وضعیت نشریات علمی و پژوهشی، تعداد آن‌ها و روند داوری مقالات در این مجلات در سال‌های اخیر مورد انتقاد برخی پژوهشگران قرار گرفته است. معاون پژوهشی وزیر علوم درباره اهمیت نشریات علمی پژوهشی می‌گوید: «باید بستر توسعه مقالات و مجلات علمی – ترویجی را گسترش دهیم چرا که آنها حلقه ای هستند که محیط علمی اجتماعی را کامل می کنند». اما چه شد که مدیریت این حلقه‌ی تکمیل‌کننده‌ی محیط علمی امروزه هدف گلایه‌های پژوهشگران قرار گرفته است؟
نشریات به فضایی برای تسویه حساب قراردادهای پژوهشی تبدیل شده‌اند
سبحان رضایی، مدیرعامل یک موسسه پژوهشی، نشریات علمی و پژوهشی را بخشی از رسانه‌های جمعی‌ می‌داند که میان نویسندگان، پژوهشگران و مخاطبان متخصص به تبادل پیام می‌پردازند و یافته‌های جدید را در میدان علم به اشتراک می‌گذارند.
او درباره وضعیتی که اکنون این نشریات به آن دچار شده‌اند می‌گوید: این رسانه‌های بسیار ارزشمند در کشور ما به بخشی از بروکراسی اداری دانشگاه در دفاع دانشجویان و ارتقاء اساتید و تسویه حساب قراردادهای پژوهشی بدل شده اند، امری که به خودی خود مذموم نیست و شاید محملیبرای رشد شاخص انتشار مستندات علمی باشد، اما اکنون به نظر می رسد که به بستری تبدیل شده است که انگار مهمترین کارکردش نه گفتگوی علمی، که تأمین پیش شرط فرآیندهای اداری دانشگاهیان است.
به گفته‌ی رضایی، در ایران، حدود ۱۷۴۷ نشریه علمی و پژوهشی در مجموعه های وزارت علوم، وزارت بهداشت، و دانشگاه آزاد اسلامی منتشر می‌شوند. از این میان ۱۲۹۶ نشریه در وزارت علوم و دانشگاه آزاد اسلامی، و ۴۵۱ نشریه در وزارت بهداشت منتشر می شود، که ۱۷۰۷ عنوان از این نشریات در پایگاه استنادی جهان اسلامی نیز نمایه شده‌اند.
وی با اشاره به آمار پایین نشریات نمایه‌شده وزارت علوم در پایگاه‌های بین‌المللی می‌گوید: در میان نشریات وزارت علوم، ۸ نشریه در پابمد، ۷۱ مجله در اسکوپوس، و ۳۷ مجله در وب آو ساینس نمایه شده‌اند و اگر همپوشانی عناوین مجلات را در نمایگان بین‌المللی در نظر بگیریم، از ۱۲۹۶ مجله پژوهشی مصوب این وزارت‌خانه، ۹۰ مجله (۷ درصد از کل مجلات)،  در یکی از پایگاه‌های مذکور بین‌المللی نمایه شده‌اند و ۹۳ درصد در هیچ کدام، نمایه نمی‌شوند.
فقط ۱۴ درصد نشریات ایران در پایگاه‌های بین‌المللی نمایه می‌شوند
این پژوهشگر درباره‌ی نشریات نمایه‌شده‌ی وزارت بهداشت بیان می‌کند: از ۴۵۱ نشریه مجموعه وزارت بهداشت، ۷۸ مجله در پابمد، ۱۳۳ مجله در اسکوپوس و ۹۰ نشریه در وب‌آوساینس نمایه می‌شوند، که با احتساب هم پوشانی نمایگان، ۱۶۷ نشریه، (یعنی ۳۷ درصد از کل مجلات وزارت بهداشت) در یکی از پایگاه‌های بین‌المللی نمایه می‌شوند. یعنی، از ۱۷۴۷ نشریه علمی و پژوهشی در ایران، ۲۵۷ مجله یعنی ۱۴ درصد در یکی از پایگاه‌های بین‌المللی، اعم از اسکوپوس، وب آو ساینس، یا پابمد ایندکس می‌شوند و ۱۴۹۰ مجله یا ۸۶ درصد نشریات عمدتا فقط در فضای داخلی دیده می‌شوند.
وی ادامه داد: برای آنکه عمق مساله را بهتر درک کنیم می توانیم یک محاسبه ساده انجام دهیم. فرض کنیم که هر کدام از این نشریات فقط ۴ شماره در سال، فقط ۸ مقاله در هر شماره و در نتیجه ۳۲ مقاله پژوهشی در هر سال منتشر کنند. این در حالی است که بسیاری از این مجلات بصورت دوماهنامه یا ماهنامه و بسیاری دیگر با بیش از ۱۲ مقاله پژوهشی منتشر می‌شوند. با این محاسبه حداقلی، مجلات پژوهشی ایران بیش از ۵۵۹۰۴ مقاله در سال منتشر می‌کنند، که از آن میان ۸۲۲۴ مقاله در یکی از بانک های اطلاعاتی معتبر بین المللی نمایه و ۴۷۶۸۰ مقاله ارزشمند پژوهشی فقط در فضای داخلی دیده می شوند، در حالی که بسیاری از آنها یافته‌های پژوهشی بسیار گرانقدری هستند که می توانند در میدان علم بصورت بین‌المللی و به شکلی وسیع‌تر، موثر واقع شوند.
رضایی با اشاره به گزارش پایگاه رتبه‌بندی نشریات و کشورهای سایمگو (Scimago) و با بیان این که «این پایگاه داده‌های خود را  از بانک اطلاعاتی اسکوپوس استخراج می‌کند که همواره مبنای اعلام وضعیت رشد علم در گزارش های رسمی کشور به شمار می‌رود» خاطرنشان کرد: در آخرین گزارش سایمگو در سال ۲۰۱۹، ایران بر مبنای شاخص تعداد مستندات منتشره، با ۶۴۷۴۴ پژوهش منتشره در این سال، در رتبه درخشان پانزدهم قرار گرفته است، که این امر کشور ما را در رتبه نخست علمی در منطقه خاورمیانه نیز قرار داده است. این در حالی است که در کنار این آمار، بیش از ۴۷۶۸۰ مقاله (معادل ۷۳ درصد مقالات نمایه شده کشور) نیز از سوی پژوهشگران ایرانی در همین سال منتشر شده بودند، که اساسا در چنین پایگاه‌های علمی دیده نشدند و اگر این تعداد را به مقالات نمایه شده در اسکوپوس اضافه کنیم، تعداد منتشرات علمی ایران بالغ بر  ۱۱۲۴۲۴ مقاله علمی می‌شود که در این حالت، رتبه علمی ایران را بر مبنای این شاخص، بالاتر از روسیه و نزدیک به رتبه نهم خواهد شد.
روند زمان بر داوری در نشریات علمی پژوهشی
اما با وجود این تعداد نشریه، همچنان چاپ مقاله در نشریات امری زمان بر محسوب می شود.
در رابطه با زمان انتشار مقالات در مجلات علمی پژوهشی، یکی از دانشجویان دکترای دانشگاه تربیت مدرس در گفت‌وگو با ایسنا درباره‌ی تجربه‌ی خود می‌گوید: من برای چاپ مقاله‌ام در نشریه‌ای که برای آن مقالات زیادی ارسال نمی‌شد سه ماه منتظر ماندم و این مدت زیادی است.
رضایی در همین باره می‌گوید: داوری در اکثر نشریات پژوهشی ایران به دلیل انتشار غیر حرفه‌ای مجلات، از فرآیندی طولانی برخوردار است، پدیده‌ای که به دلیل عدم وجود نظم ساختاری و فقدان قدردانی موثر از دبیران و داوران به روندی غیر پاسخگو بدل شده است و همین امر، طول زمان داوری و تصمیم‌گیری در خصوص یک مقاله پژوهشی را اغلب به بیش از یکسال افزایش می دهد.
وی در بخش دیگری از سخنان خود با اشاره به انتشار ضعیف مقالات در مجلات ایرانی ادامه داد: در کنار ضعف داوری در نشریات علمی، فقدان ساختارهای حرفه ای موجب می‌شود تا محتوای مقالات علمی به صورت غیر استاندارد و بدون طی فرآیندهای ویراستاری روش‌شناختی و آماری، ویراستاری‌های ادبی، فنی، و منابع و همچنین طراحی و صفحه آرایی حرفه‌ای منتشر شوند و همین امر سبب می‌شود که میزان اثربخشی مقالات ایرانیان به شدت کاهش یابد.
به گفته‌ی این پژوهشگر، نشریات پژوهشی در جهان محمل همکاری های بین المللی در سطح دبیران، داوران، و نویسندگان و پژوهشگران هستند. اما در ایران، عواملی همچون اعمال احتیاط های گسترده در سیاست های همکاری بین المللی دانشگاهی، تحریم های وسیع، کمبود تعریف یا وجود پروژه های پژوهشی بین المللی، کمبود تبادلات اساتید و دانشجویان با دانشگاه ها و گروه های علمی پراستناد جهانی سبب شده است، تا تصویری که ما از بسیاری از نشریات ایرانی می بینیم، عمدتا تصویری ملی باشد، که البته احتمالا آیینه سیاست ورزی و فرهنگ ما ایرانیان در میدان علم است.
استناد مقالات در نشریات ایرانی و قیاس آن با رقبای بین‌المللی
رضایی، دسترس ناپذیری و خوانده نشدن مقالات پژوهشی را یکی دیگر از ضعف‌های نشریات دانست و افزود: به رغم قوت نهادهای علمی ایران، میزان استنادات مقالات نشریات پژوهشی ایران بسیار پایین تر از رقبای بین‌المللی است. اگر دیتابیس سایمگو را بر اساس شاخص H (H-Index)، که یک شاخص ترکیبی بر اساس شاخص های تعداد منتشرات و تعداد استنادات است، مرتب کنیم، جایگاه ایران به رتبه ۴۳ در جهان و رتبه چهارم در خاورمیانه افزایش می یابد. این امر بدان معنی است که پژوهش نمایه شده ایرانیان بسیار کمتر از همتایانشان خوانده می شود و مورد ارجاع قرار می گیرد. این پدیده از چند عامل شکل می گیرد که از آن جمله می‌توان به گرایش فرهنگی پایین ما پژوهشگران ایرانی در استناددهی به همکارانمان، سطح بسیار پایین همکاری‌های بین‌المللی در نشریات علمی ایران،  عدم رواج انتشار چکیده‌های گسترده انگلیسی به منظور افزایش امکان رویت‌پذیری مقالات فارسی زبان در فضای بین‌المللی، ضعف برخی از وب سایت‌های نشریات پژوهشی در رویت پذیری  مقالات در موتورهای جستجو، عدم به اشتراک گذاری منتشرات علمی در شبکه‌های اجتماعی و عدم نمایه‌سازی نشریات در پایگاه‌های بزرگ اطلاعاتی اشاره کرد.
وی با ابراز تاسف از این که در ایران هزینه‌های انتشار علمی در اولویت‌های بسیار پایین قرار می گیرد، گفت: در واقع در شرایط تحریم و کاهش شدید بودجه‌های پژوهشی، از جمله اولین نهادهایی که تحت تأثیر قرار می گیرند مجلات پژوهشی هستند. اما در حقیقت، این مجلات پژوهشی می توانند به صورت خودکفا همه هزینه‌های مربوطه خود را تأمین کنند. به طور کلی، نشریات سه روند تجاری حمایت مالی از سوی صاحب امتیاز و یا حامی مالی؛ فروش مقالات پژوهشی به مخاطبان و انتشار مقالات به صورت دسترسی باز (Open-Access) و دریافت هزینه انتشار از سوی نویسندگان دارند. نشریات پژوهشی ما می‌توانند با ورود به یک فرآیند حرفه‌ای نشر، وارد پایگاه‌ها و بانک‌های اطلاعاتی بین‌المللی شوند، سپس با اخذ هزینه از سوی نویسندگان و انتشار بصورت دسترسی باز، به لحاظ مالی به استقلال برسند و نه تنها برای وزارت‌خانه‌های علوم و بهداشت، هزینه‌بر نباشند، بلکه بتوانند تأمین درآمد نیز کنند.
این مدیرعامل یک موسسه پژوهشی با اشاره به فقدان انتشار حرفه‌ای نشریات در ایران خاطر نشان کرد: در اکثر کشورهای توسعه یافته، نشریات پژوهشی به صورت حرفه‌ای توسط ناشران معتبر مجلات علمی منتشر می‌شوند و این موجب گسترش نشریات در فضای حرفه‌ای، پاسخگو بودن فرآیند، افزایش مستندات علمی، نظارت و رعایت اخلاق پژوهش، اخلاق نشر، ارتقای کیفیت علمی، روش شناختی، آماری، و فنی مقالات، تسریع روند نمایه‌سازی، افزایش همکاری‌های بین‌المللی و... می‌شود. اما در ایران بیش از ۸۰ درصد از نشریات کشور در داخل دانشگاه و بصورت آماتوری منتشر می‌شوند و هیچ پاسخگویی و اثربخشی برای دانشگاه‌ها و کشور ما ندارد، چرا که اساسا توسط نهادهایی منتشر می‌شوند، که مجموعه‌هایی آموزشی، پژوهشی و یا درمانی هستند و زیرساخت های ضروری یک انتشارات پژوهشی را ندارند و به همین دلیل، روند حفظ و ارتقاء این رسانه‌های ارزشمند به دشواری‌ می‌انجامد.
کمیسیون نشریات پژوهشی، نهادی است که مسئولیت حمایت و هدایت مجلات علمی پژوهشی را برعهده دارد. در ابتدا این کمیسیون برای نشریات وزارت علوم و وزارت بهداشت یکسان بود اما پس از سال ۱۳۶۸ و جدا شدن وزارت بهداشت از وزارت علوم، کمیسیون نشریات علوم پزشکی نیز در سال ۱۳۷۳ به وزارت بهداشت منتقل شد.
به نظر می‌رسد این دو کمیسیون در وزارت‌خانه‌های بهداشت و علوم اصلی‌ترین نهادهای مسئول برای ارتقای وضعیت چاپ مقالات در نشریات علمی و پژوهشی باشند بنابراین تغییر سیاست‌های ابلاغی به این دو کمیسیون می‌تواند نقش مهمی در وضعیت پژوهشگران ایجاد کند. اما پیش از آن و برای دیده شدن نتایج پژوهش‌های محققان ایرانی در جهان، لازم است مقام‌های بالادستی تمرکز خود را از افزایش بی‌رویه تعداد مقالات چاپ شده و افتخار به آن ها، بر نمایه‌سازی نشریات ایرانی در فضاهای بین‌المللی قرار دهند و سازوکاری برای مقابله با فساد در نشریات داخلی مشخص کنند.