محمدجواد هراتی در نشست علمی دانشگاه علامه طباطبایی با موضوع «آموزه‌های قرآنی و تحول علوم انسانی» به اهمیت «مساله محوری» در پژوهش اشاره کرد و افزود: فردی که درد و مشکل جامعه خود را پیدا می کند به دنبال درمان درد و به تعبیری حل مسایل و پاسخ به سوالات است و در آن موفق می‌شود، رویکرد علوم را هم متحول و مسیری دیگری را طی می کند.
وی ادامه داد: مساله محوری در چند سطح قابل پیگیری است که مهم ترین آن، سطح دانشجویی است و باید دانشجویان را به سوی مساله‌محوری هدایت کرد و اگر دانشجو مساله‌محور شود، استاد نیز «مساله محور» می‌شود و در مرحله بعد باید پژوهشکده و پژوهشگاه و دانشگاه مساله محور داشته باشیم.
رییس مرکز هماهنگی و توسعه پژوهش و آموزش علوم قرآنی و علوم انسانی کشور تفکر محوری را از دیگر ضروریات در تحول علوم انسانی دانست و خاطرنشان کرد: در صورتی می توان به تحول رسید که فکر کردن در آنچه آموخته ایم را به دانشجویان آموزش دهیم که این امر موجب می شود تا از نگاه از بیرون به آنچه آموخته ایم، داشته باشیم و از این رهگذر زمینه را برای تحول فراهم کنیم.
هراتی با تاکید بر تفکرمحوری در آموزه‌های قرآنی گفت: مبنای آموزش در نگاه اسلامی که در علوم انسانی باید نمود داشته باشد، تفکرمحوری است و تعابیر قرآن که بارها بر تفکر کردن و تعقل کردن تصریح می کند، شاهدی بر این مدعا است.
وی افزود: اما در رویکردهای آموزشی که اخیراً بر پارادایم فکری خاصی بنا شده، تفکرمحوری را به حاشیه می‌راند به عنوان نمونه در یک حوزه جدید در بحث علوم شناختی برخی جریان‌ها در حال شکل‌گیری است که به دنبال تربیت انسان با استفاده از روش‌هایی است که در آن بتواند با استفاده از ابزارهای الکترونیکی کنترل و هدایت انسان را بر عهده داشته باشد.
قائم مقام وزیر علوم در امور علوم انسانی یادآور شد: در این رویکرد که نگاه به انسان را صرفاً مادی می داند، تفکر از انسان گرفته  و انسان متعالی تبدیل به انسان ابزار ساز می شود و رسوخ خزنده این رویکرد به حوزه علوم انسانی و حتی در حوزه سیاست گذاری علم، به اسم تحول در علوم انسانی زمینه سازی برای انحطاط در این حوزه را فراهم می کند.
هراتی تاکید کرد: مساله محوری در چند سطح قابل پیگیری است که مهم‌ ترین آن، سطح دانشجویی است و باید دانشجویان را به سوی مساله‌محوری هدایت کرد و اگر دانشجو مساله‌محور شود، استاد نیز «مساله محور» می ‌شود و در مرحله بعد پژوهشکده و بعد باید پژوهشگاه و دانشگاه مساله محور داشته باشیم.