متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
 

بسم الله الرحمن الرحیم
والحمدلله رب العالمین والصلاة والسلام علی سیّدنا محمدٍ المصطفی و آله الطیبین و صحبه المنتجبین و مَن تبعهم باحسانٍ الی یوم الدین
 

خداوند عزیز و حکیم را سپاس که توفیق تشکیل ششمین دوره‌ی مجلس خبرگان رهبری را به ملت بزرگ ایران ارزانی داشت. این مجلس یکی از پایه‌های اصلی نظامِ اسلامیِ مردم‌سالار است که در فاصله‌های زمانی معیّن به دست توانای ملت، استحکام می‌یابد، و سلامت و استمرار نظام را تضمین میکند. اعضای محترم و منتخبِ این مجلس، با مشیت الهی و با همت مردم، این فرصت را یافته‌اند که یکی از برترین نقش‌ها را در استحکام زنجیره‌ی پولادینِ رهبری نظام بر عهده بگیرند، و سزاوار است بخاطر این نعمت، سپاسگزار خداوند و قدردان مردم باشند.
مجلس خبرگان مظهر مردم‌سالاری اسلامی است. گزینش رهبر بر طبق معیارهای اسلامی بر عهده‌ی این مجلس است که خود، منتخب و برگزیده‌ی مردم است. معیارها اسلامی است و گزینش، مردمی. این روشنترین نشانه و معرّف جمهوری اسلامی ایران است. 
در نظام اسلامی، حکمرانی، بَشَری و هدفها الهی است.
هدفها، عدالت و کرامت انسان و آبادی زمین و پربار کردن زمان، و در نهایت، زندگی توحیدی و عروج آدمی به مرتبت قرب خدا است؛ و شیوه‌ها بهره‌گیری از خِرد و تجربه‌ی جمعی، و به کار گرفتن فکرها و زبانها و بازوهای کارآمد و گامهای استوار آحاد مردم است.
این، تدبیری است هوشمندانه که معرفت قرآنی و اسلامی به پیروان خود هدیه داده و در آن، شریعت و عقلانیت، و غیب و شهود را در هم تنیده و هم‌جهت ساخته است.
این پدیده‌ی شگفت‌آور و جذابی در عرصه‌ی سیاستهای کَلان است، و تأمل در واقعیتهای تلخِ نظامات دین‌ستیز یا دین‌گریز، روز به روز بر جذابیّت آن خواهد افزود.
دعوت عامّ ما از وجدانهای بیدار در سراسر جهان آن است که به تجربه‌ی شکست خورده‌ی نظامهای مدعی عدالت یا آزادی، ولی بیگانه از معنویت دینی بنگرند؛ ظلم و تبعیض و فساد فزاینده را؛ و نابودی امنیت اخلاقی را، و سستی بنیان خانواده و فروکاستن از شرافت زن و از جایگاه همسری و مادری را؛ و غلبه‌ی جهتگیری مغرضانه بر آگاه‌سازی صادقانه در رسانه‌ها را؛ و بسیاری از گره‌های کور دیگر در گستره‌ی نفوذ این نظامهای منافق و ریاکار و ستمگر را ببینند.
و آن گاه در طرح جامع و استوار و گره‌گشای حکمرانی اسلامی تأمل کنند.
امروز فاجعه‌ی غزه و نسل‌کشی بی‌رحمانه‌ی رژیم غاصب صهیونیست و کشتار هزاران کودک و زن و مرد بی‌دفاع و غیرمسلّح، و آنگاه پشتیبانی و حمایت حکومتهای به اصطلاح: لیبرال غربی از این گرگ خونخوار، معنی آزادی و حقوق بشر غربی را برای وجدانهای بیدار آشکار میسازد.
امروز فرصت تازه‌ئی است که کارگزاران نظام جمهوری اسلامی و همه‌ی دلبستگان آن، حقیقت این پدیده‌ی بزرگ را در گفتار و عمل، به مشتاقان حقیقت در سراسر جهان نشان دهند.
بار دیگر توفیقات این مجلس محترم را از خداوند متعال مسألت میکنم.
لازم میدانم یاد رئیس جمهور فقید و عزیز و همچنین امام جمعه‌ی معزّز تبریز را که عضو این مجلس بودند گرامی بدارم و علوّ درجات آنان را از خداوند رحیم مسألت کنم.
والسلام علیکم و رحمةالله

سید علی خامنه‌ای