. از محوری‌ترین نکات بیانیه گام دوم، علم و فناوری و از محور‌های مهم دیگر، عدالت و مبارزه با فساد است.
رئیس قوه قضاییه اضافه کرد: ما توسعه را در پرتو عدالت تعریف می‌کنیم و این نیازمند یک کار علمی است. بنای ما در دستگاه قضایی، ارتباط با حوزه‌ها، دانشگاه‌ها و عرصه علم و دانش است. معتقدیم قضات و دست‌اندرکاران ما اگر از علم و به هنگام شدن نسبت به علم و دانش جدا شوند، مشکلات جدی برایمان ایجاد می‌شود لذا همواره معتقدیم این ارتباط یک ارتباط معنادار است و همه بخش‌های اجرایی در نظام به معنی وسیع کلمه باید ارتباط خود را با علم تعریف کنند. ما نیز از دیدگاه‌ها، نظرات، پیشنهادات و نقدهای اندیشمندان و صاحب‌نظران با آغوش باز استقبال می‌کنیم.