حسین سیمایی‌ در چهل و نهمین نشست سراسری نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها در مشهد مقدس گفت: دانشگاه مدرن، از دل حوزه‌های علمیه و مدارس دینی شکل گرفته است. به عنوان نمونه می‌توان از دانشگاه آکسفورد نام برد که نوعی مدرسه دینی بوده است و از دل این مدرسه، دانشگاه مدرن متولد شده است.
وی ادامه داد: دانشگاه مدرن در ایران به موازات مدارس دینی و حوزه‌‌های علمیه بوجود آمد. این اتفاق تاریخی، عواقب مثبت و منفی داشته است. یکی از عواقب منفی آن، این است که علم در ایران با تاخیر جامعه‌پذیر، عمومی و پذیرفته شد. اما پیامد مثبت آن، این است که حوزه‌های علمیه، سنت‌های اصیل خود را حفظ کردند. گرچه پدیده مبارک وحدت حوزه و دانشگاه مقداری سنت‌های اصیل را تحت‌الشعاع قرار داد و بوروکراسی اداری و دانشگاهی را بر حوزه‌های علمیه تحمیل کرد.
وزیر علوم، با اشاره به بیانات رهبر معظم انقلاب پیرامون سنت‌های حوزوی و دانشگاهی خاطرنشان کرد: ایشان فرمودند مقصود از وحدت حوزه و دانشگاه این نیست که نظم اداری و آموزشی حوزه‌های علمیه شبیه دانشگاه انجام شود.
دکتر سیمایی‌ با تاکید بر لزوم آموزش درس اخلاق در حوزه‌های علمیه اظهار کرد: یکی از سنت‌های خوب حوزه علمیه این است که در کنار دروس رسمی، درس اخلاق نیز آموزش داده شود. مقام معظم رهبری همواره در ابتدای درس خارج فقه، یک حدیث اخلاقی بیان و مفهوم آن را تشریح می کنند. مرحوم آیت‌الله موسوی نژاد می‌گفت من راضی نیستم کسی در این مدرسه علمیه من تحصیل کند بدون اینکه درس اخلاق شرکت کند. مرحوم آیت‌الله فلسفی هم هر هفته درس اخلاق و عقاید در مشهد دایر می‌کرد. درس اخلاق سنت بزرگی در حوزه‌های علمیه بود که اکنون مقداری کمرنگ شده است. امام خمینی (ره) نیز اولین فقیهی بودند که در قم درس اخلاق را احیا و رسمی کردند و بعد از ایشان این سنت در قم ادامه پیدا کرد.
وی در ادامه به رسالت نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها اشاره کرد و افزود: حضور موثر و مستمر روحانیت در دانشگاه، لوازم و اقتضائات ویژه و ممتازی را می‌طلبد. برخی از این اقتضائات، مرتبط با مبلغ، برخی شرائط لازمه محتوا و برخی مربوط به فلسفه تبلیغ است؛ بعد از شهادت و فقدان آیت‌الله مطهری، دانشگاهیان از امام راحل یک جایگزین و مغز متفکر علمی، حوزوی و دانشگاهی درخواست کردند. امام خمینی (ره) هم با فراستی که داشتند، آیت‌الله خامنه‌ای را معرفی کردند. لذا رهبر انقلاب از آغاز جوانی با نسل جوان و دانشگاهی مرتبط بودند.
وزیر علوم، با اشاره به صفات و ویژگی‌های بارز رهبر انقلاب تصریح کرد: ایشان یک شخصیت فرهنگی هستند. فرهنگ یعنی اینکه از یک چیز، همه چیز و از هر چیز، چیزی بدانید. در واقع یعنی شما باید یک تخصص داشته باشید. زمانی به عنوان یک شخصیت فرهنگی شناخته می شوید که علاوه بر آن تخصص، از موضوعات دیگر معلومات داشته باشید. طلبه‌ای که فقط علوم حوزوی را می‌داند، دیگر نمی‌تواند به عنوان شخصیت فرهنگی شناخته بشود و بعدا اثر لازم را بگذارند؛ تبحر رهبر انقلاب در مطالعات و ممارستشان در کتابخوانی کم‌نظیر است.
 سیمایی‌ ابراز کرد: شرط موفقیت مسئولین نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها این است که یک شخصیت فرهنگی باشند. با بخشنامه، آیین‌نامه و دستورالعمل نمی‌توان مبلغ خوبی بود.
وی با اشاره به اهمیت جایگاه عقل در انسان اظهار کرد: عقل به عنوان یک منبع و مرجع شناخته می شود. عقل در رتبه مقدم بر نقل است. یعنی نقل را با عقل باید سنجید. عقل و احکام عقلی از حیث دلالت، آبی از تخصیص است. یعنی نقل پر از استثناء و تخصیص است اما احکام عقلی، تخصیص نمی‌خورند. توان ادراک عقل باعث شده است که مذهب شیعه افتخار کند که مذهب عدلیه است. زیرا معتقد به حسن و قبح ذاتی و عقلی هستیم. ما عدالت و مصادیق آن را درک می‌کنیم. یکی از مسائل بنیادین، اینست که مرز عقل و تعبد را باید مشخص کنیم و به پیامدهای آن پایبند باشیم.
وزیر علوم، شهید مطهری را یکی از احیاگران عقل دانست و گفت: متاسفانه تحجر او را از ما گرفت. تحجر، خوارج را در زمان امیرالمومنین (ع) به وجود آورد. به قول شهید مطهری، خوارج به صورت فیزیکی از بین رفت ولی تفکرشان باقی ماند. حضرت علی (ع) فرمود بین خوارج و معاویه فرق است. خوارج دنبال حق بودند ولی اشتباه رفتند ولی معاویه از ابتدا به دنبال باطل بود.
سیمایی‌ در پایان عنوان کرد: در برخورد با دانشجو نیازمند بصیرت هستیم. اگر بصیرت نداشته باشیم هرچه تلاش کنیم، از واقعیت دورتر می‌شویم. زور بیشتر نتیجه عکس می‌دهد. آدمی که بدون بصیرت حرکت می‌کند زیانش به جامعه بیشتر است. این بیان نورانی اهل بیت است که: العامل علی بصیره، کالسائر علی غیر الطریق لایزیده سرعة السیر الا بعدا؛ کسی که عالم به زمان و موقعیت فرهنگی و اجتماعی باشد، در آشوب‌ها گرفتار نمی‌شود. نسل جوانی که با آنها کار می‌کنید با نسلی که شهید مطهری کار می‌کرد تغییر کرده است. یکی از تفاوت های آن عدم تحکم‌پذیری نسل جدید است. نسل جدید اهل یک طرفه حرف شنیدن نیست و به دنبال گفت‌وگوست؛ اما همان طور که خوب حرف زدن، سواد می خواهد، شنیدن هم یک سواد است؛ ما باید سواد شنیداری داشته باشیم تا بتوانیم با نسل جدید ارتباط برقرار کنیم.