متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم مجاهد و پارسا آیةالله آقای حاج شیخ محمد یزدی رضوان‌الله‌علیه را به حوزه‌ی علمیه‌ی معظم قم و مراجع عظام و علمای عالی‌مقام و جامعه‌ی محترم مدرسین و به شاگردان و دوستان و ارادتمندان آن مرحوم و به‌طور ویژه به خاندان گرامی و فرزندان مکرم ایشان تسلیت عرض میکنم. سوابق انقلابی و مبارزات دوران طاغوت در کنار حضور پیوسته و همیشگی در همه‌ی دورانهای انقلاب و اشتغال به مسئولیتهای بزرگ در اداره‌ی کشور همچون ریاست قوه‌ی قضاییه و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان و مجلس شورای اسلامی، و در کنار فعالیت علمی و فقهی، شخصیتی جامع و اثرگذار از این عالم جلیل پدید آورده بود.  ایمان راسخ به مبانی انقلاب و استقامت در این راه و غیرت دینی و انقلابی، نشانه‌های بارز دیگری از این شخصیت مکرم بود. امید است این وزن سنگین ذخیره‌ی معنوی مایه‌ی علو درجات ایشان باشد.  از خداوند متعال رحمت و مغفرت و رضوان الهی را برای آن مرحوم مسألت میکنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۱۹ آذر ۱۳۹۹