آیت‌الله اعرافی در دیدار دکتر قاسم عمو عابدینی معاون آموزش وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، ضمن اشاره به ایام ورود حضرت فاطمه معصومه سلام‌الله‌علیها به قم، پیچیدگی‌های تهدید امام رضا علیه‌السلام توسط مأمون را مورد توجه قرارداد و اذعان داشت: هضم امامت در ولایتعهدی یکی از پیچیده‌ترین و خطرناک‌ترین تهدیدهایی بود که امام رضا علیه‌السلام آن را به فرصت فراگیرسازی گفتمان اسلام ناب تبدیل نمودند.
مدیر حوزه‌های علمیه در بخش دیگری از سخنان خود بر اهمیت بازآفرینی و فراوری دانش اسلامی برای پاسخگویی به نیازهای دنیای امروز تأکید کرد و یادآور شد: حوزه‌های علمیه در سال‌های اخیر برای نخستین‌بار مبتنی بر اسناد پایه، مجموعه‌ای از طرح‌ها را تدوین و در فرایند عملیاتی‌سازی قرار داده است.
وی برنامه ۵ساله حوزه و تدوین بیش از ۱۰۰ طرح تحولی را تنها بخشی از اقدامات اخیر حوزه‌های علمیه برشمرد و اذعان داشت: در بخش رشته‌ها و گرایش‌های آموزشی، با مشارکت حدود هزار استاد و کارشناس، بالغ بر ۴۰۰ رشته تخصصی در حوزه‌های علمیه سرفصل نگاری شده است.
آیت‌الله اعرافی حرکت اساتید تراز حوزه در مسیر فقه معاصر را از جمله افتخارات حوزه‌های علمیه برشمرد و گفت: در طرح آمایش، کار ویژه روحانیت ناظر به عرصه‌های چهارگانه تربیت نیرو و تولید علم برای درون حوزه، برای جامعه و ایران، عرصه بین‌الملل و نظام اسلامی مورد توجه قرار گرفته است.
وی به پیوست‌های برنامه ۵ساله حوزه‌های علمیه و محورهای اساسی آن اشاره کرد و یادآور شد: پاسخگویی به جامعه، توجه به نیازهای دانشی و معرفتی و نیز پایه‌ریزی زیرساخت‌های پاسخ‌گویی، نکات کلیدی تمام طرح‌های حوزوی است.
مدیر حوزه‌های علمیه بر اهمیت سیر در عمق فلسفه و حکمت، فقه، اخلاق و رویکرد تمدنی - تاریخی نظام‌مند تأکید کرد و یادآور شد: دانش وقتی اسلامی می‌شود که مجموعه‌ای از ترکیب انضمامی و پیوستی آن در کنار ترکیب اتحادی مورد توجه قرار گیرند.
وی ترسیم و پایه‌ریزی افق میان‌مدت و بلندمدت کلان پروژه‌های متعدد حوزه‌های مختلف دانشی را مورد توجه قرارداد و اظهار داشت: نیاز است تا کلان پروژه‌های آموزشی و پژوهشی با همیاری حوزه و دانشگاه و در همکاری اساتید، مجتهدان و متخصصان تراز دانش‌های تخصصی دنبال شود.
آیت‌الله اعرافی در پایان سخنان خود بر لزوم طراحی منظومه‌ای از دوره‌های ویژه در تعامل و همکاری حوزه و دانشگاه و با حضور مشترک اساتید، دانشجویان و طلاب تأکید کرد.
معاون آموزش وزیر علوم، تحقیقات و فناوری نیز در ابتدای این دیدار ضمن اشاره به ابلاغ برنامه طرح تحول دولت به وزارت‌خانه‌ها، اظهار داشت: هماهنگی برای عملیاتی‌سازی طرح تحول در حوزه آموزش عالی، بر عهده وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ارتباطات نهاده شده است.
وی بر اهمیت بازخوانی و عملیاتی‌سازی طرح تحول دولت در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی تأکید کرد و خاطرنشان ساخت: معاونت آموزش وزارت علوم ناظر به شرایط و ویژگی‌های استانی، موضوعات طرح تحول را احصا و در فرایند تبیین، بازدیدهای متعددی از دانشگاه‌های کشور داشته است.
دکتر قاسم عمو عابدینی در بخش دیگری از سخنان خود ناکارآمدی در نظام حکمرانی و اداره دانشگاه، پاسخگویی ناکافی دانشگاه به نیازها و مسائل جامعه، توسعه‌نیافتگی نظام فرهنگی و اجتماعی دانشگاه، رویکرد خانوادگی و ضعف همکاری علمی و بحث فناوری را از جمله چالش‌های پیشروی عملیاتی‌سازی طرح تحول دانست.
معاون آموزش وزیر علوم، تحقیقات و فناوری گزارشی از بازدید خود از دانشگاه‌های کشور به‌ویژه مجموعه‌های علمی استان قم ارائه کرد و بیان کرد: برآنیم تا در همکاری حوزه و وزارت علوم، برنامه‌های مشخصی را برای حرکت به سمت حکمرانی علمی و شکل‌گیری دانشگاه تراز انقلاب اسلامی ترسیم نماییم.
 در بخش پایانی این نشست به موضوع تحول در علوم‌انسانی و لزوم برطرف‌سازی خلأهای برنامه‌ریزی درسی در ایجاد رشته‌های جدید مراکز علمی تأکید و بر ترسیم طرح های پویا برای تقویت ارتباط مستمر دانشجویان با اساتید و فضلای حوزه تصریح شد.