آیت الله اعرافی در دیدار مدیر و اساتید مدرسه علمیه معصومیه از تلاش اساتید این مدرسه علمیه، تقدیر نمود و اظهار داشت: روابط حوزه و دانشگاه پدیده جدیدی است که در کشورمان و در قرن اخیر  شکل گرفته که ناظر به مباحث اجتماعی و احیانا سیاسی و تاریخی مناسبات مفید و گاهی زیانباری بوده است.
وی با بیان این که در تطور تاریخی مناسبت علم و دین و ساختار حوزه و دانشگاه از سوی دیگر، به جایگاه مهم و بسیارتاثرگذار عصر انقلاب به ویژه پدیده قم می‌رسیم، اظهار داشت: همواره دغدغه این مناسبات در قم مطرح بود که پس از انقلاب اسلامی با شکل گیری هسته های اولیه عرصه های گوناگون و منظومه های جدید پدید آمد و آرام آرام در حوزه های آموزشی و پژوهشی، شاهد در هم تنیدگی منظومه های حوزوی و دانشگاهی بودیم که در قالب ساختارها و گاهی در قالب رشته ها خود را نشان داده است.
مدیرحوزه‌های علمیه بر اهمیت توجه به پیشینه تاریخی ارتباط حوزه و دانشگاه تأکید نمود و ابراز داشت: نیاز است تا برای اساتید و کادر اجرایی حوزه، پیشینه مباحث علم و دین و مباحث حوزه و دانشگاه در قالب های مختلف کارگاهی تدریس و ارائه گردد.
وی با بیان این که برای رسیدن به حوزه متناسب با عصر انقلاب، باید به تمام نیازها و الزامات توجه داشت، خاطرنشان کرد: پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی پدیده های مختلفی ناظر به مناسبت ها و ارتباطات حوزه و دانشگاه تقویت و شکل گرفته است که از جمله آن می توان به مواردی چون؛ نظام علوم اسلامی دانشگاه، علوم انسانی اسلامی در دانشگاه، طلابی که در دانشگاه حضور دارند و... اشاره نمود.
مدیر حوزه‌های علمیه با تأکید بر این که برای نخستین بار است که حوزه مبتنی بر تمام زحمات پیشینیان، به شکل نسبی از منظومه جامعی از اسناد و طرح‌ها برخوردار است، تصریح کرد: ناظر به الزامات و متغیرها و متناسب با فضای دانشگاهی، می‌توان برای میان مدت و بلند مدت طرح‌های جدیدی ارائه نمود.
آیت الله اعرافی افزود: در تکمیل بحث ها، باید ارتباط با طرح های موجود به ویژه درختواره رشته‌ها، جدی گرفته شده، در عین روشن سازی اتصال طرح را با راهنمای 10 یا 20 ساله حوزه، رشته‌هایی که با تحصیلات طلاب دانشگاهی در ارتباط است، در اولویت طرح اجرا قرار گیرد.
وی ضمن تاکید بر اهمیت نظام تربیتی تمام طرح های حوزوی، خاطرنشان کرد: با توجه به ویژگی هایی که وجود دارد، این طرح نیازمند نظام تربیتی سنجیده و پیچیده‌ای برای هویت سازی جدید حوزوی است.
مدیر حوزه‌های علمیه با بیان اینکه مدرسه علمیه معصومیه به عنوان صف محوری و در قالب مجمع نیازمند توجه به چند بخش مهم است، راه اندازی مرکز تخصصی جامع ناظر به پوشش رشته های متناسب با ظرفیت‌ها از الزاماتی است که وجود دارد.
آیت الله اعرافی در بخش پایانی سخنان خود، برخورداری از نگاه هوشمندانه نسبت به نظام حمایتی و معیشتی طلاب را از مولفه‌های مهم طرح هدفمندی برشمرد.