دکتر منصور کبگانیان درباره  جداسازی آموزش پزشکی از وزارت بهداشت اظهار کرد: باید این موضوع را از ۲ دیدگاه دبیر ستاد راهبری اجرای نقشه جامع علمی کشور و یک فرد دانشگاهی مورد بررسی قرار داد. به عنوان یک فرد دانشگاهی بر این باورم که علم باید از یکپارچگی کامل برخوردار بوده و سیاست‎گذاری آموزش عالی کشور نیز باید یکپارچه باشد، این یکپارچگی منجر به رشد کشور خواهد شد.
وی ادامه داد: امروزه شاهد آن هستیم که فیزیولوژی بدن انسان و مطالب مربوط به بهداشت به شدت به علوم دیگر مانند علوم شیمی، فیزیک، مهندسی، ریاضیات، مدلسازی، آی‌تی مرتبط است. در حال حاضر بسیاری از پزشکان در فضای مجازی به درمان بیماران مشغول هستند. بنابراین من به عنوان یک فرد دانشگاهی بر یکپارچگی علم و آموزش عالی باور دارم.
دبیر ستاد راهبری اجرای نقشه جامع علمی کشور گفت بیان کرد: به عنوان دبیر ستاد راهبری اجرای نقشه جامع علمی کشور بر این باورم هم‌اکنون زمان مناسبی برای ادغام آموزش پزشکی و آموزش عالی نبوده و مصلحت نیست این ادغام صورت گیرد. در حال حاضر باید شرایط مختلفی در کنار یکدیگر قرار گیرند که این ادغام به رشد کشور منجر شود.
وی افزود: یکی از بحث‌هایی که پیرامون جداسازی آموزش پزشکی از آموزش عالی مطرح می‌شود، کاهش هزینه‌های این اقدام است، استادی که می‌خواهد دروسی مانند شیمی و فیزیک را تدریس کند، می‌تواند همان درس را در دانشکده‌های پزشکی نیز تدریس کند. در حال حاضر مهندسی پزشکی به شدت مطرح شده است. 
کبگانیان بیان کرد: به عنوان یک فرد دانشگاهی بر این باورم جداسازی آموزش پزشکی از آموزش عالی مضرات دیگری را نیز در پی دارد، تصور کنید زمانی که دانشگاه تهران یا شهید بهشتی به ۲ دسته پزشکی و غیرپزشکی تقسیم می‌شود، رتبه جهانی این دانشگاه به شدت افت خواهد کرد. اگر این دانشگاه‌ها با یکدیگر ادغام شوند، سطح علمی آن‌ها در جهان افزایش پیدا خواهد کرد.
دبیر ستاد راهبری اجرای نقشه جامع علمی کشور خاطرنشان کرد: بحث‌های دیگری پیرامون این ادغام مطرح می‌شود که فعلا صلاح نیست درباره این امر اقدام کرد.