صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران معاونت علمی گسترش فعالیت‌های فناورانه را به عنوان یکی از راهبردهای خود همواره در نظر داشته است. در این زمینه صندوق با تشکیل 17 کارگروه تخصصی حمایت از پژوهش‌های علمی و فناورانه محققان کشور را دنبال می‌کند.
ایمان افتخاری رییس صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران معاونت علمی گفت: کارگروه‌های گوناگون در صندوق وجود دارند که از طرح‌های پژوهشی محققان سراسر کشور حمایت می‌کنند. در این صورت حل مسائل کلان کشور با استفاده از توانمندی پژوهشگران و متخصصان سرعت می‌گیرد.
وی ادامه داد: در سال حدود 4 هزار طرح پژوهشی به صندوق ارسال می‌شود. یکی از چالش‌ها در این حوزه غربالگری این طرح‌ها است که در این زمینه نزدیک به 200 دانشمند از سراسر کشور با کارگروه‌ها برای ارزیابی طرح‌ها همکاری می‌کنند. پس از غربالگری، ارزیابی و داوری نهایی طرح‌های مورد تایید برای دریافت حمایت مشخص می‌شوند.
 
رییس صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری همچنین بیان کرد: طرح‌های حمایت‌ شده صندوق مسائل هستند که برای رسیدن به نتیجه زمان نیاز دارند اما آنها راه حل‌هایی برای مشکلات و مسائل جامعه  ارائه می‌دهند. زیرا بسیاری از این مشکلات نیاز به انجام پژوهش‌هایی متناسب دارند.
محققان و فعالان زیست بوم فناوری و نوآوری می‌توانند طرح‌های پژوهشی خود را که بر اساس رفع نیازهای کشور و اولویت‌های صندوق است به کارگروه‌های مرتبط ارسال کنند. این کارگروه‌ها در حوزه‌هایی مانند فنی و مهندسی، پزشکی، محیط زیست، علوم زیستی، هنر و معماری، علوم انسانی، کشاورزی، بین الملل، ترویج علم و گرنت و کرسی فعال هستند. محققان بر اساس فراخوان های منتشر شده توسط این کارگروه‌ها می‌توانند نسبت به ارسال طرح اقدام کنند. این فراخوان برای هر کارگروه سه بار در سال منتشر می‌شود.