افتخاری همچنین عمده فعالیت‌های صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری را در حوزه های مختلف همچون حمایت از طرح‌های پژوهشی، پسا‌دکتری، رساله های دکتری، حمایت از همایش‌ها و رویدادهای علمی، کرسی پژوهشی، پژوهانه(گرنت) و حمایت از ایجاد و توسعه مراکز نوآوری دانست.
وی همچنین گفت: صندوق همواره سعی می‌کند متناسب با ظرفیت مراکز علمی و تحقیقاتی در تولید علم، فناوری و پژوهش‌ها توزان و نگرشی صحیح برقرار کند؛ بنابراین در دوره جدید فعالیت مواردی همچون ایجاد تنوع در نوع فعالیت ها و ارائه خدمات، بهبود کیفیت، هدف گرایی و آمایش پژوهشی به عنوان رویکرد مورد توجه جدی قرار گرفت. 
افتخاری به برنامه های جدید این صندوق اشاره کرد و گفت: تدوین برنامه‌های گوناگون مثل چالش، پیشگامان، میثاق و پیشتازان از دیگر راهبردهای جدید صندوق است.
هدف از این طرح‌ها، شکل‌گیری گروه‌های پژوهشی، افزایش حمایت از آن‌ها و ارائه حمایت‌های اثرگذارتر است. به عنوان مثال، برنامه میثاق توجه ویژه‌ای به علوم پایه و علوم انسانی دارد و با توجه به محتویات بیانیه گام دوم انقلاب اسلامی تدوین شده است. این طرح در ۶ محور سبک زندگی، خانواده، اقتصاد مقاومتی، گردشگری، فضای مجازی و حقوق شهروندی پروپوزال محققان را برای حمایت دریافت می‌کند.