آیت‌الله علیرضا اعرافی در خطبه نماز جمعه ۲۱ خرداد ۱۴۰۰ که در مصلای قدس قم برگزار شد، با بیان اینکه امسال در پایان قرن اول احیای حوزه علمیه توسط آیت‌الله حائری هستیم و اکنون حوزه در آستانه سده دوم قرار داد، عنوان کرد: حوزه علمیه همیشه مورد حمایت مردم ایران به ویژه مردم قم بوده است و منشأ برکات زیادی شده است.
وی با اشاره به اینکه آثار و برکات حوزه علمیه عصرجدید در این صد سال قابل وصف و شمارش نیست، بیان کرد: امواجی که در این حوزه طنین افکن شد و در سراسر ایران و جهان انعکاس یافت از عنایات الهی و برکات حرم حضرت معصومه (س) است.
مدیر حوزه های علمیه با تأکید بر اینکه حوزه علمیه در قم قدمتی ۱۲۰۰ ساله دارد، اظهار کرد: از زمانی که محدثان و متکلمان بزرگ به قم آمدند قم در کنار ری از جایگاه علمی و معنوی برخوردار بود.
خطیب نماز جمعه قم با اشاره به اینکه قم، با حمایت‌های مردم یک نگین درخشان در پایه ریزی حوزه علمیه است، بیان کرد: منحنی حوزه قم در این ۱۲۰۰ سال فراز و فرودهای فراوانی داشته است و گاهی آن قدر با شکوه بود که ده‌ها هزار عالم دینی، محدث، راوی، فقیه و... را در خود جای می‌داد و گاهی به خاطر شرایط زمانی، سیاسی و اجتماعی فرود پیدا می‌کرد؛ اما هیچ گاه خاموش نشده است.
وی با تأکید بر اینکه قم و حوزه، دو عنصر در هم تنیده تاریخی هستند، بیان کرد: در فروردین ۱۳۰۱ شمسی که آیت‌الله حائری از اراک به قم مهاجرت کردند، حوزه علمیه قم بازسازی شد و مدارس دینی رونق پیدا کرد و بزرگانی از نجف و دیگر شهرها به قم آمدند و در نتیجه حوزه علمیه محوری و قطب حوزه‌ها پدیدار شد.
وی با اشاره به اینکه صحبت کردن از علوم حوزه هرگز به معنای نفی دستاوردهای علمی بشر و کوچک شمردن دیگر مراکز علمی و دانشگاهی نیست، افزود: امام خمینی (ره) به ما آموخت که حوزه و دانشگاه بال‌های سعادت کشور هستند و اگر در مسیر درست باشند و همگرایی داشته باشند راه‌های سعادت را به روی این ملت باز می‌کنند.
وی ادامه داد: برخی سخنانی ناصواب گفتند؛ شما به اقرارها و اعترافات متفکران غربی مراجعه کنید تا نقش حوزه‌های علمیه را در رشد و تحول علوم ببیند گذشته های حوزه‌های علمیه، پیشینه ما است.
وی با بیان اینکه نام‌های بزرگی مثل شیخ بهایی، بوعلی، غیاث‌الدین، شیخ صدوق، علامه حلی و... مرور کنید تا متوجه بشوید حوزه علمیه و پایگاه علمی چه معنایی دارد، افزود: این‌ها ستارگان پر فروغ تاریخ این ملت هستند و این ملت قابلیت پرورش این رجال را داشت. در نگاه و باور اندیشمندان منصف، حوزه های علمیه بصورت دائم نظریه پرداز بوده و فقه تشیع بر دانش های بروز استوار است و به همین دلیل دشمنان با علم به اثر گذاری ژرف این نهاد بدنبال تخریب جایگاه حوزه های علمیه بودند.
عضو شورای عالی حوزه های علمیه گفت: ما نمی گوییم بدون اشکال هستیم اما حوزه های علمیه جایگاه علم و دانش است و نمی توان ساحت علم را از آن جدا کرد. حوزه علمیه در طول تاریخ سازنده انقلاب های بزرگ و محل رجوع توده های مختلف مردم بوده است
آیت الله اعرافی در خطبه دوم عنوان کرد: جمعه آینده یک روز بزرگ و تاریخی برای ملت ایران است و نگاه ائمه (ع)، پیامبر اسلام (ص) و شهدا به شما ملت است که چگونه از این آزمون بیرون بیاید و چشم محور مقامت محرومان عالم به حضور قوی در عرصه انتخابات است.
وی تأکید کرد: تردید نکیند که حتی یک رأی هم در اقتدار ایران، گره‌گشایی کارها و پیشرفت کارها تأثیر دارد و بدانید اگر منصفانه نگاه کنید می‌بینید که برای پیشرفت راهی به جز انتخابات قوی و انتخاب صحیح نیست.
امام جمعه قم بابیان اینکه کشور ما در پرتو انقلاب اسلامی قله‌های بزرگی را فتح کرده است، گفت: نباید فقط نقاط ضعف را ببینیم، بلکه باید نقاط قوت را هم ببینیم که یک کشور تنها در مقابل امواج تحریم‌ها، دشمنان و مشکلات ایستاده است.
وی با تأکید بر اینکه ابتدا و انتهای قدرت در جمهوری اسلامی به مردم بر می‌گردد و همه بر پایه آرای مردم استوار است، بیان کرد: فقط رأی دادن کافی نیست، بلکه در این هفته همه باید پرچم دارد دفاع از اسلام انقلاب اسلامی و مشارکت حداکثری باشیم.
آیت‌الله اعرافی ادامه داد: افرادی که بر سر کار می‌آیند باید بدانند که ما از اسناد جامعی مانند بیانیه گام دوم و... برخوردار هستیم و از لحاظ اسناد دستمان پر است و افراد باید برای اجرای عملیاتی این اسناد تلاش کنند.
وی خاطر نشان کرد: انتظارمعجزه نباید داشت؛ اما مهم این است که کاری علمی، انقلابی، جهادی و مدیرت صحیح مبتنی بر این اصول می تواند گره های کاهش جمعیت، افزایش طلاق، خام فروشی، تورم و نقدینگی و... را باز کند.