رهبر انقلاب اسلامی در این دیدار، نقش شورای عالی حوزه‌های علمیه در سیاستگذاری برای تربیت معلمان و مربیان دینی در جامعه را بسیار مهم و حیاتی دانستند و با قدردانی از زحمات اعضای این شورا و مدیریت حوزه، افزودند: حد و مرز وظایف شورای‌عالی و مدیریت حوزه یعنی تفاوت بین سیاستگذاری و اجرا باید هر چه مشخص‌تر باشد تا بازده کار چند برابر شود.
حضرت آیت الله خامنه‌ای هدف از انقلاب اسلامی و جان‌فشانی و فداکاریهای امام بزرگوار در به ثمر رساندن این نهضت را تحقق حاکمیت و شریعت اسلامی خواندند و گفتند: دشمن برای شناسایی نقاط مؤثر انقلاب و ضربه زدن به مبانی اساسی آن برنامه دارد و از جمله مقاصد آنها حوزه‌های علمیه است. صیانت از شور انقلابی و طلاب جوان با توجه به آنچه امام راحل در اواخر حیات مبارکشان بیان فرمودند (منشور روحانیت) یک ضرورت است.
ایشان با تأکید بر شناسایی استعدادها و ظرفیتهای پنهان فکری در طلاب جوان، افزودند: در بخشهای گوناگون کشور، بعضاً کارهای بزرگ و ابتکارات شگفت‌انگیزی به‌دست جوانان انجام می‌شود و در بخش حوزه و طلبگی نیز یقیناً چنین استعدادهایی وجود دارند که باید شناسایی و در حلقه‌های فکری به‌کار گرفته شوند و از آنها مسئولیت خواسته شود.
رهبر انقلاب اسلامی همچنین با برشمردن نمونه‌هایی از حضور علمای بزرگ و تراز اول سابق در شهرهای مختلف کشور، افزودند: مقوله هجرت طلاب به شهرها برای رونق دادن به امور دینی و تربیتی آن مناطق کار بسیار خوب و لازمی است و باید به‌گونه‌ای برنامه‌ریزی شود که شهرهای مختلف از حضور عالمان دین خالی نشود.
در این دیدار، حجت‌الاسلام والمسلمین حسینی‌بوشهری دبیر شورای‌عالی حوزه‌های علمیه و حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه نیز گزارشی از فعالیت‌های چهارساله شورای‌عالی و مدیریت حوزه‌های علمیه بیان کردند.