آیت‌الله دکتر سید ابراهیم رئیسی رئیس جمهور شامگاه جمعه همزمان با ایام میلاد حضرت عیسی مسیح (ع) و در آستانه فرارسیدن سال نو میلادی با حضور در منزل شهید وارطان آقاخانیان، این ایام را به خانواده این شهید و همه پیروان حضرت مسیح تبریک گفت و اظهار داشت: حقیقت دین مسیح با حقیقت دین اسلام تفاوتی ندارد و قرآن اوصاف بسیار عالی برای حضرت مریم (ع)‌ و حضرت عیسی (ع)‌ ذکر می کند و امیدوارم خداوند متعال به همه مسیحیان توفیق دهد که از آموخته‌های حضرت عیسی (ع)‌ پیروی کنند.
دکتر رئیسی اظهار داشت: پیام شهدا برای کسانی که طمعی به این کشور دارند این است که مردم ایران همواره آماده هستند تا اگر کسی به این آب و خاک تعرض کرد، با ایثار جان خود از میهن‌شان دفاع کنند و در این مسیر تفاوتی میان هموطنان مسلمان، مسیحی و زرتشتی نیست. ایران برای ایرانیان از همه چیز با ارزش‌تر است و این مردم حاضرند جان‌شان را برای ایران فدا کنند.
آیت‌الله رئیسی تصریح کرد: ‌شهدا حق بزرگ به گردن همه ما دارند و امنیت و استقلال امروز کشورمان را مرهون شهدا هستیم و نباید یک لحظه از دفاع و صیانت از دستاوردهای شهدا غفلت کنیم.
رئیس جمهور افزود:‌ هر کسی که آماده باشد تا جانش را برای وطن، مردم و امنیت جامعه فدا کند برای ملت ایران عزیز و محترم است به همین دلیل شهدا مایه افتخار ایران و ایرانیان هستند. شهدا همچنان که در آخرت بقا و حیات دارند، در این عالم نیز باید یاد و نام‌شان زنده بماند.
شهید وارطان آقاخانیان در سال ۱۳۶۴ در سن ۲۰ سالگی در منطقه عملیاتی جزیره مجنون به فیض شهادت نائل شد.