متن نامه تشکر و قدردانی آیت الله اعرافی به امام خامنه ای بدین شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
محضر مبارک حضرت آیت الله العظمی امام خامنه ای (مدظله العالی)
رهبر معظم انقلاب اسلامی
با تقدیم سلام و تحیات
وظیفه می‌دانم در خصوص منشور حوزه و پیام بسیار تاریخی و مهمی که برای رویداد تاریخی و حوزوی یکصدمین سالگشت بازتأسیس حوزه علمیه قم و نکوداشت آیت الله العظمی حائری(ره) صادر فرمودید، اولاً؛ مراتب امتنان و تقدیر وافر همه حوزویان را محضر شریف تقدیم نمایم وثانیاً؛ عهد و میثاق مجدد همه حوزویان و ارکان و طبقات و نهادهای گوناگون حوزوی را مبنی بر اهتمام به پیگیری مطالبات و رهنمودهای حضرت مستطاب عالی اعلام نمایم.
به یاری خداوند متعال، «منشور حوزه پیشرو و سرآمد» صادر شده از سوی حضرتعالی برای این رویداد بزرگ حوزوی، به حوزه و طلاب و فضلای جوان و به روند تحولی حوزه جان دوباره بخشید و بر اساس اندیشه اصیل و کارآمد راهبر حوزه، به سوی آفاقی روشن و تمدنی و حوزهی پیشرو و سرآمد شد و نیز آغازی بر مرحله ای جدید و تاریخی در تطور حوزه قم و حوزه‌های علمیه در آغاز قرن پانزدهم هجری شمسی، خواهد بود.
عهد و پیمان حوزه و همه ارکان حوزه آن است که حوزه عظیم و موفق قم و سایرحوزه‌های علمیه با شناخت جامع از انسان، جهان و جوان معاصر و با نگاهی ژرف به نیازهای انقلاب و نظام اسلامی و با بازشناسی نقاط قوت و ضعف و کاستی‌های موجود و با فعال سازی حداکثری ظرفیت‌های حوزه، در مسیر پیاده‌سازی این منشور و بیانیه مبارک به تحلیل و تبیین و نیز گفتمان سازی و ترویج آن و به طراحی عملیاتی و برنامه‌ریزی اجرایی مفاد آن و نیز گنجاندن آن در متن برنامه‌های تحولی و جدید میان مدت و بلند مدت حوزه، در حداکثر و توان خود، زمینه سازی و اقدام نماید و راه آغاز شده در مسیر تحول و بالندگی حوزه را ارتقا بخشد و در این زمینه از میراث سلف صالح و رهنمودهای حضرت امام خمینی(ره) و مراجع عظام تقلید و نیز رهنمودها و مطالبات حضرتعالی در چند دهه اخیر برای تحقق محورهای مورد تاکید در منشور حوزه‌های علمیه، بهره برده خواهد شد.
امید است با عنایت اللهی و توجهات حضرت ولی عصر(ارواحنا فداه) و با وحدت و هماهنگی و همراهی عموم حوزویان، بویژه طلاب، فضلا و اساتید جوان و نیز نهادهای گوناگون حوزوی، راه شکوفائی و خدمتگذاری حوزه استمرار یابد و رجاء واثق است هدایتها و عنایتهای حضرتعالی در این راه، مانند گذشته، راهبر و پشتیبان حوزه باشد.
سلامت، عزت و نصرت الهی را برای آن رهبر گرانمایه و پیروزی انقلاب اسلامی و ملت ایران و امت اسلام و جبهه مقاومت را از خداوند متعال مسألت می نمایم.

سایه بلندپایه حضرتعالی مستدام باد.

علیرضا اعرافی
مدیر حوزه های علمیه