متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
حادثه‌ی تلخ و مصیبت‌بار انفجار در مسجد منطقه خان‌آباد استان قندوز که به جان‌باختن جمع زیادی از مؤمنان نمازگزار انجامید، ما را داغدار کرد. از مسئولان کشور همسایه و برادر افغانستان جداً انتظار میرود که عاملان خونخوار این جنایت بزرگ را به مجازات برسانند و با تدابیر لازم از تکرار چنین فجایعی جلوگیری کنند. از خداوند متعال رحمت و علوّ درجه برای شهیدان این حادثه و شفای عاجل برای آسیب‌دیدگان و صبر و سکینه برای کسان و بازماندگان آنها مسألت میکنم.
سیّدعلی خامنه‌ای