متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم مجاهد جناب حجة‌الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری رحمةالله علیه را به خاندان گرامی و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان در تهران و آذربایجان تسلیت عرض میکنم. این عالم بزرگوار از جمله موفقترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره‌ی حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاشها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه‌ی تبریز فراموش نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه‌ی علمیه‌ی تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت میکنم.
سید علی خامنه‌ای
۲۷ آبان ۱۴۰۰