متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با اندوه و تأسف فراوان خبر درگذشت عالم مجاهد جناب حجةالاسلام آقای دکتر جواد اژه‌ئی را دریافت کردم؛ شخصیت برجسته و ممتازی که سالهای متمادی مجاهدتهای بزرگ و مبارک را با اخلاص و بدون اندک تظاهری عهده‌دار شد و یادگارهای فراموش‌نشدنی برای کشور و انقلاب بر جای گذاشت. تشکیل انجمن‌های اسلامی دانشجویان در اروپا، تشکیل مدارس استعدادهای درخشان کشور، مدیریت پدرانه بر مجموعه‌های نخبگانی جوان، و سازنده‌ی دوران طلائی مدال‌آوریهای علمی بین‌المللی از جمله‌ی این یادگارهای بی‌همانند است.
این مجاهد خاموش که برادر شهیدی عزیز و داماد شهید عالیقدر آیةآلله بهشتی بود بنای نخبگی و نخبه‌پروری را بر شالوده‌های محکم ایمان و انقلاب استوار ساخت و سپیدروی و سرافراز به ملاقات خداوند رحیم شتافت. اینجانب با تأسف عمیق، به همسر گرامی و صبور و فرزندان عزیز و دیگر منسوبان و بازماندگان ایشان و نیز به عموم جامعه‌ی نخبگانی کشور تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۴ آبان ۱۳۹۹