متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
خبر درگذشت عالم خدمتگزار و پر تلاش جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای سیدجعفر مرتضی در لبنان را با تأسف دریافت کردم. این عالم بزرگوار با تألیفات وزین و پر حجم و محققانه‌ی خود در تاریخ صدر اسلام که از نگارشی شیوا و قلمی قدرتمند برخوردار است، خدمت بزرگی به دنیای اسلام تقدیم کرده و نیاز فرهنگی مهمّی را برآورده ساخته است. اینجانب به خاندان مکرّم و بازماندگان ایشان و به جامعه‌ی علمی لبنان تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی و حشر با اجداد طاهرین را برای وی مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای    

۵ آبان ماه ۱۳۹۸     
مصادف با ۲۸ صفر ۱۴۴۱