البته این سازمان با گذشت زمان دچار فراز و نشیب‌های فراوان شد به‌گونه‌ای که در سال۷۹ جایگاه آن به مرکز ملی پرورش استعدادهای درخشان و دانش‌پژوهان تنزل یافت اما در مهرماه ۹۷ با پیگیری رهبر انقلاب، شورای عالی انقلاب فرهنگی اساس‌نامه جدید آن را تصویب کرد. رهبر معظم انقلاب ۲۸ مهرماه ۹۵ در خصوص اهمیت سمپاد فرموده بودند: این سمپاد خیلی مهم است. این کار خیلی مهمی است... یک تعداد زیادی مدرسه بر اساس این [طرح تأسیس شده‌]، این متوقف به این است که این سازمان خوب بچرخد و خوب اداره بشود؛ گزارش‌هایی که به ما می‌رسد در این جهت، گزارش‌های خرسندکننده‌ای نیست.
ایشان همچنین یازدهم اردیبهشت ماه ۹۸ متذکر شدند: نخبه‌پروری خیلی مهم است، مدارس استعدادهای درخشان نبایست تضعیف بشود، هر چه می‌توانید این‌ها را تقویت کنید.

 چرا سمپاد؟
رئیس سازمان ملی پرورش استعدادهای درخشان، مدارس سمپاد را ابزار اجرایی آموزش و پرورش برای ارائه تحصیلات با کیفیت به همه صاحبان استعداد صرف‌نظر از طبقه اقتصادی و اجتماعی می‌داند و به ما می‌گوید: شاید اگر مدارس دولتی امکان ارائه خدمات با بهترین کیفیت را داشتند، وجود سمپاد این‌قدر ضرورت نداشت، اما الان که تحصیلات با کیفیت فقط در دسترس اقشار متمول است سمپاد مسیر دسترسی همه طبقات را به تحصیلات با کیفیت فراهم می‌کند. انحصار تحصیل سبب می‌شود این بچه‌ها اصلاً طبقات متوسط و پایین را نبینند و همین افراد مدارج بالای دانشگاهی را کسب می‌کنند و پست‌های مدیریتی را در اختیار می‌گیرند. سمپاد این چرخه را می‌شکند. چون جداسازی دانش‌آموزان فقط بر اساس استعداد و هوش اتفاق می‌افتد نه بر اساس طبقات اقتصادی و اجتماعی. 
الهام یاوری می‌افزاید: دلیل دیگر مهم بودن مدارس سمپاد نیاز کشور به نیروهای با کیفیت است؛ اگر بچه‌های مستعد در معرض تعلیم و تربیت با کیفیت قرار بگیرند هم حق ادا می‌شود و هم می‌توانند وظیفه خدمتگزاری خود را برای جامعه به‌خوبی انجام دهند. سمپاد فضا را برای تأمین نیروی انسانی باکیفیت برای تحولات در جامعه فراهم می‌کند.
وی می‌گوید: سمپاد تا پیش از تأکیدات رهبر معظم انقلاب، زیر سنگین‌ترین هجمه‌ها بود بنابراین برنامه‌های ما به‌شدت تضعیف شدند و آن طور که انتظار داشتیم به نتیجه نرسیدند. به همین دلیل واقعاً ادعا نمی‌کنیم اتفاقاتی که در سمپاد افتاده ۱۰۰درصد ایده‌آل هستند، اما برنامه‌ریزی خوبی برای رشد بچه‌ها در ابعاد مختلف مطابق با ساحت‌های مورد توجه سند تحول انجام شد تا آن‌ها از عموم جامعه جدا نشوند و بتوانند با فضای عمومی اجتماع و مدارس دیگر ارتباط داشته باشند. همچنین برای اینکه عطش بچه‌ها برای آموختن و پژوهش بیشتر شود تلاش کرده‌ایم با فناوری‌های نوین و رشته‌های علمی روز آشنا شوند. علاوه بر این، مهارت‌هایی از قبیل فن بیان و تصمیم‌گیری در کنار انگیزه‌بخشی به دانش‌آموزان آموزش داده می‌شود.
یاوری با بیان اینکه یکی از اهداف سمپاد برداشتن دیوارهای میان این مدارس با سایر مدارس است، تصریح می‌کند: در پی تصویب اساس‌نامه جدید سمپاد، ما خود را نه تنها در قبال استعدادهای درخشان بلکه در مقابل سایر دانش‌آموزان با استعداد که به مدارس سمپاد راه نیافته‌اند مسئول می‌دانیم تا آن‌ها نیز در حوزه‌های علمی، فرهنگی و تربیتی موفق شوند. به همین دلیل در یک‌سال اخیر برنامه‌های فراگیری طراحی کردیم تا خدمات خودمان را در اختیار این بچه‌ها هم قرار دهیم.

توجه به مناطق محروم 
وی در خصوص برنامه این سازمان برای دسترسی آسان‌تر دانش‌آموزان مناطق محروم به مدارس سمپاد هم می‌گوید: از گذشته دو برنامه برای این منظور توسط سازمان اجرایی شده است. نخست اینکه براساس قانون سمپاد هیچ دانش‌آموزی به دلیل نداشتن توانایی مالی در پرداخت حق ثبت‌نام، از دریافت خدمات سمپاد محروم نمی‌شود. به همین خاطر حتی اگر امکان پرداخت حق ثبت‌نام را نداشته باشد از تخفیف‌های مناسب و امکان قسط‌بندی هزینه‌ها و... برخوردار خواهد شد.
از سوی دیگر از سال گذشته با همکاری کمیته امداد تلاش کرده‌ایم بچه‌های عادی را که به دلیل انگیزشی در آزمون تیزهوشان سازمان شرکت نمی‌کردند و یا از فضای آموزش سمپاد خیلی دور بودند و در آزمون قبول نمی‌شدند، شناسایی و با آن‌ها ارتباط برقرار کرده و دوره‌هایی برای آن‌ها برگزار کنیم تا هم از منظر انگیزشی و هم به لحاظ توانایی، سطح آن‌ها افزایش یابد. البته این برنامه فعلاً به بچه‌های زیر پوشش کمیته امداد محدود است اما امیدواریم در آینده نزدیک به بچه‌های محروم سایر مناطق، گسترش یابد.
وی با اشاره به اینکه در حال حاضر ۱۲۰هزار دانش‌آموز در مدارس سمپاد مشغول تحصیل هستند، در خصوص برنامه این سازمان برای تقویت مدارس سمپاد می‌گوید: برای تقویت این نوع مدارس نخست باید در خصوص تسهیل قوانین متناسب با مدارس سمپاد به‌منظور ایجاد یک نوع انضباط مالی و اداری مدارس تلاش کرد تا دست مدیران برای تهیه وسایل و شکوفایی دانش‌آموزان تیزهوش باز شده و با نظارت عالی از تخلفات احتمالی جلوگیری شود. سازمان ملی استعدادهای درخشان ۱۰ سال منحل و تبدیل به یک مرکز شده بود در نتیجه قوانین مربوط به آن هم به‌تدریج از بین رفت که باید دوباره این قوانین احیا شوند. کار دیگر، تقویت مدیران و معلمان است که برای این منظور باید برنامه‌های توانمندسازی را به صورت سیستمی اجرا کنیم. 

چالش‌های سمپاد
یاوری می‌گوید: مهم‌ترین چالش، مربوط به نبود قوانین و مقررات متناسب با مدارس سمپاد است؛ البته چالش‌های علمی فراوانی هم پیش روی ما قرار دارد؛ مثل اینکه بهترین روش‌های آزمون باید چه باشد تا بچه‌های بهتری در آزمون پذیرش شوند یا اینکه بهترین روش تربیتی برای این بچه‌ها چیست تا از آسیب‌های جداسازی از خانواده جلوگیری نموده و بتوانیم پیوند آن‌ها را با خانواده و جامعه و محیط فرهنگیشان برقرار کنیم.