در راستای تجلیل از دانشمندان برجسته و زمینه‌سازی همکاری و توسعه علمی و فناوری در جهان، جایزه مصطفی به عنوان یکی از نمادهای شایستگی و برتری علمی در سطح جهان در سال ۱۳۹۱ به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.
این جایزه در ۴ حوزه «علم و فناوری اطلاعات و ارتباطات»، «علم و فناوری زیستی و پزشکی»، «علم و فناوری نانو» و «کلیه زمینه های علمی و فناوری» به دانشمندان مسلمان اعطا می شود.
تاکنون سه دوره از برگزاری و اعطای این جایزه گذشته است و قرار است چهارمین دوره آن در ۲۹ مهرماه در تالار وحدت برگزار شود.
این جایزه که به صورت دوسالانه به دانشمندان و پژوهشگران برتر جهان اسلام اعطا می‌شود، به اثری نوآورانه در مرزهای دانش تعلق می‌گیرد که توسط افرادی شاخص در حوزه‌های علم و فناوری ارائه شده و زمینه‌ساز بهبود زندگی بشریت باشد.