شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه ۶۳۰ مورخ ۱۲ شهریور ۱۳۸۷ بنا به پیشنهاد معاونت حقوقی و توسعه قضایی قوه قضاییه و دیوان عدالت اداری (مورخ ۱۲ مرداد ۸۷) ماده واحده «خروج تصمیمات صادره از هیات‌ها و کمیته‌های تخصصی وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و سایر مراکز آموزشی و پژوهشی در امور و شیون علمی، آموزشی و پژوهشی از شمول صلاحیت دیوان عدالت اداری و سایر مراجع قضایی» را به شرح ذیل تصویب کرد:
«ماده واحده- آن دسته از تصمیمات و آرای نهایی و قطعی صادره در هیات‌ها و کمیته‌های تخصصی فعال در وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه‌ها و سایر مراکز آموزشی و پژوهشی مصوب، از جمله؛ تصمیمات و آراء نهایی هیات‌های امناء، ممیزه و انتظامی اساتید و کمیته انضباطی دانشجویان و همچنین تصمیمات و آرای نهایی درخصوص بازنشستگی، ارتقاء، ارزیابی و پذیرش علمی، بورس دانشجویان و فرصت مطالعاتی که صرفاً در رابطه با امور و شیون تخصصی علمی، آموزشی و پژوهشی صادر شده باشد، قابل شکایت و رسیدگی در دیوان عدالت اداری و سایر مراجع قضایی نخواهد بود.
همچنین براساس تبصره آن در هر یک از وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی هیاتی به عنوان مرجع نهایی به منظور تجدیدنظر و رسیدگی به شکایات اساتید و دانشجویان از آراء و تصمیمات هیات‌ها و کمیته‌های مذکور در ماده واحده فوق که در امور و شیون علمی، آموزشی و پژوهشی صادر شده و همچنین به منظور نظارت بر نحوه رسیدگی در این هیات‌ها و کمیته‌ها تشکیل می‌شود. ترکیب اعضاء و وظایف و اختیارات هیات‌موضوع این تبصره، به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی خواهد رسید».
طبق تبصره این ماده واحده، هیأت عالی تجدید نظر در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ریاست وزیر علوم تشکیل شده است.
هیات عمومی دیوان عدالت اداری به دنبال شکایت از وزارت علوم و درخواست تقاضای ابطال ماده ۱۹ آیین نامه آموزشی دوره دکتری تخصصی دانشجویان مصوب ۱۳۹۴ در خصوص این  که "دانشجو پس از تدوین رساله به شرط کفایت دستاوردهای علمی و چاپ یک مقاله علمی – پژوهشی مستخرج از رساله با تایید استاد راهنما مجاز است در حضور داوران از رساله خود دفاع کند"، هفته گذشته شرط چاپ یک مقاله علمی – پژوهشی مستخرج از رساله دکتری برای دفاع از پایان نامه را خلاف قانون دانست و آن را ابطال کرد.
دکتر منصور کبگانیان عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی روز یکشنبه در گفت و گو با خبرنگار دانشگاه و آموزش ایرنا درباره مرجع اصلی رسیدگی به این قبیل شکایات اظهارداشت: ورود نکردن به محتوای مسایل علمی از اختیاراتی است که شورای عالی انقلاب فرهنگی تصویب کرد چرا که این موضوع مربوط به سیاست گذاری و نظارت است. بر اساس مصوبه این شورا، هیأت عالی تجدید نظر به ریاست وزیر علوم با حضور نمایندگان شورای عالی انقلاب فرهنگی در وزارت علوم تشکیل شده است.  
وی تاکید کرد: از دوستان در قوه قضاییه و دیوان عدالت اداری انتظار رعایت این مصوبه را داریم؛ دیوان عدالت اداری نباید به مباحث محتوایی، مقالات و دفاع پایان نامه ها ورود کنند. وزارت علوم درخصوص دوره دکتری دانشگاه ها آیین نامه ای دارد و اگر این آیین نامه از سوی وزارت علوم اجرا نشد، دخالت دیوان عدالت اداری به جا است.
عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی از قوه قضاییه درخواست کرد این مرزها مقداری رعایت شود و ادامه داد: البته شاید کوتاهی از وزارت علوم باشد چرا که دبیرخانه هیأت عالی تجدید نظر بعد از صدور حکم دیوان عدالت اداری باید بلافاصله مکاتبه می کرد و توضیحاتی ارایه می داد؛ اگر شکایتی در مورد آیین نامه ها یا محتوای آنها وجود دارد هیأت عالی تجدید نظر بی طرفانه به موضوعات رسیدگی می کند.
دکتر کبگانیان در این باره که شاید دانشجویان از وجود این هیأت در وزارت علوم بی اطلاع هستند، ‌ اظهار داشت: رسانه ها با همکاری وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی باید به معرفی بیشتر این هیأت بپردازند. مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی بسیار صریح است و در این زمینه به وزارت علوم پیشنهادی مبنی بر ارسال یک نامه به دیوان عدالت اداری مطرح کردم، البته در تلاش هستم این موضوع را در جلسه شورای عالی انقلاب فرهنگی با قوه قضاییه هم مطرح کنم.
وی افزود: بر اساس تصمیم گیری در نقشه جامع علمی کشور، شورای عالی انقلاب فرهنگی با دیوان عدالت اداری مبنی بر رعایت مصوبه این شورا نامه نگاری می کند.
دبیر ستاد نقشه جامع علمی کشور در پاسخ به این سوال که آیا رأی دیوان عدالت اداری در خصوص پایان نامه ها قابلیت اجرایی دارد، تاکید کرد: دفاع از رساله های دکتری، موضوعی نیست که به این راحتی بتوان آیین نامه های آن را تغییر داد، اما ترجیح می دهیم دیوان عدالت اداری رأی خود را اصلاح کند البته قوا مستقل از یکدیگر هستند و یکی از ویژگی های شورای عالی انقلاب فرهنگی، فراقوه ای بودن آن است؛ اگر به موضوعی ورود کند، ‌ سه قوه موظف به رعایت تصمیم های مصوب شورا هستند.
دکتر کبگانیان تاکید کرد: شورای عالی انقلاب فرهنگی از هیأت عالی تجدید نظر خواسته است به رأی دیوان عدالت اداری ورود کند اما امیدواریم کار به اینجا نرسد و دیوان رأی خود را اصلاح کند. چاپ مقاله از مصادیق فعالیت های علمی محسوب می شود و مرجع رسیدگی به این شکایات هیأت عالی تجدید نظر است.
ورود شورای عالی انقلاب فرهنگی به رأی دیوان عدالت اداری
ورود دیوان عدالت به محتوای آیین نامه دکتری دانشگاه ها تبدیل به محل تضارب آرا میان مخالفان و موافقان آن است و به نظر می رسد وزارت علوم از جنبه مباحث علمی و شورای عالی انقلاب فرهنگی از جنبه رعایت نشدن یک مصوبه، مخالف این رأی هستند.
در این باره غلامحسین رحیمی شعرباف معاون پژوهشی و فناوری وزارت علوم اعلام کرده بود که حذف شرط چاپ مقاله باعث تنبلی جامعه علمی و دانشجویان می شود.
جزییات ماده ۱۹ آیین نامه دکتری
به گزارش ایرنا، مسأله ورود دیوان عدالت اداری به ماده ۱۹ آیین نامه آموزشی دوره دکتری تخصصی که وزارت علوم در سال ۱۷ اردیبهشت ماه ۱۳۹۵ به تصویب رساند، ‌ این روزها دغدغه دانشجویان و البته وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی شده است. چرا که دیوان عدالت اداری به موضوع محتوایی یک آیین نامه با استناد به شکایت از وزارت علوم ورود کرده است.
در ماده ۱۹ این آیین نامه آمده است: دانشجو پس از تدوین رساله به شرط کفایت دستاوردهای علمی و چاپ یک مقاله علمی-پژوهشی مستخرج از رساله، با تایید استاد/استادان راهنما مجاز است در حضو هیأت داوران از رساله خود دفاع کند.
جزییات رأی اخیر دیوان عدالت اداری
هیات عمومی دیوان عدالت اداری هفته گذشته شرط چاپ یک مقاله علمی – پژوهشی مستخرج از رساله دکتری برای دفاع از پایان نامه را خلاف قانون دانست و آن را ابطال کرد.
دیوان عدالت اداری  اعلام کرد: به دنبال شکایت از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و درخواست تقاضای ابطال ماده ۱۹ آیین نامه آموزشی دوره دکتری تخصصی دانشجویان مصوب ۱۳۹۴، در خصوص این  که "دانشجو پس از تدوین رساله به شرط کفایت دستاوردهای علمی و چاپ یک مقاله علمی – پژوهشی مستخرج از رساله با تایید استاد راهنما مجاز است در حضور داوران از رساله خود دفاع کند" هیات عمومی دیوان عدالت اداری پس از بحث و بررسی و با این استدلال که بند ۴ قسمت (ب) ماده ۲ قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مصوب سال ۱۳۸۳یکی از وظایف و اختیارات وزارت علوم را  تعیین ضوابط، معیارها و استانداردهای علمی موسسات آموزش عالی و رعایت اصول انعطاف، پویایی رقابت و نوآوری علمی قرار داده، و ماده ۱۹ آیین نامه آموزشی دوره دکتری تخصصی دانشجویان مصوب ۱۳۹۴ مغایر با اصول انعطاف، پویایی رقابت و نوآوری علمی می باشد، چرا که از یک سو صرف پذیرش مقاله و صدور گواهی پذیرش مقاله به امضای سردبیر مجله علمی – پژوهشی مبین احراز اوصاف علمی بودن مقاله نگارش شده است و از سوی دیگر چاپ مقاله جزء مصادیق معیارها و استانداردهای علمی نیز نمی باشد و همین طور طولانی بودن فرآیند چاپ مقالات و الزام آنها به چاپ مقاله به صورت مطلق و بدون وجه به شیوه مدیریت حاکم بر مجلات علمی – پژوهشی موجب اضرار به منافع عموم دانشجویان می باشد، با اکثریت  آرا ماده ۱۹ آیین نامه آموزشی دوره دکتری تخصصی دانشجویان مصوب ۱۳۹۴ را قابل ابطال دانست و مقرر کرد: صرف ارایه گواهی پذیرش مقاله در نشریات علمی – پژوهشی برای مجاز شدن دانشجوی دوره دکتری برای دفاع از پایان نامه خود کفایت می‌کند.