متن پیام تسلیت آیت الله اعرافی مدیر حوزه های علمیه کشور بدین شرح است:

انا لله و انا الیه راجعون
مِنَ المُؤمِنینَ رِجالٌ صَدَقوا ما عاهَدُوا اللَّهَ عَلَیهِ فَمِنهُم مَن قَضی نَحبَهُ وَمِنهُم مَن یَنتَظِرُ وَما بَدَّلوا تَبدیلًا

خبر شهادت آیت الله رئیسی، رئیس جمهور محبوب و خدوم، بسیار تکان دهنده و جانسوز بود و حوزه‌های علمیه را در غمی جانکاه فرو برد، شهادت این چهره تابناک و سردار سرافراز خدمت به مردم و همراهان بزرگوارتان را به رهبر عظیم الشأن انقلاب اسلامی، مراجع عظام تقلید، حوزه‌های علمیه، هیئت محترم دولت، عموم ملت شریف ایران، امت اسلام، محور مقاومت و بویژه به بیت شریف ایشان و بیوت وابسته و همسر ارجمند و فرزندان ایشان و نیز بازماندگان محترم سایر شهیدان این حادثه ناگوار تبریک و تسلیت می‌گویم.
هشتمین رئیس جمهوری اسلامی ایران و خادم الرضا(ع) در ایام دهه کرامت و میلاد هشتمین خورشید امامت(ع) با پروندهای پاک و افتخارآمیز و در حال خدمت به پیشرفت و آبادانی کشور به لقای الهی شتافت، ایشان از ویژگی‌های برجسته‌ای برخوردار و صفا و صداقتشان ممتاز و عشق به مردم و بی‌تابی در مسیر خدمت به آنان و روح جهاد در راه پیشرفت و تعالی کشور در وجودشان موج می‌زد و بر سر عهد خود با امام خمینی(قدس سره) و شهیدان سرافراز استوار بود و در این مسیر نورانی به شرف شهادت نائل آمد و افتخاری بزرگ در تاریخ ایران و اسلام وانقلاب رقم زد.
آن خادم بزرگ ملت دارای نگاهی بلند و رویکردی بین المللی و تمدنی بود و با پیروی از رهبری معظم انقلاب اسلامی(مدظله العالی) گام‌های بزرگی در مسیر تحول کشور و قوای قضائیه و اجرائیه و پیشرفت گفتمان اسلام ناب و آرمان‌های انقلاب اسلامی در ایران و منطقه و جهان برداشت و بر سر این میثاق ایستاد و به قله رفیع شهادت نائل آمد.
ضمن قدردانی از ملت بزرگ ایران و همه کسانی که وحدت و همبستگی ملی و اسلامی خود را در این حادثه غمبار نشان دادند و در غم از دست دادن خادمان ملت ابراز احساسات کردند، بر حفظ وحدت و انسجام و استمرار بخشیدن به راه این شهیدان عزیز و تکریم شهدای این حادثه و تداوم راه آنان تاکید می‌نمایم و عزت و سرافرازی ملت شریف ایران و تعالی گفتمان انقلاب اسلامی و پیروزی اسلام و مسلمانان را از خداوند مهربان خواستارم و تعطیلی حوزه‌های علمیه و مراسم تشییع و تکریم شهیدان عزیز خدمت متعاقبا اعلام خواهد شد.