دکتر عبدالحسین کلانتری ضمن بیان این مطلب به برنامه وزارت علوم برای برگزاری کرسی های آزاداندیشی در دانشگاه ها اشاره و اظهار کرد: علاوه بر تأکیدات رهبر معظم انقلابدر خصوص کرسی‌های آزاد اندیشی، آیین‌نامه و دستورالعمل‌هایی نیز برای برپایی کرسی‌های آزاداندیشی در دانشگاه‌ها ابلاغ شده است و لذا یک گام مهم در اجرای منویات رهبری، اجرایی سازی این آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها است. اما گام مهمتر در این زمینه ظرفیت‌سازی اجرایی و ذهنی برای برگزاری کرسی‌های آزاد اندیشی است و برداشت من این است این موضوع بیش از آنکه ممانعت ساختاری و قانونی داشته باشد ممانعت ذهنی و فرهنگی دارد.
معاون فرهنگی وزارت علوم به آخرین وضعیت سند اسلامی شدن دانشگاه ها نیز اشاره کرد و گفت: به طور کلی یکی از ایراداتی که می شود به تصمیمات مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی وارد کرد این است که این تلقی وجود دارد که تصویب سند اسلامی شدن دانشگاه‌ها و ابلاغ آن پایان کار است؛ در صورتی که واقعیت این امر این گونه نیست. تهیه سند و ابلاغ آن تازه آغاز کار است و باید تمهیدات لازم را برای اجرایی سازی آن را فراهم کنیم و نظارت کامل نیز بر این فرایند داشته باشیم.موضوعی که رهبر معظم انقلاب نیز در پیوست حکم جدید اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی به آن اشاره و تأکید ویژه داشتند.
کلانتری همچنین خاطرنشان کرد: اسناد و مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی باید از سطح راهبردی به سطح عملیاتی برسند و با امکانات و مقدورات اجرایی کشور دانشگاه‌ها گره بخورند. به صورت مشخص باید یک تقسیم کار ملی دقیق در این زمینه صورت بگیرد و مسئول هر برنامه و اقدام مشخص شود و ردیف بودجه آن اقدام و برنامه نیز تعیین شود و دستگاه ناظر نیز مشخص شود.
وی یادآور شد: بودجه همه ارکان اجرایی سازی یک برنامه همچنان که در برنامه توسعه و سایر برنامه های سالانه نیز وجود دارد ، دیده شود که خوشبختانه این کار کلید خورده است و به زودی عملیاتی می‌شود و مسئولان برنامه‌های جزئی ذیل سند مشخص خواهد شد. حتی سعی بر این است که به صورت دقیق ردیف بودجه مشخصی برای آن تعیین شود و نظارت دقیقی نیز وجود داشته باشد تا بشود در فضاهای دانشگاهی را سروسامان دارد و شاهد رشد و نمو داشگاه‌ها در پرتو سند اسلامی شدن دانشگاه‌ها باشیم. واقعیت این امر این است که تا زمانی که ما درگیر فعالیت‌های موسمی و شعاری باشیم، وضع مناسبی از این حیث نخواهیم داشت.